See download stats for:    Bioconductor annotation packages    Bioconductor experiment packages    Bioconductor workflow packages

Download stats for Bioconductor software packages

This page was generated on 2019-04-16 08:43:52 -0400 (Tue, 16 Apr 2019).

The number reported next to each package name is the download score, that is, the average number of distinct IPs that “hit” the package each month for the last 12 months (not counting the current month). Packages in bold are the default Bioconductor packages (i.e. the BiocInstaller package + the packages that get installed the first time biocLite() is called with no arguments).


Top 75

1BiocInstaller (29064)
2BiocGenerics (27746)
3IRanges (24670)
4Biobase (24328)
5S4Vectors (23970)
6AnnotationDbi (20388)
7zlibbioc (19864)
8BiocParallel (18170)
9XVector (17929)
10GenomicRanges (17790)
11limma (17477)
12GenomeInfoDb (16804)
13Biostrings (16144)
14DelayedArray (15201)
15SummarizedExperiment (15173)
16annotate (13481)
17Rsamtools (12364)
18genefilter (12018)
19GenomicAlignments (11953)
20rtracklayer (11478)
21biomaRt (11235)
22graph (10841)
23edgeR (10404)
24GenomicFeatures (10216)
25BiocVersion (9699)
26DESeq2 (9403)
27preprocessCore (9125)
28geneplotter (8939)
29rhdf5 (7020)
30affy (6716)
31affyio (6612)
32RBGL (6389)
33BSgenome (6224)
34Rhdf5lib (6195)
35multtest (6106)
36Rgraphviz (6086)
37qvalue (6031)
38VariantAnnotation (5834)
39impute (5590)
40GEOquery (4950)
41ensembldb (4712)
42ProtGenerics (4636)
43ShortRead (4518)
44sva (4142)
45DOSE (3988)
46fgsea (3831)
47biovizBase (3830)
48DESeq (3824)
49AnnotationFilter (3817)
50clusterProfiler (3798)
51GOSemSim (3770)
52GSEABase (3711)
53AnnotationHub (3582)
54KEGGREST (3354)
55ComplexHeatmap (3285)
56vsn (3101)
57interactiveDisplayBase (2970)
58Gviz (2952)
59phyloseq (2843)
60HDF5Array (2836)
61Category (2733)
62enrichplot (2641)
63AnnotationForge (2606)
64pcaMethods (2599)
65pathview (2562)
66tximport (2556)
67KEGGgraph (2514)
68biomformat (2476)
69GOstats (2393)
70topGO (2384)
71aroma.light (2258)
72illuminaio (2224)
73EDASeq (2196)
74DelayedMatrixStats (2179)
75OrganismDbi (2176)

All software packages

All software package stats in one file: bioc_pkg_stats.tab

All software package download scores in one file: bioc_pkg_scores.tab

See Download stats for Bioconductor software repository (all packages combined)

A

a4 (113)
a4Base (130)
a4Classif (109)
a4Core (158)
a4Preproc (153)
a4Reporting (110)
a4reporting (0)
ABAEnrichment (100)
ABarray (110)
abseqR (18)
ABSSeq (105)
acde (100)
ACE (21)
aCGH (170)
ACME (122)
ADaCGH2 (95)
ADAM (6)
adaptest (61)
adductomicsR (3)
adSplit (94)
AffiXcan (16)
affxparser (1726)
affy (6716)
affycomp (152)
AffyCompatible (103)
affyContam (93)
affycoretools (438)
affydata (0)
AffyExpress (98)
affyILM (90)
affyio (6612)
affylmGUI (156)
affyPara (97)
affypdnn (118)
affyPLM (1325)
affyqcreport (0)
affyQCReport (301)
AffyRNADegradation (91)
AffyTiling (8)
AGDEX (91)
Agi4x44PreProcess (5)
agilp (172)
AgiMicroRna (131)
agimicrorna (0)
AIMS (289)
ALDEx2 (244)
alevinQC (2)
AllelicImbalance (100)
alpine (100)
alsace (98)
altcdfenvs (100)
AMARETTO (0)
AMOUNTAIN (94)
amplican (110)
ampliQueso (83)
AnalysisPageServer (83)
anamiR (94)
Anaquin (106)
AneuFinder (130)
ANF (79)
annaffy (519)
AnnBuilder (0)
annmap (81)
annotate (13481)
AnnotationDbi (20388)
annotationdbi (0)
AnnotationFilter (3817)
AnnotationForge (2606)
AnnotationFuncs (129)
AnnotationHub (3582)
AnnotationHubData (128)
annotationTools (142)
annotatr (233)
anota (98)
anota2seq (102)
antiProfiles (88)
apcluster (0)
apComplex (129)
apcomplex (0)
apeglm (1063)
applera (0)
appreci8R (20)
aroma.light (2258)
ArrayExpress (482)
ArrayExpressHTS (59)
arrayMagic (0)
arraymvout (0)
arrayMvout (84)
arrayQCplot (0)
arrayQuality (126)
arrayQualityMetrics (486)
arrayqualitymetrics (0)
ArrayTools (136)
ArrayTV (97)
ARRmNormalization (86)
artMS (35)
ASAFE (78)
ASEB (90)
ASGSCA (90)
ASICS (69)
asmn (1)
ASpli (136)
AssessORF (16)
ASSET (100)
ASSIGN (90)
ATACseqQC (235)
AtlasRDF (21)
atSNP (2)
attract (102)
AUCell (327)

B

BaalChIP (84)
BAC (87)
bacon (125)
BADER (90)
BadRegionFinder (83)
BAGS (84)
ballgown (938)
bamsignals (274)
banocc (79)
basecallQC (87)
BaseSpaceR (110)
Basic4Cseq (118)
BASiCS (151)
BasicSTARRseq (86)
batchelor (0)
BatchQC (140)
BayesKnockdown (76)
BayesPeak (135)
bayNorm (37)
baySeq (527)
BBCAnalyzer (83)
BCRANK (112)
bcSeq (85)
BDMMAcorrect (35)
beachmat (1609)
beadarray (670)
beadarraySNP (105)
beaddatapackr (0)
BeadDataPackR (648)
BeadExplorer (0)
BEARscc (78)
BEAT (100)
BEclear (92)
betr (13)
bgafun (84)
BgeeDB (126)
BGmix (53)
bgx (90)
BHC (166)
BicARE (134)
BiFET (78)
BiGGR (96)
BigMatrix (0)
bigmelon (88)
bigmemoryExtras (78)
bigPint (2)
bim (0)
bioassayR (125)
biobase (0)
Biobase (24328)
biobroom (201)
bioCancer (104)
BiocCaseStudies (93)
BiocCheck (317)
biocDatasets (0)
BiocFileCache (659)
BiocGenerics (27746)
biocGraph (260)
biocinstaller (0)
Biocinstaller (0)
BiocInstaller (29064)
biocLite (0)
BiocNeighbors (397)
BiocOncoTK (85)
Bioconductor (0)
BioCor (104)
BiocParallel (18170)
BiocPkgTools (43)
BiocSingular (8)
BiocSklearn (78)
BiocStyle (2088)
BiocVersion (9699)
biocViews (1641)
BiocWorkflowTools (105)
bioDist (256)
biomaRt (11235)
BioMedR (21)
biomformat (2476)
BioMM (2)
BioMVCClass (83)
biomvRCNS (82)
BioNet (299)
bionet (0)
BioNetStat (67)
BioQC (98)
BioSeqClass (113)
biosigner (98)
biostrings (0)
Biostrings (16144)
BiostringsCinterfaceDemo (0)
biosvd (87)
biotmle (84)
biovizBase (3830)
BiRewire (118)
birta (91)
birte (81)
BiSeq (164)
BitSeq (174)
blima (86)
BLMA (85)
bnbc (77)
BPRMeth (91)
BRAIN (201)
brainImageR (20)
BrainStars (84)
branchpointer (78)
breakpointR (17)
bridge (85)
BridgeDbR (105)
BrowserViz (110)
BrowserVizDemo (42)
BSgenome (6224)
bsseq (843)
BubbleTree (87)
BufferedMatrix (95)
BufferedMatrixMethods (88)
BUMHMM (96)
bumphunter (1861)
BUS (84)
BUScorrect (18)
BuxcoR (0)

C

CAFE (80)
CAGEfightR (63)
CAGEr (128)
CALIB (97)
CAMERA (484)
CAMTHC (27)
canceR (95)
cancerclass (89)
CancerInSilico (82)
CancerMutationAnalysis (97)
CancerSubtypes (141)
CAnD (81)
caOmicsV (83)
Cardinal (159)
casper (106)
CATALYST (166)
Category (2733)
categoryCompare (85)
CausalR (97)
cbaf (83)
ccfindR (83)
ccmap (101)
CCPROMISE (80)
ccrepe (100)
celaref (38)
cellbaseR (78)
CellBench (1)
cellGrowth (92)
cellHTS (6)
cellHTS2 (252)
cellity (111)
CellMapper (78)
CellMixS (0)
CellNOptR (155)
cellscape (92)
CellScore (55)
CellTrails (41)
cellTree (137)
CEMiTool (169)
CexoR (82)
CFAssay (89)
CGEN (109)
CGHbase (238)
CGHcall (218)
cghMCR (117)
CGHnormaliter (82)
CGHregions (98)
ChAMP (500)
CHARGE (56)
charm (97)
ChemmineOB (207)
ChemmineR (428)
chemminer (0)
CHETAH (0)
ChIC (48)
Chicago (107)
chimera (108)
chimeraviz (142)
ChIPanalyser (71)
ChIPComp (92)
chipenrich (134)
ChIPexoQual (81)
ChIPpeakAnno (837)
ChIPQC (262)
ChIPseeker (982)
chipseq (455)
ChIPseqR (148)
ChIPSeqSpike (83)
ChIPsim (146)
ChIPXpress (68)
chopsticks (170)
chroGPS (85)
chromDraw (88)
ChromHeatMap (99)
ChromoViz (0)
chromPlot (122)
chromstaR (108)
chromswitch (89)
chromVAR (149)
CHRONOS (88)
cicero (55)
CINdex (81)
cisPath (89)
ClassifyR (123)
cleanUpdTSeq (88)
cleaver (200)
clippda (92)
clipper (128)
Clomial (85)
Clonality (86)
clonotypeR (85)
clst (90)
clstutils (84)
CluMSID (6)
clustComp (83)
clusterExperiment (296)
ClusterJudge (70)
clusterProfiler (3798)
clusterprofiler (0)
clusterSeq (79)
ClusterSignificance (86)
clusterStab (148)
CMA (140)
cn.farms (90)
cn.mops (206)
CNAnorm (100)
cnanorm (0)
CNEr (462)
CNORdt (105)
CNORfeeder (106)
CNORfuzzy (88)
CNORode (130)
CNPBayes (82)
CNTools (215)
cnvGSA (85)
CNVPanelizer (100)
CNVRanger (1)
CNVrd2 (88)
CNVtools (103)
cnvtools (0)
cobindR (85)
CoCiteStats (90)
COCOA (23)
codelink (100)
CODEX (163)
coexnet (81)
CoGAPS (125)
cogena (114)
coGPS (83)
COHCAP (103)
cola (2)
coMET (116)
compartmap (36)
COMPASS (125)
compcodeR (121)
compEpiTools (102)
CompGO (100)
ComplexHeatmap (3285)
condcomp (18)
CONFESS (75)
consensus (23)
ConsensusClusterPlus (1879)
consensusDE (36)
consensusOV (80)
consensusSeekeR (84)
contiBAIT (94)
conumee (123)
convert (186)
copa (91)
COPDSexualDimorphism (1)
copynumber (267)
CopyNumber450k (4)
CopywriteR (137)
coRdon (41)
CoRegFlux (1)
CoRegNet (103)
Cormotif (82)
CorMut (90)
coRNAi (18)
CORREP (81)
coseq (119)
cosmiq (90)
cosmo (2)
cosmoGUI (1)
COSNet (81)
CountClust (133)
countsimQC (36)
covEB (92)
CoverageView (126)
covRNA (77)
cpvSNP (85)
cqn (222)
CRImage (106)
CRISPRseek (148)
crisprseekplus (80)
CrispRVariants (135)
crlmm (187)
crossmeta (100)
CSAR (153)
csaw (278)
CSSP (82)
ctc (332)
CTDquerier (57)
cTRAP (18)
ctsGE (113)
cummeRbund (860)
cummerbund (0)
customProDB (145)
CVE (87)
cycle (90)
cydar (118)
CytoDx (59)
cytofast (4)
cytofkit (286)
cytolib (473)
CytoML (110)

D

dada2 (1133)
dagLogo (79)
daMA (81)
DaMiRseq (94)
DAPAR (141)
DART (90)
DASC (18)
DASiR (3)
DAVIDQuery (5)
DBChIP (122)
dcGSA (94)
DChIPRep (82)
ddCt (150)
ddgraph (26)
DDiGGER (0)
ddPCRclust (57)
debrowser (193)
DECIPHER (860)
deco (5)
DEComplexDisease (57)
decompTumor2Sig (6)
DeconRNASeq (145)
decontam (93)
DEDS (122)
DeepBlueR (99)
deepSNV (126)
DEFormats (227)
DEGraph (84)
DEGreport (226)
DEGseq (337)
DelayedArray (15201)
DelayedDataFrame (6)
DelayedMatrixStats (2179)
deltaGseg (79)
DeMAND (88)
DeMixT (0)
DEP (208)
DepecheR (1)
DEqMS (41)
derfinder (372)
derfinderHelper (360)
derfinderPlot (116)
DEScan2 (74)
deseq (0)
DESeq (3824)
DESeq2 (9403)
DEsingle (84)
destiny (827)
DEsubs (93)
DEXSeq (715)
dexus (102)
DFP (84)
DiffBind (632)
diffcoexp (62)
diffcyt (111)
diffgeneanalysis (0)
diffGeneAnalysis (80)
diffHic (115)
DiffLogo (88)
diffloop (125)
diffuStats (79)
diggit (86)
Director (80)
DirichletMultinomial (551)
discordant (101)
divergence (2)
dks (79)
DMCHMM (76)
DMRcaller (138)
DMRcate (552)
DMRforPairs (85)
DMRScan (78)
dmrseq (119)
DNABarcodeCompatibility (5)
DNABarcodes (128)
DNAcopy (1971)
DNaseR (1)
DNAshapeR (112)
domainsignatures (46)
DominoEffect (64)
doppelgangR (93)
DOQTL (103)
Doscheda (88)
DOSE (3988)
doseR (2)
drawProteins (87)
DRIMSeq (221)
DriverNet (101)
DropletUtils (418)
DrugVsDisease (81)
dSimer (83)
DSS (698)
DTA (82)
dualKS (80)
DupChecker (79)
dupRadar (97)
dyebias (86)
DynDoc (629)
dyndoc (0)

E

EasyqpcR (138)
easyrnaseq (0)
easyRNASeq (181)
EBarrays (166)
EBcoexpress (91)
EBImage (2127)
EBSEA (75)
EBSeq (586)
EBSeqHMM (127)
ecolitk (86)
EDASeq (2196)
edd (1)
EDDA (102)
edge (142)
edger (0)
edgeR (10404)
eegc (77)
EGAD (90)
EGSEA (233)
eiR (79)
eisa (101)
ELBOW (85)
ELMER (345)
EMDomics (82)
EmpiricalBrownsMethod (106)
ENCODExplorer (109)
EnhancedVolcano (149)
ENmix (147)
EnrichedHeatmap (167)
EnrichmentBrowser (308)
enrichplot (2641)
ensembldb (4712)
ensemblVEP (144)
ENVISIONQuery (84)
EpiCluster (0)
EpiDISH (112)
epigenomix (92)
epihet (2)
epiNEM (75)
epivizr (112)
epivizrChart (71)
epivizrData (114)
epivizrServer (110)
epivizrStandalone (89)
erccdashboard (128)
erma (251)
ERSSA (36)
esATAC (228)
esetVis (95)
eudysbiome (75)
evaluomeR (0)
EventPointer (86)
EWCE (9)
ExCluster (32)
ExiMiR (87)
exomeCopy (262)
exomecopy (0)
exomePeak (128)
exonfindR (0)
exonmap (1)
ExperimentHub (621)
ExperimentHubData (86)
explorase (66)
ExpressionAtlas (99)
ExpressionView (85)
exprExternal (0)
externalVector (1)

F

fabia (160)
facopy (60)
factDesign (89)
FamAgg (98)
farms (99)
fastLiquidAssociation (81)
FastqCleaner (25)
fastseg (547)
fbat (0)
FCBF (31)
fCCAC (78)
fCI (81)
fdrame (85)
FELLA (66)
FEM (392)
ffpe (94)
FGNet (141)
fgsea (3831)
FindMyFriends (108)
FISHalyseR (82)
fishpond (1)
FitHiC (101)
flagme (89)
flipflop (99)
flowAI (195)
flowBeads (99)
flowBin (101)
flowcatchR (83)
flowCHIC (102)
flowCL (144)
flowClean (144)
flowClust (358)
flowCore (1489)
flowCyBar (84)
flowDensity (182)
flowFit (85)
flowFlowJo (3)
flowFP (138)
flowMap (86)
flowMatch (103)
flowMeans (210)
flowMerge (128)
flowPeaks (155)
flowPhyto (2)
flowPloidy (87)
flowPlots (84)
flowq (0)
flowQ (67)
flowQB (83)
FlowRepositoryR (94)
FlowSOM (601)
flowStats (349)
flowTime (92)
flowTrans (119)
flowType (109)
flowUtils (623)
flowViz (701)
flowVS (87)
flowworkspace (0)
flowWorkspace (602)
fmcsR (176)
focalCall (80)
FoldGO (17)
FourCSeq (102)
FRGEpistasis (88)
frma (227)
frmaTools (93)
FunChIP (80)
FunciSNP (92)
funtooNorm (72)

G

GA4GHclient (77)
GA4GHshiny (75)
gaga (113)
gage (936)
gaggle (87)
gaia (191)
GAPGOM (3)
GAprediction (73)
garfield (77)
GARS (53)
GateFinder (78)
gaucho (56)
gcapc (80)
gcatest (80)
gCMAP (75)
gCMAPWeb (51)
gCrisprTools (106)
gcrma (1776)
GDCRNATools (211)
GDSArray (57)
gdsfmt (1038)
geecc (78)
GEM (81)
genArise (88)
genbankr (152)
GENE.E (11)
gene2pathway (2)
GeneAccord (18)
GeneAnswers (148)
geneAttribution (75)
GeneBreak (81)
geneClassifiers (72)
GeneExpressionSignature (92)
genefilter (12018)
genefu (280)
GeneGA (72)
GeneGeneInteR (81)
GeneGroupAnalysis (2)
GeneMeta (113)
GeneNetworkBuilder (96)
GeneOverlap (210)
geneplast (83)
geneplotter (8939)
GeneR (1)
geneRecommender (85)
GeneRegionScan (84)
GeneRfold (0)
geneRxCluster (79)
GeneSelectMMD (88)
GeneSelector (107)
GENESIS (203)
GeneSpring (1)
GeneStructureTools (72)
geNetClassifier (121)
GeneticsBase (0)
GeneticsDesign (101)
GeneticsPed (148)
GeneTraffic (0)
GeneTS (0)
geneXtendeR (81)
GENIE3 (319)
genoCN (83)
GenoGAM (89)
genomation (326)
GenomeBase (0)
GenomeGraphs (239)
GenomeInfoDb (16804)
genomeinfodb (0)
genomeIntervals (250)
genomeintervals (0)
genomes (101)
GenomicAlignments (11953)
genomicalignments (0)
GenomicDataCommons (511)
GenomicFeatures (10216)
GenomicFiles (720)
GenomicInteractions (147)
GenomicRanges (17790)
GenomicScores (270)
GenomicTuples (84)
Genominator (97)
genoset (185)
genotypeeval (79)
GenoView (3)
genphen (77)
GenRank (81)
GenVisR (294)
GEOmetadb (259)
GEOquery (4950)
GEOsearch (21)
GEOsubmission (83)
gep2pep (54)
gespeR (122)
GEWIST (76)
gff3Plotter (0)
GGBase (140)
ggbio (1921)
ggcyto (380)
GGtools (128)
ggtree (1625)
GIGSEA (18)
girafe (149)
GISPA (75)
GLAD (241)
Glimma (821)
glmSparseNet (23)
GlobalAncova (284)
globalSeq (79)
globaltest (859)
gmapR (106)
GMRP (71)
GNET2 (0)
goCluster (0)
GOexpress (172)
GOfuncR (88)
GOFunction (100)
GoogleGenomics (85)
GOpro (84)
goProfiles (151)
goprofiles (0)
gosemsim (0)
GOSemSim (3770)
goseq (1054)
GOSim (135)
goSTAG (83)
gostats (0)
GOstats (2393)
GOsummaries (141)
GOTHiC (125)
goTools (119)
gotools (0)
gpart (23)
gpls (158)
gprege (80)
gQTLBase (229)
gQTLstats (239)
graper (5)
graph (10841)
GraphAlignment (88)
GraphAT (84)
graphite (1233)
GraphPAC (88)
GRENITS (86)
GreyListChIP (88)
GRmetrics (136)
groHMM (98)
GRridge (78)
GSALightning (76)
GSAR (162)
GSCA (80)
GSEABase (3711)
gseabase (0)
GSEABenchmarkeR (99)
GSEAlm (145)
gsean (65)
GSReg (79)
GSRI (83)
GSVA (807)
gtrellis (137)
GUIDEseq (108)
Guitar (116)
Gviz (2952)
gwascat (228)
GWASTools (363)
gwasurvivr (25)

H

h5vc (89)
hapFabia (86)
Harman (150)
Harshlight (82)
harshlight (0)
HCsnip (25)
HDF5Array (2836)
HDTD (80)
heatmaps (176)
Heatplus (621)
HelloRanges (108)
HELP (84)
HEM (83)
hexbin (4)
hiAnnotator (104)
HIBAG (107)
HiCBricks (15)
HiCcompare (104)
hicrep (94)
hierGWAS (83)
hierinf (15)
HilbertCurve (129)
HilbertVis (260)
HilbertVisGUI (69)
hipathia (79)
hiReadsProcessor (69)
HIREewas (15)
HiTC (211)
hmdbQuery (68)
HMMcopy (174)
hopach (246)
HPAanalyze (19)
hpar (254)
HTqPCR (198)
HTSanalyzeR (178)
HTSeqGenie (52)
htseqtools (0)
htSeqTools (160)
HTSFilter (203)
HybridMTest (95)
hypeR (1)
hyperdraw (108)
hypergraph (146)

I

iASeq (75)
iasva (38)
iBBiG (129)
ibh (77)
iBMQ (71)
iCARE (85)
Icens (305)
icetea (37)
iCheck (81)
iChip (79)
iClusterPlus (164)
iCNV (74)
iCOBRA (117)
ideal (107)
ideogram (0)
IdeoViz (130)
idiogram (83)
IdMappingAnalysis (76)
IdMappingRetrieval (75)
iFlow (2)
iGC (77)
igvR (61)
IHW (580)
illuminaio (2224)
imageHTS (108)
IMAS (93)
Imetagene (73)
IMMAN (57)
ImmuneSpaceR (112)
immunoClust (86)
IMPCdata (72)
ImpulseDE (81)
ImpulseDE2 (128)
impute (5590)
INDEED (19)
InPAS (78)
INPower (75)
inSilicoDb (21)
inSilicoMerging (24)
insilicomerging (0)
INSPEcT (104)
InTAD (65)
intansv (89)
InteractionSet (270)
interactiveDisplay (234)
interactiveDisplayBase (2970)
IntEREst (101)
InterMineR (97)
IntramiRExploreR (70)
inversion (0)
inveRsion (79)
IONiseR (103)
iontree (41)
iPAC (95)
ipdDb (17)
IPO (154)
IPPD (154)
IRanges (24670)
IrisSpatialFeatures (47)
iSEE (131)
iSeq (82)
iSNetwork (0)
isobar (206)
IsoCorrectoR (18)
IsoCorrectoRGUI (6)
IsoformSwitchAnalyzeR (159)
IsoGeneGUI (85)
ISoLDE (76)
isomiRs (101)
iSPlot (0)
ITALICS (82)
iterativeBMA (96)
iterativebma (0)
iterativeBMAsurv (84)
iterClust (74)
iteremoval (56)
IVAS (102)
ivygapSE (67)
IWTomics (78)

J

JASPAR2018 (55)
jmosaics (4)
joda (79)
JunctionSeq (158)

K

karyoploteR (347)
KCsmart (76)
kebabs (144)
KEGGgraph (2514)
KEGGlincs (84)
keggorth (0)
keggorthology (105)
KEGGprofile (217)
KEGGREST (3354)
KEGGSOAP (3)
kimod (74)
KinSwingR (16)
kissDE (58)
kmknn (34)

L

lapmix (79)
LBE (117)
ldblock (144)
LEA (273)
LedPred (78)
les (84)
levi (15)
lfa (200)
limma (17477)
limmaGUI (128)
LINC (79)
LineagePulse (74)
Linnorm (156)
LiquidAssociation (84)
lmdme (88)
LMGene (98)
LOBSTAHS (87)
loci2path (57)
logicFS (220)
logitT (79)
Logolas (100)
lol (78)
LOLA (134)
LoomExperiment (37)
LowMACA (77)
LPE (99)
LPEadj (80)
lpNet (76)
lpsymphony (564)
LRBaseDbi (19)
lumi (964)
LVSmiRNA (83)
LymphoSeq (92)

M

M3C (85)
M3D (80)
M3Drop (210)
maanova (108)
macat (79)
maCorrPlot (82)
MACPET (52)
maDB (1)
madb (0)
made4 (381)
MADSEQ (78)
maftools (899)
MAGeCKFlute (89)
maigesPack (90)
MAIT (123)
makecdfenv (180)
makePlatformDesign (1)
MANOR (78)
manta (104)
MantelCorr (77)
mAPKL (75)
maPredictDSC (82)
mapscape (74)
marray (1389)
martini (62)
maser (31)
maSigPro (284)
maskBAD (79)
MassArray (84)
massarray (0)
massiR (81)
MassSpecWavelet (950)
MAST (526)
matchBox (75)
matchprobes (0)
Matrix (0)
MatrixRider (76)
matter (144)
MaxContrastProjection (89)
MBAmethyl (69)
MBASED (86)
MBCB (86)
mbkmeans (0)
mBPCR (82)
MBttest (68)
mcaGUI (77)
MCbiclust (100)
MCRestimate (84)
mCSEA (76)
mdgsa (97)
mdp (75)
mdqc (83)
MDTS (53)
MEAL (78)
MeasurementError.cor (76)
MEDIPS (140)
MEDME (75)
MEIGOR (101)
Melissa (2)
mergemaid (0)
MergeMaid (116)
Mergeomics (87)
MeSHDbi (186)
meshes (100)
meshr (119)
MeSHSim (8)
messina (74)
metaArray (104)
metaarray (0)
Metab (95)
metabomxtr (107)
MetaboSignal (86)
metaCCA (82)
MetaCyto (94)
metagene (102)
metagenomeFeatures (108)
metagenomeSeq (560)
MetaGxOvarian (10)
metahdep (76)
metaMS (116)
MetaNeighbor (85)
metaR (0)
metaSeq (92)
metaseqR (121)
metavizr (83)
metaX (5)
MetCirc (81)
methimpute (77)
methInheritSim (74)
MethPed (89)
MethTargetedNGS (75)
methVisual (86)
methyAnalysis (150)
MethylAid (93)
methylGSA (35)
methylInheritance (79)
methylKit (525)
MethylMix (136)
methylMnM (78)
methylPipe (115)
MethylSeekR (103)
methylumi (1107)
methyvim (74)
MetID (15)
MetNet (36)
mfa (101)
Mfuzz (290)
mfuzz (0)
MGFM (80)
MGFR (102)
mgsa (107)
MiChip (77)
microbiome (437)
microRNA (162)
MIGSA (81)
mimager (71)
MIMOSA (98)
MineICA (91)
minet (672)
minfi (1882)
MinimumDistance (77)
MiPP (81)
MIRA (100)
MiRaGE (101)
miRBaseConverter (86)
miRcomp (75)
mirIntegrator (83)
miRLAB (93)
miRmine (67)
miRNAmeConverter (84)
miRNApath (91)
miRNAtap (134)
miRSM (16)
miRsponge (81)
miRspongeR (1)
Mirsynergy (83)
missMethyl (616)
missRows (51)
mitoODE (74)
mixOmics (519)
MLInterfaces (384)
mlm4omics (12)
MLP (107)
MLSeq (164)
MMDiff (4)
MMDiff2 (79)
mmgmos (0)
mmnet (10)
MmPalateMiRNA (79)
MODA (83)
Modstrings (1)
MOFA (0)
mogsa (87)
monocle (1403)
MoonlightR (92)
MoPS (76)
mosaics (141)
motifbreakR (103)
motifcounter (89)
MotifDb (323)
motifmatchr (207)
motifRG (124)
motifStack (453)
MotIV (444)
MPFE (71)
mpra (78)
MPRAnalyze (33)
mQTL.NMR (69)
msa (751)
msbase (0)
mscalib (0)
msgbsR (89)
MSGFgui (156)
MSGFplus (233)
msmsEDA (197)
msmsTests (173)
MSnbase (1478)
MSnID (219)
msPurity (105)
msQC (0)
MSstats (307)
MSstatsQC (78)
MSstatsQCgui (54)
MSstatsTMT (41)
mtbls2 (0)
MTseeker (13)
Mulcom (142)
MultiAssayExperiment (809)
multiClust (132)
MultiDataSet (111)
multiHiCcompare (17)
MultiMed (77)
multiMiR (113)
multiOmicsViz (75)
multiscan (75)
multtest (6106)
muscle (179)
MutationalPatterns (219)
MVCClass (82)
mvGST (25)
MWASTools (99)
mygene (365)
myvariant (105)
mzID (1280)
mzR (1487)

N

NADfinder (74)
NanoStringDiff (121)
NanoStringQCPro (127)
NarrowPeaks (89)
NBSplice (38)
ncdfFlow (530)
NCIgraph (84)
ndexr (101)
neaGUI (6)
NeighborNet (15)
nem (140)
netbenchmark (87)
netbiov (118)
NetCRG (0)
nethet (86)
NetPathMiner (106)
netprioR (74)
netReg (73)
netresponse (89)
NetSAM (79)
netSmooth (64)
networkBMA (86)
NGScopy (81)
ngsReports (0)
nnNorm (81)
NOISeq (592)
nondetects (89)
normalize450K (71)
NormalyzerDE (27)
NormqPCR (290)
normr (88)
npGSEA (87)
NTW (74)
nucleoSim (77)
nucleR (103)
nucler (0)
nuCpos (15)
nudge (56)
NuPoP (82)

O

occugene (75)
OCplus (149)
odseq (71)
OGSA (77)
oligo (1755)
oligoClasses (1872)
OLIN (85)
OLINgui (82)
OmaDB (70)
omicade4 (106)
omiccircos (0)
OmicCircos (256)
omicplotR (73)
omicRexposome (84)
OmicsMarkeR (104)
OMICsPCA (16)
omicsPrint (68)
Onassis (76)
oncomix (68)
OncoScore (84)
OncoSimulR (92)
oneChannelGUI (27)
oneSENSE (79)
onlineFDR (17)
ontoCAT (35)
ontoProc (74)
ontoTools (0)
openCyto (277)
openPrimeR (95)
openPrimeRui (69)
OperaMate (21)
oposSOM (106)
oppar (75)
OPWeight (101)
OrderedList (205)
ORFik (86)
Organism.dplyr (240)
OrganismDbi (2176)
OSAT (97)
Oscope (105)
OTUbase (83)
OutlierD (102)
OUTRIDER (35)
OVESEG (3)

P

PAA (100)
PADOG (215)
PAIRADISE (4)
paircompviz (81)
pairseqsim (0)
pamr (3)
PAN (0)
pandaR (100)
panelcn.mops (77)
PAnnBuilder (66)
panp (94)
PANR (94)
PanVizGenerator (83)
PAPi (106)
parglms (73)
parody (129)
Path2PPI (90)
pathifier (228)
PathNet (92)
PathoStat (93)
pathprint (70)
pathRender (84)
pathVar (78)
pathview (2562)
pathwayPCA (0)
PathwaySplice (93)
PatientGeneSets (1)
paxtoolsr (134)
Pbase (93)
pbcmc (61)
pcaExplorer (302)
pcaGoPromoter (132)
pcaMethods (2599)
PCAN (75)
PCAtools (4)
pcot2 (134)
PCpheno (79)
pcxn (70)
pdInfoBuilder (148)
pdmclass (21)
PECA (89)
PepsNMR (24)
pepStat (85)
pepXMLTab (85)
perturbatr (55)
PGA (88)
pgca (70)
PGSEA (242)
pgUtils (1)
phantasus (57)
PharmacoGx (151)
phemd (3)
phenoDist (57)
phenopath (86)
phenoTest (129)
PhenStat (87)
philr (119)
phosphonormalizer (69)
phyloseq (2843)
Pi (82)
piano (334)
pickgene (78)
PICS (150)
Pigengene (106)
PING (79)
pint (82)
pkgDepTools (101)
plateCore (90)
plethy (76)
plgem (117)
plier (226)
plotGrouper (21)
PLPE (83)
plrs (77)
plw (78)
plyranges (116)
pmm (71)
podkat (83)
pogos (73)
polyester (155)
Polyfit (93)
POST (69)
PoTRA (0)
PowerExplorer (60)
powerTCR (53)
PPInfer (84)
ppiStats (94)
pqsfinder (88)
prada (280)
pram (1)
prebs (96)
PrecisionTrialDrawer (5)
PREDA (94)
predictionet (55)
preprocessCore (9125)
primirTSS (16)
PrInCE (1)
Prize (79)
proBAMr (106)
proBatch (0)
PROcess (167)
procoil (84)
ProCoNA (62)
proFIA (84)
profileScoreDist (69)
progeny (108)
projectR (0)
pRoloc (294)
pRolocGUI (95)
PROMISE (80)
PROPER (112)
PROPS (69)
Prostar (129)
prot2D (80)
proteinProfiles (74)
ProteomicsAnnotationHubData (80)
ProteoMM (33)
proteoQC (85)
ProtGenerics (4636)
PSEA (82)
psichomics (112)
PSICQUIC (106)
psygenet2r (89)
puma (151)
PureCN (152)
pvac (82)
pvca (172)
Pviz (94)
PWMEnrich (139)
pwOmics (83)
pxr (0)

Q

qckitfastq (1)
qcmetrics (110)
QDNAseq (203)
qpcrNorm (91)
qpgraph (186)
qPLEXanalyzer (22)
qrqc (172)
qsea (79)
qsmooth (0)
QSutils (19)
qtbase (0)
qtpaint (0)
QUALIFIER (108)
quantro (120)
quantsmooth (391)
QuartPAC (79)
QuasR (305)
QuaternaryProd (86)
QUBIC (120)
qusage (257)
qvalue (6031)

R

R3CPET (76)
r3Cseq (142)
R453Plus1Toolbox (86)
R4RNA (82)
RaggedExperiment (508)
rain (100)
rama (84)
ramigo (0)
RamiGO (83)
ramwas (83)
RandomWalkRestartMH (58)
randPack (84)
RankProd (403)
RareVariantVis (79)
Rariant (82)
RbcBook1 (102)
RBGL (6389)
RBioinf (93)
rbioinf (0)
rBiopaxParser (158)
RBM (75)
Rbowtie (307)
Rbowtie2 (203)
rbsurv (120)
Rcade (101)
RCAS (86)
RCASPAR (78)
rcellminer (97)
rCGH (104)
Rchemcpp (110)
RchyOptimyx (88)
RcisTarget (241)
RCM (4)
RConferoMapping (0)
Rcpi (145)
Rcwl (1)
RcwlPipelines (0)
RCy3 (392)
RCyjs (91)
RCytoscape (99)
RDAVIDWebService (409)
Rdbi (1)
RdbiPgSQL (0)
rDGIdb (87)
Rdisop (288)
RDRToolbox (165)
ReactomePA (918)
readat (109)
ReadqPCR (297)
reb (74)
REBET (15)
recount (316)
recoup (96)
RedeR (161)
REDseq (129)
RefNet (76)
RefPlus (82)
regioneR (985)
regionReport (151)
regsplice (96)
REMP (90)
Repitools (251)
ReportingTools (1018)
reposTools (0)
ReQON (79)
Resourcerer (1)
restfulSE (116)
rexposome (72)
rfcdmin (0)
rflowcyt (1)
rfPred (84)
rGADEM (532)
RGalaxy (87)
Rgin (55)
RGMQL (59)
RGraph2js (73)
Rgraphviz (6086)
rGREAT (148)
RGSEA (122)
rgsepd (98)
rhdf5 (7020)
rhdf5client (123)
Rhdf5lib (6195)
Rhisat2 (5)
Rhtslib (948)
rHVDM (75)
RiboProfiling (109)
riboSeq (0)
riboSeqR (97)
RImmPort (83)
Ringo (299)
Rintact (0)
RIPSeeker (135)
Risa (87)
RITAN (76)
RIVER (78)
RJMCMCNucleosomes (81)
RLMM (77)
RMAGEML (1)
Rmagpie (82)
RMAPPER (1)
RMassBank (108)
rMAT (83)
rmelting (2)
RmiR (77)
rmir (0)
Rmmquant (36)
RNAdecay (51)
RNAinteract (95)
RNAither (100)
rnaither (0)
RNAprobR (76)
rnaseqcomp (81)
RnaSeqGeneEdgeRQL (29)
rnaSeqMap (107)
RNASeqPower (164)
RNASeqR (16)
RnaSeqSampleSize (128)
RnBeads (264)
Rnits (79)
roar (96)
ROC (902)
Roleswitch (100)
Rolexa (4)
rols (290)
roma (2)
ROntoTools (103)
ropls (412)
ROTS (188)
RPA (115)
RProtoBufLib (459)
RpsiXML (111)
rpx (322)
Rqc (124)
rqt (75)
rqubic (119)
rRDP (97)
Rredland (1)
RRHO (100)
Rsamtools (12364)
rsbml (131)
rScudo (6)
RSeqAn (53)
rSFFreader (57)
RSNPper (0)
Rsubread (1126)
RSVSim (88)
rTANDEM (194)
RTCA (104)
RTCGA (524)
RTCGAToolbox (532)
RTN (148)
RTNduals (81)
RTNsurvival (76)
RTools4TB (1)
RTopper (81)
rtracklayer (11478)
Rtreemix (82)
rTRM (90)
rTRMui (76)
runibic (94)
Ruuid (1)
RUVcorr (88)
RUVnormalize (92)
RUVSeq (787)
RVS (88)
RWebServices (3)
rWikiPathways (94)

S

S4Vectors (23970)
safe (404)
SAGElyzer (0)
sagenhaft (80)
SAGx (162)
samExploreR (77)
sampleClassifier (93)
SamSPECTRAL (139)
sangerseqR (250)
SANTA (88)
sapFinder (77)
saps (3)
savR (104)
sbgr (2)
SBMLR (94)
SC3 (524)
Scale4C (66)
SCAN.UPC (295)
scater (1737)
SCBN (16)
scDD (159)
scde (396)
scds (1)
scFeatureFilter (51)
scfind (118)
ScISI (97)
scmap (189)
scmeth (72)
SCnorm (199)
scone (200)
Sconify (80)
scoreInvHap (66)
scPipe (126)
scran (1167)
scruff (17)
scsR (75)
scTensor (6)
SDAMS (73)
segmentSeq (136)
SELEX (84)
SemDist (77)
semisup (72)
SemSim (0)
SEPA (76)
SEPIRA (52)
seq2pathway (88)
SeqArray (318)
seqbias (92)
seqCAT (87)
seqCNA (87)
seqcombo (93)
SeqGSEA (213)
seqLogo (1137)
Seqnames (0)
seqPattern (310)
seqplots (174)
seqsetvis (67)
SeqSQC (70)
seqTools (123)
SeqVarTools (253)
sesame (214)
sevenbridges (114)
sevenC (53)
SGSeq (161)
shinyMethyl (153)
shinyTANDEM (88)
ShortRead (4518)
shortread (0)
SIAMCAT (76)
SICtools (52)
sidap (0)
sigaR (89)
SigCheck (79)
sigFeature (29)
SigFuge (75)
siggenes (1880)
sights (101)
signeR (112)
signet (58)
sigPathway (161)
sigsquared (72)
SIM (83)
SIMAT (102)
SimBindProfiles (75)
SIMD (15)
similaRpeak (80)
SIMLR (168)
simpleaffy (775)
simulatorAPMS (0)
simulatorZ (80)
sincell (104)
SingleCellExperiment (1944)
singleCellTK (83)
singscore (78)
SISPA (72)
sitePath (0)
sizepower (90)
SJava (3)
skewr (70)
slalom (96)
SLGI (81)
slingshot (83)
slinky (30)
SLqPCR (94)
SMAD (3)
SMAP (73)
SMITE (104)
SNAData (0)
SNAGEE (77)
snapCGH (98)
snm (161)
snpAssoc (0)
SNPchip (257)
SNPediaR (91)
SNPhood (79)
snpMatrix (7)
snpMatrix2 (0)
SNPRelate (836)
snpStats (1237)
soGGi (103)
SomatiCA (7)
SomaticSignatures (236)
SpacePAC (82)
spade (20)
sparseDOSSA (73)
sparsenetgls (18)
SparseSignatures (60)
SpatialCPie (2)
specL (87)
SpeCond (133)
SpectralTAD (2)
SPEM (93)
SPIA (573)
SpidermiR (124)
spikeLI (72)
spkTools (81)
splatter (242)
splicegear (76)
spliceR (102)
spliceSites (83)
SplicingGraphs (155)
splineTCDiffExpr (1)
splineTimeR (81)
SPLINTER (97)
splots (224)
SPONGE (69)
spotSegmentation (79)
SQUADD (76)
SRAdb (513)
sRAP (81)
SRGnet (70)
srnadiff (70)
sscore (81)
sscu (75)
sSeq (184)
ssize (109)
SSPA (320)
ssviz (97)
stageR (94)
stam (0)
STAN (104)
staRank (89)
StarBioTrek (78)
Starr (82)
STATegRa (88)
statTarget (135)
stepNorm (79)
stepwiseCM (9)
strandCheckR (16)
Streamer (88)
STRINGdb (457)
STROMA4 (91)
Structstrings (0)
subSeq (120)
SummarizedBenchmark (77)
SummarizedExperiment (15173)
supraHex (343)
survcomp (555)
survtype (0)
Sushi (309)
sva (4142)
SVAPLSseq (86)
SVM2CRM (72)
SWATH2stats (110)
SwathXtend (75)
swfdr (71)
SwimR (74)
switchBox (92)
switchde (107)
synapter (166)
synergyfinder (130)
synlet (93)
systemPipeR (862)
systemPipeRdata (0)

T

TargetScore (96)
TargetSearch (97)
targetsearch (0)
TarSeqQC (87)
TCC (239)
TCGAbiolinks (1459)
TCGAbiolinksGUI (231)
TCGAutils (255)
TCseq (133)
TDARACNE (84)
tdaracne (0)
tenXplore (83)
TEQC (106)
ternarynet (72)
TFARM (66)
TFBSTools (474)
TFEA.ChIP (76)
TFHAZ (65)
TFutils (65)
tiger (0)
tigre (83)
tilingArray (118)
timecourse (112)
TimerQuant (0)
timescape (85)
TimeSeriesExperiment (37)
TIN (73)
TissueEnrich (81)
TitanCNA (135)
tkWidgets (605)
TMixClust (83)
TNBC.CMS (0)
TnT (74)
tofsims (95)
ToPASeq (99)
topconfects (3)
topdownr (71)
topGO (2384)
topicmodels (0)
TPP (126)
tracktables (94)
trackViewer (218)
transcriptogramer (74)
transcriptR (100)
transite (25)
tRanslatome (79)
TransView (102)
traseR (78)
treeio (1427)
trena (61)
TReNA (15)
Trendy (69)
triform (74)
trigger (77)
trio (105)
triplex (85)
tRNA (18)
tRNAdbImport (14)
tRNAscanImport (51)
TRONCO (114)
TSCAN (191)
tspair (91)
TSRchitect (84)
TSSi (79)
TTMap (51)
TurboNorm (79)
TVTB (77)
tweeDEseq (126)
twilight (204)
twoddpcr (79)
tximeta (50)
tximport (2556)
TxRegInfra (55)
TypeInfo (74)

U

Ularcirc (19)
UNDO (79)
unifiedWMWqPCR (74)
UniProt.ws (280)
Uniquorn (89)
universalmotif (35)
uSORT (92)

V

VanillaICE (110)
variancePartition (182)
VariantAnnotation (5834)
VariantFiltering (105)
VariantTools (129)
vbmp (121)
VCFArray (5)
Vega (75)
VegaMC (75)
vidger (102)
viper (216)
virtualArray (11)
vsn (3101)
vtpnet (70)
vulcan (65)

W

wateRmelon (589)
wavClusteR (105)
waveTiling (78)
weaver (107)
webbioc (82)
widgetInvoke (0)
widgetTools (617)
wiggleplotr (107)
Wrench (17)

X

XBSeq (108)
xcms (1091)
XDE (76)
Xeva (0)
XINA (35)
xmapbridge (75)
xmapcore (1)
xps (85)
XVector (17929)
xvector (0)

Y

y2hStat (0)
yamss (84)
YAPSA (98)
yaqcaffy (103)
yarn (93)

Z

zFPKM (114)
zinbwave (405)
zlibbioc (19864)