See download stats for:    Bioconductor annotation packages    Bioconductor experiment packages    Bioconductor workflow packages

Download stats for Bioconductor software packages

This page was generated on 2019-06-25 08:44:46 -0400 (Tue, 25 Jun 2019).

The number reported next to each package name is the download score, that is, the average number of distinct IPs that “hit” the package each month for the last 12 months (not counting the current month). Packages in bold are the default Bioconductor packages (i.e. the BiocInstaller package + the packages that get installed the first time biocLite() is called with no arguments).


Top 75

1BiocGenerics (28744)
2BiocInstaller (28045)
3IRanges (25336)
4Biobase (25205)
5S4Vectors (24688)
6AnnotationDbi (20857)
7zlibbioc (20615)
8BiocParallel (19278)
9XVector (18720)
10GenomicRanges (18094)
11limma (17957)
12GenomeInfoDb (17712)
13Biostrings (16853)
14DelayedArray (16103)
15SummarizedExperiment (15754)
16annotate (14064)
17BiocVersion (14029)
18Rsamtools (12969)
19genefilter (12578)
20GenomicAlignments (12029)
21rtracklayer (11995)
22biomaRt (11505)
23graph (11250)
24GenomicFeatures (11054)
25edgeR (10715)
26DESeq2 (9811)
27preprocessCore (9503)
28geneplotter (9378)
29Rhdf5lib (7422)
30rhdf5 (7410)
31RBGL (6939)
32affy (6880)
33affyio (6827)
34qvalue (6446)
35BSgenome (6385)
36Rgraphviz (6341)
37multtest (6297)
38VariantAnnotation (6160)
39impute (5789)
40GEOquery (5088)
41ensembldb (5055)
42ProtGenerics (4801)
43ShortRead (4641)
44sva (4397)
45DOSE (4345)
46fgsea (4161)
47clusterProfiler (4127)
48GOSemSim (4028)
49AnnotationFilter (3972)
50DESeq (3963)
51biovizBase (3883)
52GSEABase (3879)
53AnnotationHub (3620)
54ComplexHeatmap (3538)
55KEGGREST (3478)
56enrichplot (3232)
57vsn (3208)
58HDF5Array (3130)
59phyloseq (2997)
60Gviz (2995)
61interactiveDisplayBase (2893)
62Category (2887)
63pathview (2727)
64AnnotationForge (2680)
65KEGGgraph (2663)
66pcaMethods (2663)
67biomformat (2645)
68tximport (2585)
69DelayedMatrixStats (2566)
70GOstats (2459)
71topGO (2408)
72illuminaio (2386)
73aroma.light (2364)
74EDASeq (2338)
75OrganismDbi (2233)

All software packages

All software package stats in one file: bioc_pkg_stats.tab

All software package download scores in one file: bioc_pkg_scores.tab

See Download stats for Bioconductor software repository (all packages combined)

A

a4 (109)
a4Base (127)
a4Classif (105)
a4Core (154)
a4Preproc (149)
a4Reporting (106)
a4reporting (0)
ABAEnrichment (98)
ABarray (104)
abseqR (26)
ABSSeq (100)
acde (97)
ACE (32)
aCGH (165)
ACME (118)
ADaCGH2 (89)
ADAM (10)
ADAMgui (4)
adaptest (67)
adductomicsR (8)
adSplit (88)
AffiXcan (23)
affxparser (1772)
affy (6880)
affycomp (147)
AffyCompatible (103)
affyContam (90)
affycoretools (430)
affydata (0)
AffyExpress (95)
affyILM (88)
affyio (6827)
affylmGUI (149)
affyPara (90)
affypdnn (114)
affyPLM (1349)
affyqcreport (0)
affyQCReport (291)
AffyRNADegradation (88)
AffyTiling (7)
AGDEX (89)
Agi4x44PreProcess (4)
agilp (176)
AgiMicroRna (128)
agimicrorna (0)
AIMS (317)
ALDEx2 (254)
alevinQC (7)
AllelicImbalance (94)
alpine (94)
alsace (95)
altcdfenvs (95)
AMARETTO (5)
AMOUNTAIN (93)
amplican (119)
ampliQueso (77)
AnalysisPageServer (80)
anamiR (89)
Anaquin (114)
AneuFinder (139)
ANF (78)
animalcules (4)
annaffy (523)
AnnBuilder (0)
annmap (79)
annotate (14064)
AnnotationDbi (20857)
annotationdbi (0)
AnnotationFilter (3972)
AnnotationForge (2680)
AnnotationFuncs (125)
AnnotationHub (3620)
AnnotationHubData (128)
annotationTools (142)
annotatr (240)
anota (94)
anota2seq (113)
antiProfiles (85)
apcluster (0)
apComplex (138)
apcomplex (0)
apeglm (1210)
applera (0)
appreci8R (27)
aroma.light (2364)
ArrayExpress (506)
ArrayExpressHTS (57)
arrayMagic (0)
arraymvout (0)
arrayMvout (81)
arrayQCplot (0)
arrayQuality (121)
arrayQualityMetrics (502)
arrayqualitymetrics (0)
ArrayTools (133)
ArrayTV (94)
ARRmNormalization (85)
artMS (57)
ASAFE (77)
ASEB (89)
ASGSCA (88)
ASICS (82)
asmn (1)
ASpli (146)
AssessORF (24)
ASSET (96)
ASSIGN (90)
ATACseqQC (234)
AtlasRDF (14)
atSNP (7)
attract (111)
AUCell (363)

B

BaalChIP (82)
BAC (85)
bacon (133)
BADER (86)
BadRegionFinder (78)
BAGS (83)
ballgown (954)
bamsignals (323)
BANDITS (4)
banocc (77)
basecallQC (85)
BaseSpaceR (106)
Basic4Cseq (126)
BASiCS (159)
BasicSTARRseq (83)
batchelor (11)
BatchQC (133)
BayesKnockdown (74)
BayesPeak (129)
bayNorm (57)
baySeq (534)
BBCAnalyzer (80)
BCRANK (109)
bcSeq (102)
BDMMAcorrect (52)
beachmat (1827)
beadarray (692)
beadarraySNP (101)
beaddatapackr (0)
BeadDataPackR (672)
BeadExplorer (0)
BEARscc (95)
BEAT (97)
BEclear (92)
betr (11)
bgafun (82)
BgeeDB (123)
BGmix (53)
bgx (87)
BHC (169)
BicARE (132)
BiFET (95)
BiGGR (92)
BigMatrix (0)
bigmelon (86)
bigmemoryExtras (76)
bigPint (7)
bim (0)
bioassayR (128)
biobase (0)
Biobase (25205)
biobroom (193)
bioCancer (111)
BiocCaseStudies (91)
BiocCheck (306)
biocDatasets (0)
BiocFileCache (865)
BiocGenerics (28744)
biocGraph (258)
biocinstaller (0)
Biocinstaller (0)
BiocInstaller (28045)
biocLite (0)
BiocNeighbors (603)
BiocOncoTK (107)
Bioconductor (0)
BioCor (111)
BiocParallel (19278)
BiocPkgTools (66)
BiocSingular (113)
BiocSklearn (76)
BiocStyle (2139)
BiocVersion (14029)
biocViews (1779)
BiocWorkflowTools (99)
bioDist (251)
biomaRt (11505)
BioMedR (9)
biomformat (2645)
BioMM (6)
BioMVCClass (80)
biomvRCNS (79)
BioNet (286)
bionet (0)
BioNetStat (77)
BioQC (100)
BioSeqClass (127)
biosigner (97)
biostrings (0)
Biostrings (16853)
BiostringsCinterfaceDemo (0)
biosvd (84)
biotmle (79)
biovizBase (3883)
BiRewire (111)
birta (87)
birte (76)
BiSeq (158)
BitSeq (176)
blima (82)
BLMA (82)
bnbc (74)
BPRMeth (89)
BRAIN (195)
brainImageR (26)
BrainStars (81)
branchpointer (74)
breakpointR (24)
bridge (82)
BridgeDbR (103)
BrowserViz (112)
BrowserVizDemo (35)
BSgenome (6385)
bsseq (865)
BubbleTree (84)
BufferedMatrix (89)
BufferedMatrixMethods (84)
BUMHMM (105)
bumphunter (1893)
BUS (82)
BUScorrect (26)
BuxcoR (0)

C

CAFE (77)
CAGEfightR (72)
CAGEr (132)
CALIB (94)
CAMERA (504)
CAMTHC (36)
canceR (95)
cancerclass (86)
CancerInSilico (80)
CancerMutationAnalysis (92)
CancerSubtypes (138)
CAnD (78)
caOmicsV (82)
Cardinal (169)
casper (112)
CATALYST (195)
Category (2887)
categoryCompare (82)
CausalR (94)
cbaf (92)
ccfindR (102)
ccmap (98)
CCPROMISE (77)
ccrepe (96)
celaref (57)
celda (5)
cellbaseR (82)
CellBench (5)
cellGrowth (91)
cellHTS (6)
cellHTS2 (258)
cellity (117)
CellMapper (76)
CellMixS (5)
CellNOptR (161)
cellscape (88)
CellScore (62)
CellTrails (60)
cellTree (141)
CEMiTool (195)
CexoR (80)
CFAssay (88)
CGEN (111)
CGHbase (240)
CGHcall (222)
cghMCR (109)
CGHnormaliter (79)
CGHregions (95)
ChAMP (532)
CHARGE (61)
charm (92)
ChemmineOB (210)
ChemmineR (435)
chemminer (0)
CHETAH (4)
ChIC (55)
Chicago (105)
chimera (104)
chimeraviz (150)
ChIPanalyser (68)
ChIPComp (88)
chipenrich (142)
ChIPexoQual (77)
ChIPpeakAnno (843)
ChIPQC (269)
ChIPseeker (1005)
chipseq (465)
ChIPseqR (148)
ChIPSeqSpike (102)
ChIPsim (150)
ChIPXpress (65)
chopsticks (162)
chroGPS (81)
chromDraw (83)
ChromHeatMap (93)
ChromoViz (0)
chromPlot (119)
chromstaR (106)
chromswitch (85)
chromVAR (160)
CHRONOS (98)
cicero (89)
CINdex (81)
cisPath (87)
ClassifyR (121)
cleanUpdTSeq (92)
cleaver (190)
clippda (87)
clipper (121)
Clomial (82)
Clonality (84)
clonotypeR (80)
clst (88)
clstutils (83)
CluMSID (12)
clustComp (80)
clusterExperiment (322)
ClusterJudge (67)
clusterProfiler (4127)
clusterprofiler (0)
clusterSeq (75)
ClusterSignificance (80)
clusterStab (151)
CMA (140)
cn.farms (85)
cn.mops (202)
CNAnorm (96)
cnanorm (0)
CNEr (467)
CNORdt (103)
CNORfeeder (114)
CNORfuzzy (83)
CNORode (136)
CNPBayes (77)
CNTools (206)
cnvGSA (82)
CNVPanelizer (98)
CNVRanger (6)
CNVrd2 (83)
CNVtools (100)
cnvtools (0)
cobindR (82)
CoCiteStats (87)
COCOA (43)
codelink (94)
CODEX (172)
coexnet (79)
CoGAPS (137)
cogena (109)
coGPS (81)
COHCAP (99)
cola (6)
coMET (108)
compartmap (53)
COMPASS (131)
compcodeR (130)
compEpiTools (97)
CompGO (95)
ComplexHeatmap (3538)
condcomp (24)
CONFESS (72)
consensus (40)
ConsensusClusterPlus (2016)
consensusDE (54)
consensusOV (75)
consensusSeekeR (78)
contiBAIT (101)
conumee (121)
convert (180)
copa (89)
COPDSexualDimorphism (1)
copynumber (279)
CopyNumber450k (4)
CopyNumberPlots (3)
CopywriteR (149)
coRdon (62)
CoRegFlux (4)
CoRegNet (101)
Cormotif (79)
CorMut (88)
coRNAi (12)
CORREP (79)
coseq (130)
cosmiq (84)
cosmo (2)
cosmoGUI (1)
COSNet (76)
CountClust (137)
countsimQC (55)
covEB (99)
CoverageView (133)
covRNA (74)
cpvSNP (82)
cqn (234)
CRImage (104)
CRISPRseek (154)
crisprseekplus (74)
CrispRVariants (142)
crlmm (180)
crossmeta (96)
CSAR (155)
csaw (277)
CSSP (79)
ctc (315)
CTDquerier (64)
cTRAP (25)
ctsGE (118)
cummeRbund (791)
cummerbund (0)
customProDB (157)
CVE (83)
cycle (84)
cydar (129)
CytoDx (68)
cytofast (8)
cytofkit (253)
cytolib (501)
CytoML (117)

D

dada2 (1230)
dagLogo (76)
daMA (78)
DaMiRseq (95)
DAPAR (143)
DART (88)
DASC (8)
DASiR (3)
DAVIDQuery (4)
DBChIP (120)
dcanr (5)
dcGSA (101)
DChIPRep (78)
ddCt (146)
ddgraph (16)
DDiGGER (0)
ddPCRclust (63)
debrowser (205)
DECIPHER (943)
deco (10)
DEComplexDisease (62)
decompTumor2Sig (11)
DeconRNASeq (147)
decontam (112)
DEDS (122)
DeepBlueR (103)
deepSNV (122)
DEFormats (238)
DEGraph (81)
DEGreport (241)
DEGseq (339)
DelayedArray (16103)
DelayedDataFrame (10)
DelayedMatrixStats (2566)
deltaGseg (77)
DeMAND (84)
DeMixT (5)
DEP (236)
DepecheR (5)
DEqMS (61)
derfinder (395)
derfinderHelper (388)
derfinderPlot (110)
DEScan2 (92)
deseq (0)
DESeq (3963)
DESeq2 (9811)
DEsingle (103)
destiny (831)
DEsubs (88)
DEXSeq (733)
dexus (98)
DFP (82)
DiffBind (651)
diffcoexp (68)
diffcyt (141)
diffgeneanalysis (0)
diffGeneAnalysis (78)
diffHic (110)
DiffLogo (86)
diffloop (122)
diffuStats (77)
diggit (84)
Director (74)
DirichletMultinomial (578)
discordant (105)
DiscoRhythm (3)
divergence (6)
dks (78)
DMCHMM (73)
DMRcaller (150)
DMRcate (568)
DMRforPairs (79)
DMRScan (73)
dmrseq (144)
DNABarcodeCompatibility (8)
DNABarcodes (126)
DNAcopy (2191)
DNaseR (1)
DNAshapeR (110)
domainsignatures (32)
DominoEffect (70)
doppelgangR (92)
DOQTL (94)
Doscheda (98)
DOSE (4345)
doseR (5)
drawProteins (95)
DRIMSeq (253)
DriverNet (99)
DropletUtils (487)
DrugVsDisease (80)
dSimer (78)
DSS (734)
DTA (80)
dualKS (77)
DupChecker (78)
dupRadar (103)
dyebias (82)
DynDoc (625)
dyndoc (0)

E

EasyqpcR (135)
easyrnaseq (0)
easyRNASeq (190)
EBarrays (162)
EBcoexpress (87)
EBImage (2103)
EBSEA (73)
EBSeq (587)
EBSeqHMM (134)
ecolitk (83)
EDASeq (2338)
edd (1)
EDDA (97)
edge (141)
edger (0)
edgeR (10715)
eegc (73)
EGAD (88)
EGSEA (254)
eiR (80)
eisa (98)
ELBOW (83)
ELMER (375)
EMDomics (79)
EmpiricalBrownsMethod (104)
ENCODExplorer (107)
EnhancedVolcano (277)
ENmix (159)
EnrichedHeatmap (158)
EnrichmentBrowser (305)
enrichplot (3232)
enrichTF (3)
ensembldb (5055)
ensemblVEP (151)
ENVISIONQuery (81)
EpiCluster (0)
EpiDISH (119)
epigenomix (87)
epihet (6)
epiNEM (73)
epivizr (107)
epivizrChart (68)
epivizrData (106)
epivizrServer (106)
epivizrStandalone (86)
erccdashboard (131)
erma (248)
ERSSA (54)
esATAC (236)
esetVis (88)
eudysbiome (74)
evaluomeR (4)
EventPointer (84)
EWCE (8)
ExCluster (48)
ExiMiR (84)
exomeCopy (262)
exomecopy (0)
exomePeak (124)
exonfindR (0)
exonmap (1)
ExperimentHub (858)
ExperimentHubData (84)
explorase (61)
ExpressionAtlas (99)
ExpressionView (83)
exprExternal (0)
externalVector (1)

F

fabia (158)
facopy (50)
factDesign (86)
FamAgg (103)
farms (94)
fastLiquidAssociation (78)
FastqCleaner (35)
fastseg (591)
fbat (0)
FCBF (39)
fCCAC (75)
fCI (81)
fdrame (82)
FELLA (83)
FEM (409)
ffpe (87)
FGNet (132)
fgsea (4161)
FindMyFriends (105)
FISHalyseR (80)
fishpond (5)
FitHiC (97)
flagme (85)
flipflop (91)
flowAI (218)
flowBeads (108)
flowBin (109)
flowcatchR (77)
flowCHIC (108)
flowCL (147)
flowClean (144)
flowClust (370)
flowCore (1540)
flowCyBar (80)
flowDensity (196)
flowFit (82)
flowFlowJo (3)
flowFP (147)
flowMap (84)
flowMatch (111)
flowMeans (214)
flowMerge (124)
flowPeaks (162)
flowPhyto (3)
flowPloidy (81)
flowPlots (82)
flowq (0)
flowQ (54)
flowQB (79)
FlowRepositoryR (90)
FlowSOM (643)
flowStats (357)
flowTime (100)
flowTrans (127)
flowType (106)
flowUtils (668)
flowViz (728)
flowVS (87)
flowworkspace (0)
flowWorkspace (613)
fmcsR (178)
focalCall (75)
FoldGO (28)
FourCSeq (99)
FRGEpistasis (86)
frma (225)
frmaTools (89)
FunChIP (77)
FunciSNP (87)
funtooNorm (69)

G

GA4GHclient (71)
GA4GHshiny (69)
gaga (118)
gage (959)
gaggle (82)
gaia (189)
GAPGOM (7)
GAprediction (71)
garfield (76)
GARS (59)
GateFinder (96)
gaucho (47)
gcapc (74)
gcatest (75)
gCMAP (72)
gCMAPWeb (50)
gCrisprTools (114)
gcrma (1798)
GDCRNATools (249)
GDSArray (67)
gdsfmt (1099)
geecc (76)
GEM (77)
genArise (84)
genbankr (147)
GENE.E (11)
gene2pathway (1)
GeneAccord (24)
GeneAnswers (138)
geneAttribution (72)
GeneBreak (76)
geneClassifiers (68)
GeneExpressionSignature (90)
genefilter (12578)
genefu (287)
GeneGA (71)
GeneGeneInteR (77)
GeneGroupAnalysis (2)
GeneMeta (109)
GeneNetworkBuilder (101)
GeneOverlap (225)
geneplast (80)
geneplotter (9378)
GeneR (1)
geneRecommender (82)
GeneRegionScan (80)
GeneRfold (1)
geneRxCluster (77)
GeneSelectMMD (84)
GeneSelector (97)
GENESIS (216)
GeneSpring (1)
GeneStructureTools (90)
geNetClassifier (118)
GeneticsBase (0)
GeneticsDesign (98)
GeneticsPed (140)
GeneTraffic (0)
GeneTS (0)
geneXtendeR (77)
GENIE3 (344)
genoCN (80)
GenoGAM (97)
genomation (329)
GenomeBase (0)
GenomeGraphs (239)
GenomeInfoDb (17712)
genomeinfodb (0)
genomeIntervals (245)
genomeintervals (0)
genomes (98)
GenomicAlignments (12029)
genomicalignments (0)
GenomicDataCommons (584)
GenomicFeatures (11054)
GenomicFiles (753)
GenomicInteractions (147)
GenomicRanges (18094)
GenomicScores (266)
GenomicTuples (79)
Genominator (94)
genoset (179)
genotypeeval (76)
GenoView (3)
genphen (89)
GenRank (77)
GenVisR (319)
GEOmetadb (264)
GEOquery (5088)
GEOsearch (13)
GEOsubmission (80)
gep2pep (60)
gespeR (129)
GEWIST (74)
gff3Plotter (0)
GGBase (140)
ggbio (1902)
ggcyto (393)
GGtools (128)
ggtree (1692)
GIGSEA (24)
girafe (150)
GISPA (75)
GLAD (244)
GladiaTOX (3)
Glimma (885)
glmSparseNet (30)
GlobalAncova (300)
globalSeq (75)
globaltest (916)
gmapR (118)
GMRP (74)
GNET2 (4)
goCluster (0)
GOexpress (178)
GOfuncR (103)
GOFunction (95)
GoogleGenomics (74)
GOpro (78)
goProfiles (151)
goprofiles (0)
gosemsim (0)
GOSemSim (4028)
goseq (1083)
GOSim (133)
goSTAG (81)
gostats (0)
GOstats (2459)
GOsummaries (135)
GOTHiC (132)
goTools (116)
gotools (0)
gpart (45)
gpls (157)
gprege (78)
gpuMagic (1)
gQTLBase (234)
gQTLstats (267)
graper (9)
graph (11250)
GraphAlignment (83)
GraphAT (81)
graphite (1311)
GraphPAC (85)
GRENITS (83)
GreyListChIP (85)
GRmetrics (133)
groHMM (94)
GRridge (76)
GSALightning (73)
GSAR (164)
GSCA (78)
GSEABase (3879)
gseabase (0)
GSEABenchmarkeR (110)
GSEAlm (143)
gsean (83)
GSReg (76)
GSRI (80)
GSVA (906)
gtrellis (136)
GUIDEseq (113)
Guitar (115)
Gviz (2995)
gwascat (241)
GWASTools (370)
gwasurvivr (33)

H

h5vc (85)
hapFabia (82)
Harman (162)
Harshlight (78)
harshlight (0)
HCABrowser (3)
HCsnip (16)
HDF5Array (3130)
HDTD (76)
heatmaps (185)
Heatplus (604)
HelloRanges (108)
HELP (81)
HEM (78)
hexbin (3)
hiAnnotator (100)
HIBAG (106)
HiCBricks (22)
HiCcompare (107)
hicrep (93)
hierGWAS (80)
hierinf (21)
HilbertCurve (127)
HilbertVis (251)
HilbertVisGUI (63)
hipathia (99)
hiReadsProcessor (67)
HIREewas (22)
HiTC (199)
hmdbQuery (77)
HMMcopy (185)
hopach (245)
HPAanalyze (28)
hpar (258)
HTqPCR (190)
HTSanalyzeR (187)
HTSeqGenie (50)
htseqtools (0)
htSeqTools (162)
HTSFilter (205)
HumanTranscriptomeCompendium (3)
HybridMTest (93)
hypeR (4)
hyperdraw (103)
hypergraph (142)

I

iASeq (73)
iasva (54)
iBBiG (126)
ibh (74)
iBMQ (67)
iCARE (82)
Icens (292)
icetea (53)
iCheck (75)
iChip (76)
iClusterPlus (165)
iCNV (81)
iCOBRA (118)
ideal (115)
ideogram (0)
IdeoViz (127)
idiogram (79)
IdMappingAnalysis (74)
IdMappingRetrieval (73)
iFlow (2)
iGC (75)
igvR (71)
IHW (626)
illuminaio (2386)
imageHTS (115)
IMAS (100)
Imetagene (69)
IMMAN (65)
ImmuneSpaceR (117)
immunoClust (82)
IMPCdata (71)
ImpulseDE (77)
ImpulseDE2 (142)
impute (5789)
INDEED (27)
infercnv (9)
InPAS (83)
INPower (73)
inSilicoDb (21)
inSilicoMerging (23)
insilicomerging (0)
INSPEcT (115)
InTAD (83)
intansv (84)
InteractionSet (290)
interactiveDisplay (202)
interactiveDisplayBase (2893)
IntEREst (109)
InterMineR (99)
IntramiRExploreR (66)
inversion (0)
inveRsion (78)
IONiseR (99)
iontree (26)
iPAC (93)
ipdDb (23)
IPO (149)
IPPD (147)
IRanges (25336)
IrisSpatialFeatures (39)
iSEE (166)
iSeq (80)
iSNetwork (0)
isobar (203)
IsoCorrectoR (28)
IsoCorrectoRGUI (11)
IsoformSwitchAnalyzeR (163)
IsoGeneGUI (79)
ISoLDE (72)
isomiRs (110)
iSPlot (0)
ITALICS (75)
iterativeBMA (88)
iterativebma (0)
iterativeBMAsurv (80)
iterClust (71)
iteremoval (60)
IVAS (110)
ivygapSE (66)
IWTomics (76)

J

JASPAR2018 (35)
jmosaics (5)
joda (74)
JunctionSeq (163)

K

karyoploteR (391)
KCsmart (75)
kebabs (145)
KEGGgraph (2663)
KEGGlincs (82)
keggorth (0)
keggorthology (101)
KEGGprofile (212)
KEGGREST (3478)
KEGGSOAP (3)
kimod (73)
KinSwingR (23)
kissDE (65)
kmknn (34)
KnowSeq (0)

L

lapmix (75)
LBE (116)
ldblock (135)
LEA (280)
LedPred (76)
les (82)
levi (22)
lfa (201)
limma (17957)
limmaGUI (121)
LINC (74)
LineagePulse (90)
Linnorm (163)
lipidr (3)
LiquidAssociation (80)
lmdme (83)
LMGene (93)
LOBSTAHS (82)
loci2path (61)
logicFS (217)
logitT (74)
Logolas (88)
lol (78)
LOLA (131)
LoomExperiment (57)
LowMACA (85)
LPE (97)
LPEadj (79)
lpNet (73)
lpsymphony (590)
LRBaseDbi (27)
lumi (995)
LVSmiRNA (80)
LymphoSeq (90)

M

M3C (95)
M3D (77)
M3Drop (218)
maanova (104)
macat (77)
maCorrPlot (77)
MACPET (57)
maDB (1)
madb (0)
made4 (370)
MADSEQ (79)
maftools (1008)
MAGeCKFlute (113)
maigesPack (84)
MAIT (124)
makecdfenv (176)
makePlatformDesign (1)
MANOR (74)
manta (111)
MantelCorr (75)
mAPKL (74)
maPredictDSC (77)
mapscape (73)
marray (1450)
martini (70)
maser (39)
maSigPro (290)
maskBAD (76)
MassArray (81)
massarray (0)
massiR (78)
MassSpecWavelet (1003)
MAST (562)
matchBox (73)
matchprobes (0)
Matrix (0)
MatrixRider (71)
matter (155)
MaxContrastProjection (96)
MBAmethyl (69)
MBASED (83)
MBCB (81)
mbkmeans (5)
mBPCR (76)
MBttest (68)
mcaGUI (73)
MCbiclust (106)
MCRestimate (82)
mCSEA (93)
mdgsa (94)
mdp (93)
mdqc (81)
MDTS (59)
MEAL (74)
MeasurementError.cor (74)
MEDIPS (135)
MEDME (73)
MEIGOR (97)
Melissa (6)
mergemaid (0)
MergeMaid (114)
Mergeomics (84)
MeSHDbi (182)
meshes (93)
meshr (115)
MeSHSim (8)
messina (72)
metaArray (104)
metaarray (0)
Metab (89)
metabomxtr (114)
MetaboSignal (86)
metaCCA (78)
MetaCyto (93)
metagene (99)
metagene2 (3)
metagenomeFeatures (115)
metagenomeSeq (581)
MetaGxOvarian (7)
metahdep (74)
metaMS (118)
MetaNeighbor (105)
metaR (0)
metaSeq (91)
metaseqR (115)
metavizr (87)
MetaVolcanoR (0)
metaX (5)
MetCirc (80)
methimpute (77)
methInheritSim (72)
MethPed (98)
MethTargetedNGS (72)
methVisual (83)
methyAnalysis (143)
MethylAid (91)
methylGSA (58)
methylInheritance (73)
methylKit (535)
MethylMix (140)
methylMnM (77)
methylPipe (108)
MethylSeekR (102)
methylumi (1132)
methyvim (68)
MetID (21)
MetNet (55)
mfa (109)
Mfuzz (295)
mfuzz (0)
MGFM (79)
MGFR (111)
mgsa (103)
MiChip (75)
microbiome (469)
microRNA (158)
MIGSA (76)
mimager (68)
MIMOSA (96)
MineICA (90)
minet (635)
minfi (1949)
MinimumDistance (72)
MiPP (77)
MIRA (109)
MiRaGE (107)
miRBaseConverter (86)
miRcomp (71)
mirIntegrator (78)
miRLAB (88)
miRmine (66)
miRNAmeConverter (83)
miRNApath (89)
miRNAtap (135)
miRSM (24)
miRsponge (91)
miRspongeR (6)
Mirsynergy (77)
missMethyl (639)
missRows (57)
mitoODE (73)
mixOmics (766)
MLInterfaces (400)
mlm4omics (16)
MLP (102)
MLSeq (183)
MMAPPR2 (0)
MMDiff (4)
MMDiff2 (75)
mmgmos (0)
mmnet (8)
MmPalateMiRNA (75)
mnem (3)
MODA (81)
Modstrings (4)
MOFA (8)
mogsa (85)
monocle (1509)
MoonlightR (87)
MoPS (74)
mosaics (134)
motifbreakR (100)
motifcounter (87)
MotifDb (328)
motifmatchr (226)
motifRG (126)
motifStack (449)
MotIV (447)
MPFE (69)
mpra (75)
MPRAnalyze (51)
mQTL.NMR (55)
msa (763)
msbase (0)
mscalib (0)
msgbsR (97)
MSGFgui (147)
MSGFplus (235)
msmsEDA (200)
msmsTests (164)
MSnbase (1525)
MSnID (214)
msPurity (117)
msQC (0)
MSstats (313)
MSstatsQC (76)
MSstatsQCgui (63)
MSstatsTMT (68)
mtbls2 (0)
MTseeker (21)
Mulcom (147)
MultiAssayExperiment (909)
multiClust (124)
MultiDataSet (111)
multiHiCcompare (26)
MultiMed (74)
multiMiR (113)
multiOmicsViz (71)
multiscan (72)
multtest (6297)
muscle (179)
MutationalPatterns (224)
MVCClass (79)
mvGST (14)
MWASTools (99)
mygene (368)
myvariant (102)
mzID (1346)
mzR (1552)

N

NADfinder (82)
NanoStringDiff (117)
NanoStringQCPro (122)
nanotatoR (3)
NarrowPeaks (88)
NBAMSeq (3)
NBSplice (56)
ncdfFlow (560)
NCIgraph (81)
ndexr (110)
neaGUI (6)
NeighborNet (21)
nem (134)
netbenchmark (82)
netbiov (116)
netboost (4)
NetCRG (0)
nethet (82)
NetPathMiner (101)
netprioR (69)
netReg (76)
netresponse (85)
NetSAM (75)
netSmooth (73)
networkBMA (81)
NGScopy (77)
ngsReports (4)
nnNorm (76)
NOISeq (620)
nondetects (84)
normalize450K (68)
NormalyzerDE (37)
NormqPCR (288)
normr (85)
npGSEA (83)
NTW (73)
nucleoSim (71)
nucleR (100)
nucler (0)
nuCpos (21)
nudge (47)
NuPoP (80)

O

occugene (73)
OCplus (156)
odseq (70)
OGSA (75)
oligo (1797)
oligoClasses (1925)
OLIN (79)
OLINgui (77)
OmaDB (92)
omicade4 (104)
omiccircos (0)
OmicCircos (245)
omicplotR (91)
omicRexposome (94)
OmicsLonDA (5)
OmicsMarkeR (99)
OMICsPCA (23)
omicsPrint (73)
Onassis (76)
oncomix (67)
OncoScore (77)
OncoSimulR (88)
oneChannelGUI (21)
oneSENSE (89)
onlineFDR (23)
ontoCAT (23)
ontoProc (74)
ontoTools (0)
openCyto (297)
openPrimeR (95)
openPrimeRui (69)
OperaMate (13)
oposSOM (103)
oppar (73)
OPWeight (106)
OrderedList (178)
ORFik (105)
Organism.dplyr (270)
OrganismDbi (2233)
OSAT (93)
Oscope (112)
OTUbase (80)
OutlierD (97)
OUTRIDER (58)
OVESEG (7)

P

PAA (95)
PADOG (227)
PAIRADISE (7)
paircompviz (78)
pairseqsim (0)
pamr (3)
PAN (0)
pandaR (97)
panelcn.mops (77)
PAnnBuilder (54)
panp (88)
PANR (92)
PanVizGenerator (80)
PAPi (114)
parglms (70)
parody (121)
PAST (4)
Path2PPI (86)
pathifier (224)
PathNet (88)
PathoStat (87)
pathprint (69)
pathRender (80)
pathVar (75)
pathview (2727)
pathwayPCA (8)
PathwaySplice (101)
PatientGeneSets (1)
paxtoolsr (127)
Pbase (87)
pbcmc (49)
pcaExplorer (324)
pcaGoPromoter (126)
pcaMethods (2663)
PCAN (73)
PCAtools (16)
pcot2 (139)
PCpheno (77)
pcxn (67)
pdInfoBuilder (143)
pdmclass (15)
PECA (88)
PepsNMR (47)
pepStat (80)
pepXMLTab (83)
perturbatr (60)
PGA (85)
pgca (69)
PGSEA (247)
pgUtils (1)
phantasus (63)
PharmacoGx (154)
phemd (7)
phenoDist (48)
phenopath (96)
phenoTest (126)
PhenStat (90)
philr (118)
phosphonormalizer (69)
phyloseq (2997)
Pi (76)
piano (338)
pickgene (73)
PICS (152)
Pigengene (118)
PING (75)
pint (76)
pipeFrame (4)
pkgDepTools (97)
plateCore (86)
plethy (74)
plgem (126)
plier (222)
plotGrouper (28)
PLPE (79)
plrs (74)
plw (75)
plyranges (145)
pmm (70)
podkat (77)
pogos (90)
polyester (152)
Polyfit (90)
POST (66)
PoTRA (3)
PowerExplorer (67)
powerTCR (59)
PPInfer (81)
ppiStats (92)
pqsfinder (98)
prada (286)
pram (4)
prebs (104)
PrecisionTrialDrawer (9)
PREDA (94)
predictionet (54)
preprocessCore (9503)
primirTSS (22)
PrInCE (5)
Prize (76)
proBAMr (111)
proBatch (5)
PROcess (162)
procoil (80)
ProCoNA (52)
proFIA (80)
profileplyr (3)
profileScoreDist (66)
progeny (119)
projectR (5)
pRoloc (311)
pRolocGUI (93)
PROMISE (78)
PROPER (112)
PROPS (66)
Prostar (133)
prot2D (75)
proteinProfiles (73)
ProteomicsAnnotationHubData (75)
ProteoMM (52)
proteoQC (80)
ProtGenerics (4801)
PSEA (81)
psichomics (120)
PSICQUIC (105)
psygenet2r (82)
puma (153)
PureCN (148)
pvac (79)
pvca (176)
Pviz (91)
PWMEnrich (133)
pwOmics (80)
pxr (0)

Q

qckitfastq (4)
qcmetrics (118)
QDNAseq (205)
qpcrNorm (88)
qpgraph (177)
qPLEXanalyzer (38)
qrqc (168)
qsea (77)
qsmooth (5)
QSutils (26)
qtbase (0)
qtpaint (0)
QUALIFIER (117)
quantro (120)
quantsmooth (394)
QuartPAC (77)
QuasR (306)
QuaternaryProd (85)
QUBIC (117)
qusage (271)
qvalue (6446)

R

R3CPET (73)
r3Cseq (143)
R453Plus1Toolbox (81)
R4RNA (78)
RaggedExperiment (538)
rain (100)
rama (81)
ramigo (0)
RamiGO (70)
ramwas (78)
RandomWalkRestartMH (66)
randPack (80)
RankProd (406)
RareVariantVis (74)
Rariant (74)
RbcBook1 (97)
RBGL (6939)
RBioinf (91)
rbioinf (0)
rBiopaxParser (157)
RBM (74)
Rbowtie (310)
Rbowtie2 (201)
rbsurv (114)
Rcade (100)
RCAS (82)
RCASPAR (77)
rcellminer (92)
rCGH (97)
Rchemcpp (118)
RchyOptimyx (84)
RcisTarget (284)
RCM (8)
RConferoMapping (0)
Rcpi (155)
Rcwl (5)
RcwlPipelines (3)
RCy3 (443)
RCyjs (90)
RCytoscape (67)
RDAVIDWebService (404)
Rdbi (1)
RdbiPgSQL (0)
rDGIdb (84)
Rdisop (288)
RDRToolbox (167)
ReactomePA (964)
readat (106)
ReadqPCR (295)
reb (71)
REBET (21)
recount (355)
recoup (102)
RedeR (157)
REDseq (131)
RefNet (72)
RefPlus (80)
regioneR (1024)
regionReport (148)
regsplice (101)
REMP (84)
Repitools (248)
ReportingTools (1051)
reposTools (0)
RepViz (2)
ReQON (76)
Resourcerer (1)
restfulSE (126)
rexposome (70)
rfcdmin (0)
rflowcyt (1)
rfPred (78)
rGADEM (540)
RGalaxy (84)
Rgin (62)
RGMQL (63)
RGraph2js (70)
Rgraphviz (6341)
rGREAT (158)
RGSEA (120)
rgsepd (108)
rhdf5 (7410)
rhdf5client (135)
Rhdf5lib (7422)
Rhisat2 (25)
Rhtslib (1656)
rHVDM (72)
RiboProfiling (105)
riboSeq (0)
riboSeqR (96)
RImmPort (77)
Ringo (284)
Rintact (1)
RIPSeeker (129)
Risa (82)
RITAN (75)
RIVER (73)
RJMCMCNucleosomes (74)
RLMM (74)
RMAGEML (0)
Rmagpie (80)
RMAPPER (1)
RMassBank (106)
rMAT (81)
rmelting (5)
RmiR (75)
rmir (0)
Rmmquant (53)
RNAdecay (58)
RNAinteract (103)
RNAither (105)
rnaither (0)
RNAmodR (0)
RNAmodR.AlkAnilineSeq (0)
RNAmodR.ML (0)
RNAmodR.RiboMethSeq (0)
RNAprobR (73)
rnaseqcomp (77)
RnaSeqGeneEdgeRQL (16)
rnaSeqMap (115)
RNASeqPower (165)
RNASeqR (25)
RnaSeqSampleSize (136)
RnBeads (271)
Rnits (77)
roar (93)
ROC (921)
Roleswitch (94)
Rolexa (4)
rols (301)
roma (0)
ROntoTools (102)
ropls (446)
ROTS (197)
RPA (107)
RProtoBufLib (467)
RpsiXML (106)
rpx (319)
Rqc (125)
rqt (71)
rqubic (117)
rRDP (106)
Rredland (1)
RRHO (99)
Rsamtools (12969)
rsbml (123)
rScudo (11)
RSeqAn (61)
rSFFreader (56)
RSNPper (0)
Rsubread (1209)
RSVSim (86)
rTANDEM (187)
RTCA (110)
RTCGA (548)
RTCGAToolbox (544)
RTN (161)
RTNduals (91)
RTNsurvival (87)
RTools4TB (1)
RTopper (79)
rtracklayer (11995)
Rtreemix (78)
rTRM (87)
rTRMui (71)
runibic (91)
Ruuid (1)
RUVcorr (87)
RUVnormalize (88)
RUVSeq (850)
RVS (98)
RWebServices (2)
rWikiPathways (124)

S

S4Vectors (24688)
safe (413)
SAGElyzer (0)
sagenhaft (77)
SAGx (174)
samExploreR (86)
sampleClassifier (100)
SamSPECTRAL (148)
sangerseqR (248)
SANTA (86)
sapFinder (76)
saps (3)
savR (104)
sbgr (2)
SBMLR (88)
SC3 (544)
Scale4C (63)
scAlign (3)
SCAN.UPC (290)
scater (1840)
SCBN (23)
scDD (171)
scde (404)
scds (5)
scFeatureFilter (56)
scfind (125)
ScISI (95)
scmap (204)
scMerge (6)
scmeth (88)
SCnorm (214)
scone (198)
Sconify (99)
scoreInvHap (63)
scPipe (127)
scran (1213)
scRecover (4)
scruff (35)
scsR (72)
scTensor (12)
SDAMS (92)
segmentSeq (139)
SELEX (82)
SemDist (72)
semisup (67)
SemSim (0)
SEPA (72)
SEPIRA (59)
seq2pathway (85)
SeqArray (372)
seqbias (88)
seqCAT (98)
seqCNA (85)
seqcombo (100)
SeqGSEA (228)
seqLogo (1159)
Seqnames (0)
seqPattern (320)
seqplots (177)
seqsetvis (87)
SeqSQC (67)
seqTools (123)
SeqVarTools (303)
sesame (413)
sevenbridges (105)
sevenC (62)
SGSeq (175)
shinyMethyl (146)
shinyTANDEM (86)
ShortRead (4641)
shortread (0)
SIAMCAT (99)
SICtools (51)
sidap (0)
sigaR (86)
SigCheck (77)
sigFeature (39)
SigFuge (71)
siggenes (1905)
sights (110)
signeR (110)
signet (66)
sigPathway (162)
sigsquared (68)
SIM (79)
SIMAT (107)
SimBindProfiles (72)
SIMD (21)
similaRpeak (75)
SIMLR (148)
simpleaffy (755)
simulatorAPMS (0)
simulatorZ (75)
sincell (96)
SingleCellExperiment (2194)
singleCellTK (95)
singscore (129)
SISPA (73)
sitePath (3)
sizepower (89)
SJava (3)
skewr (66)
slalom (94)
SLGI (79)
slingshot (126)
slinky (50)
SLqPCR (91)
SMAD (7)
SMAP (72)
SMITE (111)
SNAData (0)
SNAGEE (72)
snapCGH (94)
snm (164)
snpAssoc (0)
SNPchip (253)
SNPediaR (84)
SNPhood (71)
snpMatrix (5)
snpMatrix2 (0)
SNPRelate (887)
snpStats (1267)
soGGi (113)
SomatiCA (7)
SomaticSignatures (229)
SpacePAC (82)
spade (20)
sparseDOSSA (69)
sparsenetgls (25)
SparseSignatures (66)
SpatialCPie (4)
specL (81)
SpeCond (137)
SpectralTAD (6)
SPEM (92)
SPIA (566)
SpidermiR (128)
spikeLI (70)
spkTools (76)
splatter (262)
splicegear (74)
spliceR (81)
spliceSites (78)
SplicingGraphs (167)
splineTCDiffExpr (1)
splineTimeR (77)
SPLINTER (103)
splots (221)
SPONGE (66)
spotSegmentation (75)
SQLDataFrame (0)
SQUADD (73)
sRACIPE (3)
SRAdb (518)
sRAP (79)
SRGnet (67)
srnadiff (85)
sscore (77)
sscu (72)
sSeq (212)
ssize (111)
SSPA (333)
ssrch (4)
ssviz (105)
stageR (102)
stam (0)
STAN (110)
staRank (87)
StarBioTrek (76)
Starr (79)
STATegRa (84)
statTarget (139)
stepNorm (74)
stepwiseCM (8)
strandCheckR (22)
Streamer (96)
STRINGdb (471)
STROMA4 (98)
Structstrings (4)
StructuralVariantAnnotation (5)
SubCellBarCode (4)
subSeq (126)
SummarizedBenchmark (95)
SummarizedExperiment (15754)
supraHex (325)
survcomp (562)
survtype (4)
Sushi (312)
sva (4397)
SVAPLSseq (83)
SVM2CRM (68)
SWATH2stats (105)
SwathXtend (71)
swfdr (69)
SwimR (72)
switchBox (90)
switchde (111)
synapter (156)
synergyfinder (129)
synlet (99)
SynMut (3)
systemPipeR (899)
systemPipeRdata (0)

T

TargetScore (91)
TargetSearch (106)
targetsearch (0)
TarSeqQC (82)
TCC (255)
TCGAbiolinks (1584)
TCGAbiolinksGUI (230)
TCGAutils (345)
TCseq (147)
TDARACNE (80)
tdaracne (0)
tenXplore (91)
TEQC (101)
ternarynet (70)
TFARM (64)
TFBSTools (477)
TFEA.ChIP (94)
TFHAZ (63)
TFutils (73)
tiger (0)
tigre (78)
tilingArray (115)
timecourse (107)
TimerQuant (0)
timescape (85)
TimeSeriesExperiment (56)
TIN (71)
TissueEnrich (94)
TitanCNA (132)
tkWidgets (599)
TMixClust (80)
TNBC.CMS (3)
TnT (70)
TOAST (0)
tofsims (93)
ToPASeq (114)
topconfects (8)
topdownr (67)
topGO (2408)
topicmodels (0)
TPP (134)
TPP2D (4)
tracktables (95)
trackViewer (231)
transcriptogramer (74)
transcriptR (109)
transite (42)
tRanslatome (76)
TransView (108)
traseR (74)
treeio (1506)
TreeSummarizedExperiment (3)
trena (60)
TReNA (7)
Trendy (87)
triform (73)
trigger (74)
trio (105)
triplex (80)
tRNA (26)
tRNAdbImport (19)
tRNAscanImport (58)
TRONCO (109)
TSCAN (195)
tspair (85)
TSRchitect (79)
TSSi (75)
TTMap (57)
TurboNorm (74)
TVTB (73)
tweeDEseq (129)
twilight (179)
twoddpcr (74)
tximeta (69)
tximport (2585)
TxRegInfra (74)
TypeInfo (71)

U

Ularcirc (26)
UNDO (77)
unifiedWMWqPCR (72)
UniProt.ws (285)
Uniquorn (97)
universalmotif (57)
uSORT (100)

V

VanillaICE (105)
variancePartition (202)
VariantAnnotation (6160)
VariantFiltering (93)
VariantTools (130)
vbmp (114)
VCFArray (9)
Vega (74)
VegaMC (72)
VennDetail (4)
vidger (127)
viper (227)
virtualArray (10)
vsn (3208)
vtpnet (67)
vulcan (63)

W

wateRmelon (605)
wavClusteR (109)
waveTiling (72)
weaver (101)
webbioc (78)
widgetInvoke (0)
widgetTools (615)
wiggleplotr (116)
Wrench (50)

X

XBSeq (111)
XCIR (1)
xcms (1110)
XDE (74)
Xeva (3)
XINA (52)
xmapbridge (71)
xmapcore (1)
xps (84)
XVector (18720)
xvector (0)

Y

y2hStat (0)
yamss (79)
YAPSA (97)
yaqcaffy (101)
yarn (104)

Z

zFPKM (128)
zinbwave (479)
zlibbioc (20615)