See download stats for:    Bioconductor annotation packages    Bioconductor experiment packages    Bioconductor workflow packages

Download stats for Bioconductor software packages

This page was generated on 2019-02-19 08:39:33 -0500 (Tue, 19 Feb 2019).

The number reported next to each package name is the download score, that is, the average number of distinct IPs that “hit” the package each month for the last 12 months (not counting the current month). Packages in bold are the default Bioconductor packages (i.e. the BiocInstaller package + the packages that get installed the first time biocLite() is called with no arguments).


Top 75

1BiocInstaller (30019)
2BiocGenerics (27042)
3IRanges (24017)
4Biobase (23488)
5S4Vectors (23283)
6AnnotationDbi (19878)
7zlibbioc (19197)
8GenomicRanges (17978)
9limma (17391)
10XVector (17187)
11BiocParallel (16614)
12GenomeInfoDb (15601)
13Biostrings (15311)
14SummarizedExperiment (14639)
15DelayedArray (14274)
16annotate (12679)
17genefilter (11465)
18GenomicAlignments (11385)
19Rsamtools (11365)
20biomaRt (11057)
21rtracklayer (10892)
22graph (10428)
23edgeR (10269)
24GenomicFeatures (9564)
25DESeq2 (8882)
26preprocessCore (8765)
27geneplotter (8541)
28affy (6580)
29rhdf5 (6573)
30affyio (6409)
31BiocVersion (6095)
32BSgenome (6071)
33RBGL (6057)
34multtest (5923)
35Rgraphviz (5854)
36qvalue (5559)
37impute (5401)
38VariantAnnotation (5380)
39Rhdf5lib (5023)
40GEOquery (4899)
41ShortRead (4478)
42ProtGenerics (4411)
43ensembldb (4339)
44sva (3887)
45biovizBase (3691)
46DESeq (3629)
47GOSemSim (3606)
48AnnotationFilter (3595)
49DOSE (3586)
50fgsea (3578)
51GSEABase (3564)
52clusterProfiler (3460)
53AnnotationHub (3448)
54KEGGREST (3272)
55interactiveDisplayBase (3070)
56ComplexHeatmap (3047)
57vsn (3000)
58Gviz (2837)
59phyloseq (2649)
60AnnotationForge (2542)
61HDF5Array (2532)
62Category (2531)
63pcaMethods (2521)
64tximport (2470)
65topGO (2398)
66pathview (2334)
67KEGGgraph (2329)
68GOstats (2318)
69biomformat (2277)
70EBImage (2160)
71aroma.light (2160)
72OrganismDbi (2150)
73BiocStyle (2070)
74illuminaio (2048)
75enrichplot (2034)

All software packages

All software package stats in one file: bioc_pkg_stats.tab

All software package download scores in one file: bioc_pkg_scores.tab

See Download stats for Bioconductor software repository (all packages combined)

A

a4 (117)
a4Base (135)
a4Classif (113)
a4Core (161)
a4Preproc (157)
a4Reporting (114)
a4reporting (0)
ABAEnrichment (103)
ABarray (108)
abseqR (10)
ABSSeq (108)
acde (102)
ACE (13)
aCGH (176)
ACME (119)
ADaCGH2 (97)
ADAM (3)
adaptest (50)
adductomicsR (0)
adSplit (96)
AffiXcan (8)
affxparser (1632)
affy (6580)
affycomp (153)
AffyCompatible (104)
affyContam (95)
affycoretools (441)
affydata (0)
AffyExpress (102)
affyILM (91)
affyio (6409)
affylmGUI (158)
affyPara (99)
affypdnn (119)
affyPLM (1277)
affyqcreport (0)
affyQCReport (300)
AffyRNADegradation (91)
AffyTiling (9)
AGDEX (92)
Agi4x44PreProcess (6)
agilp (164)
AgiMicroRna (132)
agimicrorna (0)
AIMS (257)
ALDEx2 (218)
AllelicImbalance (103)
alpine (103)
alsace (99)
altcdfenvs (103)
AMOUNTAIN (95)
amplican (92)
ampliQueso (85)
AnalysisPageServer (84)
anamiR (95)
Anaquin (92)
AneuFinder (114)
ANF (78)
annaffy (513)
AnnBuilder (0)
annmap (80)
annotate (12679)
AnnotationDbi (19878)
annotationdbi (0)
AnnotationFilter (3595)
AnnotationForge (2542)
AnnotationFuncs (130)
AnnotationHub (3448)
AnnotationHubData (128)
annotationTools (141)
annotatr (224)
anota (99)
anota2seq (86)
antiProfiles (89)
apcluster (0)
apComplex (112)
apcomplex (0)
apeglm (875)
applera (0)
appreci8R (12)
aroma.light (2160)
ArrayExpress (455)
ArrayExpressHTS (58)
arrayMagic (0)
arraymvout (0)
arrayMvout (86)
arrayQCplot (0)
arrayQuality (127)
arrayQualityMetrics (468)
arrayqualitymetrics (0)
ArrayTools (137)
ArrayTV (97)
ARRmNormalization (88)
artMS (15)
ASAFE (77)
ASEB (90)
ASGSCA (91)
ASICS (55)
asmn (1)
ASpli (124)
AssessORF (9)
ASSET (100)
ASSIGN (90)
ATACseqQC (236)
AtlasRDF (27)
attract (90)
AUCell (274)

B

BaalChIP (84)
BAC (89)
bacon (108)
BADER (91)
BadRegionFinder (83)
BAGS (85)
ballgown (896)
bamsignals (229)
banocc (77)
basecallQC (87)
BaseSpaceR (113)
Basic4Cseq (104)
BASiCS (137)
BasicSTARRseq (86)
BatchQC (145)
BayesKnockdown (76)
BayesPeak (135)
bayNorm (14)
baySeq (525)
BBCAnalyzer (83)
BCRANK (113)
bcSeq (60)
BDMMAcorrect (12)
beachmat (1424)
beadarray (647)
beadarraySNP (104)
beaddatapackr (0)
BeadDataPackR (626)
BeadExplorer (0)
BEARscc (53)
BEAT (90)
BEclear (92)
betr (15)
bgafun (85)
BgeeDB (126)
BGmix (53)
bgx (91)
BHC (158)
BicARE (136)
BiFET (53)
BiGGR (99)
BigMatrix (0)
bigmelon (86)
bigmemoryExtras (82)
bigPint (0)
bim (0)
bioassayR (114)
biobase (0)
Biobase (23488)
biobroom (200)
bioCancer (93)
BiocCaseStudies (93)
BiocCheck (362)
biocDatasets (1)
BiocFileCache (573)
BiocGenerics (27042)
biocGraph (247)
biocinstaller (0)
Biocinstaller (0)
BiocInstaller (30019)
biocLite (0)
BiocNeighbors (253)
BiocOncoTK (58)
Bioconductor (0)
BioCor (89)
BiocParallel (16614)
BiocPkgTools (18)
BiocSklearn (78)
BiocStyle (2070)
BiocVersion (6095)
biocViews (1485)
BiocWorkflowTools (108)
bioDist (261)
biomaRt (11057)
BioMedR (33)
biomformat (2277)
BioMVCClass (85)
biomvRCNS (84)
BioNet (302)
bionet (0)
BioNetStat (55)
BioQC (96)
BioSeqClass (107)
biosigner (99)
biostrings (0)
Biostrings (15311)
BiostringsCinterfaceDemo (0)
biosvd (88)
biotmle (85)
biovizBase (3691)
BiRewire (121)
birta (91)
birte (83)
BiSeq (165)
BitSeq (167)
blima (88)
BLMA (85)
bnbc (75)
BPRMeth (87)
BRAIN (191)
brainImageR (13)
BrainStars (87)
branchpointer (77)
breakpointR (11)
bridge (87)
BridgeDbR (108)
BrowserViz (104)
BrowserVizDemo (47)
BSgenome (6071)
bsseq (815)
BubbleTree (89)
BufferedMatrix (97)
BufferedMatrixMethods (91)
BUMHMM (81)
bumphunter (1805)
BUS (86)
BUScorrect (11)
BuxcoR (0)

C

CAFE (82)
CAGEfightR (51)
CAGEr (130)
CALIB (99)
CAMERA (461)
CAMTHC (20)
canceR (94)
cancerclass (91)
CancerInSilico (82)
CancerMutationAnalysis (98)
CancerSubtypes (141)
CAnD (81)
caOmicsV (83)
Cardinal (138)
casper (90)
CATALYST (137)
Category (2531)
categoryCompare (88)
CausalR (95)
cbaf (73)
ccfindR (56)
ccmap (102)
CCPROMISE (80)
ccrepe (100)
celaref (16)
cellbaseR (79)
cellGrowth (92)
cellHTS (8)
cellHTS2 (230)
cellity (98)
CellMapper (78)
CellNOptR (138)
cellscape (92)
CellScore (47)
CellTrails (17)
cellTree (120)
CEMiTool (160)
CexoR (83)
CFAssay (89)
CGEN (107)
CGHbase (231)
CGHcall (211)
cghMCR (121)
CGHnormaliter (84)
CGHregions (100)
ChAMP (456)
CHARGE (46)
charm (97)
ChemmineOB (204)
ChemmineR (432)
chemminer (0)
ChIC (38)
Chicago (105)
chimera (113)
chimeraviz (128)
ChIPanalyser (71)
ChIPComp (95)
chipenrich (118)
ChIPexoQual (82)
ChIPpeakAnno (821)
ChIPQC (231)
ChIPseeker (967)
chipseq (443)
ChIPseqR (142)
ChIPSeqSpike (59)
ChIPsim (139)
ChIPXpress (69)
chopsticks (189)
chroGPS (86)
chromDraw (89)
ChromHeatMap (101)
ChromoViz (0)
chromPlot (119)
chromstaR (106)
chromswitch (78)
chromVAR (129)
CHRONOS (88)
cicero (24)
CINdex (80)
cisPath (89)
ClassifyR (110)
cleanUpdTSeq (89)
cleaver (203)
clippda (93)
clipper (133)
Clomial (86)
Clonality (88)
clonotypeR (87)
clst (92)
clstutils (85)
CluMSID (3)
clustComp (84)
clusterExperiment (278)
ClusterJudge (70)
clusterProfiler (3460)
clusterprofiler (0)
clusterSeq (79)
ClusterSignificance (89)
clusterStab (140)
CMA (147)
cn.farms (90)
cn.mops (203)
CNAnorm (101)
cnanorm (0)
CNEr (440)
CNORdt (95)
CNORfeeder (92)
CNORfuzzy (90)
CNORode (114)
CNPBayes (82)
CNTools (226)
cnvGSA (86)
CNVPanelizer (101)
CNVrd2 (90)
CNVtools (104)
cnvtools (0)
cobindR (86)
CoCiteStats (91)
COCOA (10)
codelink (102)
CODEX (146)
coexnet (84)
CoGAPS (106)
cogena (118)
coGPS (84)
COHCAP (105)
cola (0)
coMET (116)
compartmap (13)
COMPASS (109)
compcodeR (108)
compEpiTools (101)
CompGO (100)
ComplexHeatmap (3047)
condcomp (12)
CONFESS (76)
consensus (10)
ConsensusClusterPlus (1751)
consensusDE (13)
consensusOV (80)
consensusSeekeR (86)
contiBAIT (81)
conumee (123)
convert (191)
copa (91)
COPDSexualDimorphism (1)
copynumber (259)
CopyNumber450k (4)
CopywriteR (126)
coRdon (16)
CoRegNet (106)
Cormotif (84)
CorMut (90)
coRNAi (24)
CORREP (84)
coseq (103)
cosmiq (93)
cosmo (3)
cosmoGUI (1)
COSNet (83)
CountClust (116)
countsimQC (14)
covEB (77)
CoverageView (110)
covRNA (78)
cpvSNP (87)
cqn (203)
CRImage (116)
CRISPRseek (135)
crisprseekplus (81)
CrispRVariants (115)
crlmm (187)
crossmeta (100)
CSAR (143)
csaw (270)
CSSP (86)
ctc (331)
CTDquerier (48)
cTRAP (10)
ctsGE (97)
cummeRbund (876)
cummerbund (0)
customProDB (132)
CVE (86)
cycle (91)
cydar (100)
CytoDx (47)
cytofast (0)
cytofkit (311)
cytolib (427)
CytoML (106)

D

dada2 (1024)
dagLogo (82)
daMA (83)
DaMiRseq (91)
DAPAR (129)
DART (94)
DASC (25)
DASiR (4)
DAVIDQuery (5)
DBChIP (125)
dcGSA (79)
DChIPRep (84)
ddCt (153)
ddgraph (35)
DDiGGER (0)
ddPCRclust (48)
debrowser (160)
DECIPHER (727)
deco (3)
DEComplexDisease (50)
decompTumor2Sig (3)
DeconRNASeq (138)
decontam (69)
DEDS (121)
DeepBlueR (98)
deepSNV (125)
DEFormats (220)
DEGraph (86)
DEGreport (209)
DEGseq (329)
DelayedArray (14274)
DelayedDataFrame (2)
DelayedMatrixStats (1720)
deltaGseg (79)
DeMAND (91)
DEP (173)
DEqMS (17)
derfinder (358)
derfinderHelper (338)
derfinderPlot (123)
DEScan2 (49)
deseq (0)
DESeq (3629)
DESeq2 (8882)
DEsingle (66)
destiny (818)
DEsubs (93)
DEXSeq (683)
dexus (93)
DFP (85)
DiffBind (620)
diffcoexp (51)
diffcyt (76)
diffgeneanalysis (0)
diffGeneAnalysis (81)
diffHic (118)
DiffLogo (87)
diffloop (122)
diffuStats (80)
diggit (88)
Director (81)
DirichletMultinomial (496)
discordant (87)
dks (80)
DMCHMM (76)
DMRcaller (114)
DMRcate (533)
DMRforPairs (87)
DMRScan (78)
dmrseq (84)
DNABarcodeCompatibility (2)
DNABarcodes (126)
DNAcopy (1795)
DNaseR (1)
DNAshapeR (109)
domainsignatures (58)
DominoEffect (49)
doppelgangR (82)
DOQTL (105)
Doscheda (71)
DOSE (3586)
drawProteins (74)
DRIMSeq (185)
DriverNet (101)
DropletUtils (314)
DrugVsDisease (82)
dSimer (85)
DSS (641)
DTA (83)
dualKS (82)
DupChecker (81)
dupRadar (258)
dyebias (88)
DynDoc (628)
dyndoc (0)

E

EasyqpcR (144)
easyrnaseq (0)
easyRNASeq (173)
EBarrays (162)
EBcoexpress (91)
EBImage (2160)
EBSEA (77)
EBSeq (557)
EBSeqHMM (114)
ecolitk (87)
EDASeq (2006)
edd (1)
EDDA (93)
edge (141)
edger (0)
edgeR (10269)
eegc (77)
EGAD (91)
EGSEA (207)
eiR (77)
eisa (103)
ELBOW (84)
ELMER (321)
EMDomics (85)
EmpiricalBrownsMethod (107)
ENCODExplorer (108)
EnhancedVolcano (71)
ENmix (129)
EnrichedHeatmap (170)
EnrichmentBrowser (285)
enrichplot (2034)
ensembldb (4339)
ensemblVEP (142)
ENVISIONQuery (84)
EpiCluster (0)
EpiDISH (103)
epigenomix (95)
epihet (1)
epiNEM (75)
epivizr (115)
epivizrChart (71)
epivizrData (116)
epivizrServer (110)
epivizrStandalone (90)
erccdashboard (114)
erma (242)
ERSSA (13)
esATAC (203)
esetVis (94)
eudysbiome (76)
EventPointer (85)
EWCE (10)
ExCluster (11)
ExiMiR (89)
exomeCopy (259)
exomecopy (0)
exomePeak (125)
exonfindR (0)
exonmap (1)
ExperimentHub (405)
ExperimentHubData (85)
explorase (68)
ExpressionAtlas (99)
ExpressionView (85)
exprExternal (0)
externalVector (1)

F

fabia (167)
facopy (68)
factDesign (89)
FamAgg (94)
farms (101)
fastLiquidAssociation (81)
FastqCleaner (16)
fastseg (506)
fbat (0)
FCBF (13)
fCCAC (78)
fCI (81)
fdrame (85)
FELLA (51)
FEM (378)
ffpe (96)
FGNet (145)
fgsea (3578)
FindMyFriends (109)
FISHalyseR (84)
FitHiC (103)
flagme (91)
flipflop (103)
flowAI (166)
flowBeads (85)
flowBin (86)
flowcatchR (84)
flowCHIC (86)
flowCL (141)
flowClean (138)
flowClust (327)
flowCore (1439)
flowCyBar (85)
flowDensity (158)
flowFit (84)
flowFlowJo (3)
flowFP (118)
flowMap (87)
flowMatch (90)
flowMeans (204)
flowMerge (127)
flowPeaks (140)
flowPhyto (2)
flowPloidy (86)
flowPlots (84)
flowq (0)
flowQ (81)
flowQB (84)
FlowRepositoryR (93)
FlowSOM (534)
flowStats (335)
flowTime (76)
flowTrans (107)
flowType (108)
flowUtils (559)
flowViz (655)
flowVS (87)
flowworkspace (0)
flowWorkspace (579)
fmcsR (173)
focalCall (82)
FoldGO (10)
FourCSeq (102)
FRGEpistasis (89)
frma (224)
frmaTools (97)
FunChIP (80)
FunciSNP (94)
funtooNorm (71)

G

GA4GHclient (77)
GA4GHshiny (77)
gaga (95)
gage (924)
gaggle (87)
gaia (192)
GAPGOM (0)
GAprediction (73)
garfield (77)
GARS (43)
GateFinder (51)
gaucho (63)
gcapc (81)
gcatest (79)
gCMAP (74)
gCMAPWeb (51)
gCrisprTools (88)
gcrma (1722)
GDCRNATools (167)
GDSArray (47)
gdsfmt (983)
geecc (78)
GEM (80)
genArise (89)
genbankr (152)
GENE.E (13)
gene2pathway (2)
GeneAccord (11)
GeneAnswers (146)
geneAttribution (75)
GeneBreak (81)
geneClassifiers (71)
GeneExpressionSignature (93)
genefilter (11465)
genefu (267)
GeneGA (72)
GeneGeneInteR (81)
GeneGroupAnalysis (1)
GeneMeta (116)
GeneNetworkBuilder (96)
GeneOverlap (196)
geneplast (80)
geneplotter (8541)
GeneR (1)
geneRecommender (86)
GeneRegionScan (83)
GeneRfold (0)
geneRxCluster (78)
GeneSelectMMD (90)
GeneSelector (113)
GENESIS (178)
GeneSpring (1)
GeneStructureTools (47)
geNetClassifier (121)
GeneticsBase (0)
GeneticsDesign (106)
GeneticsPed (145)
GeneTraffic (0)
GeneTS (0)
geneXtendeR (79)
GENIE3 (270)
genoCN (85)
GenoGAM (88)
genomation (329)
GenomeBase (0)
GenomeGraphs (228)
GenomeInfoDb (15601)
genomeinfodb (0)
genomeIntervals (251)
genomeintervals (0)
genomes (100)
GenomicAlignments (11385)
genomicalignments (0)
GenomicDataCommons (438)
GenomicFeatures (9564)
GenomicFiles (691)
GenomicInteractions (146)
GenomicRanges (17978)
GenomicScores (269)
GenomicTuples (84)
Genominator (97)
genoset (191)
genotypeeval (80)
GenoView (3)
genphen (71)
GenRank (83)
GenVisR (294)
GEOmetadb (257)
GEOquery (4899)
GEOsearch (30)
GEOsubmission (86)
gep2pep (46)
gespeR (106)
GEWIST (77)
gff3Plotter (0)
GGBase (138)
ggbio (1949)
ggcyto (348)
GGtools (129)
ggtree (1545)
GIGSEA (11)
girafe (142)
GISPA (74)
GLAD (225)
Glimma (772)
glmSparseNet (15)
GlobalAncova (268)
globalSeq (80)
globaltest (791)
gmapR (93)
GMRP (68)
goCluster (0)
GOexpress (155)
GOfuncR (74)
GOFunction (102)
GoogleGenomics (88)
GOpro (86)
goProfiles (150)
goprofiles (0)
gosemsim (0)
GOSemSim (3606)
goseq (1014)
GOSim (136)
goSTAG (80)
gostats (0)
GOstats (2318)
GOsummaries (145)
GOTHiC (111)
goTools (118)
gotools (0)
gpart (10)
gpls (158)
gprege (81)
gQTLBase (221)
gQTLstats (220)
graper (2)
graph (10428)
GraphAlignment (89)
GraphAT (84)
graphite (1121)
GraphPAC (87)
GRENITS (85)
GreyListChIP (88)
GRmetrics (125)
groHMM (100)
GRridge (77)
GSALightning (76)
GSAR (153)
GSCA (81)
GSEABase (3564)
gseabase (0)
GSEABenchmarkeR (73)
GSEAlm (146)
gsean (47)
GSReg (82)
GSRI (83)
GSVA (728)
gtrellis (136)
GUIDEseq (94)
Guitar (105)
Gviz (2837)
gwascat (217)
GWASTools (353)
gwasurvivr (16)

H

h5vc (90)
hapFabia (88)
Harman (126)
Harshlight (85)
harshlight (0)
HCsnip (35)
HDF5Array (2532)
HDTD (81)
heatmaps (165)
Heatplus (619)
HelloRanges (105)
HELP (85)
HEM (84)
hexbin (3)
hiAnnotator (102)
HIBAG (107)
HiCBricks (8)
HiCcompare (98)
hicrep (92)
hierGWAS (83)
hierinf (9)
HilbertCurve (127)
HilbertVis (258)
HilbertVisGUI (73)
hipathia (51)
hiReadsProcessor (68)
HIREewas (8)
HiTC (217)
hmdbQuery (57)
HMMcopy (166)
hopach (239)
HPAanalyze (12)
hpar (245)
HTqPCR (208)
HTSanalyzeR (159)
HTSeqGenie (54)
htseqtools (0)
htSeqTools (153)
HTSFilter (183)
HybridMTest (94)
hyperdraw (110)
hypergraph (145)

I

iASeq (76)
iasva (16)
iBBiG (129)
ibh (78)
iBMQ (73)
iCARE (85)
Icens (304)
icetea (16)
iCheck (84)
iChip (81)
iClusterPlus (160)
iCNV (52)
iCOBRA (111)
ideal (91)
ideogram (0)
IdeoViz (127)
idiogram (83)
IdMappingAnalysis (76)
IdMappingRetrieval (76)
iFlow (3)
iGC (78)
igvR (49)
IHW (532)
illuminaio (2048)
imageHTS (95)
IMAS (78)
Imetagene (74)
IMMAN (45)
ImmuneSpaceR (97)
immunoClust (86)
IMPCdata (73)
ImpulseDE (82)
ImpulseDE2 (110)
impute (5401)
INDEED (12)
InPAS (78)
INPower (76)
inSilicoDb (24)
inSilicoMerging (26)
insilicomerging (0)
INSPEcT (90)
InTAD (43)
intansv (91)
InteractionSet (254)
interactiveDisplay (248)
interactiveDisplayBase (3070)
IntEREst (85)
InterMineR (94)
IntramiRExploreR (70)
inversion (0)
inveRsion (79)
IONiseR (103)
iontree (53)
iPAC (94)
ipdDb (11)
IPO (152)
IPPD (155)
IRanges (24017)
IrisSpatialFeatures (53)
iSEE (89)
iSeq (83)
iSNetwork (0)
isobar (192)
IsoCorrectoR (10)
IsoCorrectoRGUI (3)
IsoformSwitchAnalyzeR (150)
IsoGeneGUI (86)
ISoLDE (76)
isomiRs (87)
iSPlot (0)
ITALICS (83)
iterativeBMA (97)
iterativebma (0)
iterativeBMAsurv (85)
iterClust (74)
iteremoval (49)
IVAS (86)
ivygapSE (65)
IWTomics (77)

J

JASPAR2018 (72)
jmosaics (5)
joda (81)
JunctionSeq (142)

K

karyoploteR (320)
KCsmart (76)
kebabs (146)
KEGGgraph (2329)
KEGGlincs (85)
keggorth (0)
keggorthology (109)
KEGGprofile (215)
KEGGREST (3272)
KEGGSOAP (3)
kimod (75)
KinSwingR (9)
kissDE (50)
kmknn (34)

L

lapmix (80)
LBE (122)
ldblock (158)
LEA (271)
LedPred (78)
les (84)
levi (9)
lfa (197)
limma (17391)
limmaGUI (130)
LINC (81)
LineagePulse (50)
Linnorm (137)
LiquidAssociation (84)
lmdme (90)
LMGene (101)
LOBSTAHS (88)
loci2path (49)
logicFS (219)
logitT (82)
Logolas (114)
lol (78)
LOLA (141)
LoomExperiment (12)
LowMACA (74)
LPE (99)
LPEadj (80)
lpNet (77)
lpsymphony (557)
LRBaseDbi (11)
lumi (942)
LVSmiRNA (85)
LymphoSeq (91)

M

M3C (79)
M3D (76)
M3Drop (197)
maanova (110)
macat (80)
maCorrPlot (83)
MACPET (43)
maDB (1)
madb (0)
made4 (365)
MADSEQ (80)
maftools (870)
MAGeCKFlute (61)
maigesPack (93)
MAIT (122)
makecdfenv (186)
makePlatformDesign (1)
MANOR (80)
manta (89)
MantelCorr (78)
mAPKL (77)
maPredictDSC (84)
mapscape (73)
marray (1344)
martini (51)
maser (21)
maSigPro (277)
maskBAD (80)
MassArray (84)
massarray (0)
massiR (81)
MassSpecWavelet (896)
MAST (482)
matchBox (76)
matchprobes (0)
Matrix (0)
MatrixRider (78)
matter (124)
MaxContrastProjection (74)
MBAmethyl (69)
MBASED (87)
MBCB (86)
mBPCR (83)
MBttest (66)
mcaGUI (79)
MCbiclust (84)
MCRestimate (86)
mCSEA (50)
mdgsa (98)
mdp (49)
mdqc (83)
MDTS (43)
MEAL (77)
MeasurementError.cor (77)
MEDIPS (141)
MEDME (76)
MEIGOR (101)
mergemaid (0)
MergeMaid (120)
Mergeomics (86)
MeSHDbi (185)
meshes (101)
meshr (118)
MeSHSim (9)
messina (75)
metaArray (107)
metaarray (0)
Metab (97)
metabomxtr (93)
MetaboSignal (85)
metaCCA (83)
MetaCyto (81)
metagene (104)
metagenomeFeatures (91)
metagenomeSeq (548)
MetaGxOvarian (12)
metahdep (77)
metaMS (115)
MetaNeighbor (55)
metaR (0)
metaSeq (91)
metaseqR (112)
metavizr (83)
metaX (5)
MetCirc (80)
methimpute (76)
methInheritSim (74)
MethPed (74)
MethTargetedNGS (75)
methVisual (88)
methyAnalysis (156)
MethylAid (93)
methylGSA (16)
methylInheritance (77)
methylKit (518)
MethylMix (132)
methylMnM (77)
methylPipe (116)
MethylSeekR (101)
methylumi (1079)
methyvim (73)
MetID (9)
MetNet (14)
mfa (83)
Mfuzz (291)
mfuzz (0)
MGFM (79)
MGFR (85)
mgsa (107)
MiChip (77)
microbiome (394)
microRNA (163)
MIGSA (80)
mimager (71)
MIMOSA (89)
MineICA (92)
minet (689)
minfi (1753)
MinimumDistance (78)
MiPP (82)
MIRA (81)
MiRaGE (86)
miRBaseConverter (84)
miRcomp (74)
mirIntegrator (84)
miRLAB (94)
miRmine (65)
miRNAmeConverter (83)
miRNApath (94)
miRNAtap (136)
miRSM (11)
miRsponge (73)
Mirsynergy (84)
missMethyl (586)
missRows (41)
mitoODE (74)
mixOmics (260)
MLInterfaces (377)
mlm4omics (9)
MLP (107)
MLSeq (142)
MMDiff (5)
MMDiff2 (78)
mmgmos (0)
mmnet (11)
MmPalateMiRNA (81)
MODA (82)
mogsa (87)
monocle (1281)
MoonlightR (92)
MoPS (75)
mosaics (142)
motifbreakR (104)
motifcounter (86)
MotifDb (328)
motifmatchr (181)
motifRG (120)
motifStack (469)
MotIV (443)
MPFE (71)
mpra (76)
MPRAnalyze (12)
mQTL.NMR (80)
msa (751)
msbase (0)
mscalib (0)
msgbsR (74)
MSGFgui (154)
MSGFplus (219)
msmsEDA (184)
msmsTests (175)
MSnbase (1416)
MSnID (212)
msPurity (89)
msQC (0)
MSstats (294)
MSstatsQC (76)
MSstatsQCgui (43)
MSstatsTMT (15)
mtbls2 (0)
MTseeker (7)
Mulcom (131)
MultiAssayExperiment (686)
multiClust (134)
MultiDataSet (109)
multiHiCcompare (10)
MultiMed (75)
multiMiR (112)
multiOmicsViz (74)
multiscan (76)
multtest (5923)
muscle (179)
MutationalPatterns (202)
MVCClass (83)
mvGST (35)
MWASTools (99)
mygene (365)
myvariant (104)
mzID (1195)
mzR (1383)

N

NADfinder (71)
NanoStringDiff (123)
NanoStringQCPro (127)
NarrowPeaks (89)
NBSplice (16)
ncdfFlow (494)
NCIgraph (86)
ndexr (85)
neaGUI (9)
NeighborNet (9)
nem (141)
netbenchmark (88)
netbiov (114)
NetCRG (0)
nethet (86)
NetPathMiner (106)
netprioR (73)
netReg (72)
netresponse (89)
NetSAM (81)
netSmooth (52)
networkBMA (89)
NGScopy (79)
nnNorm (82)
NOISeq (568)
nondetects (90)
normalize450K (72)
NormalyzerDE (17)
NormqPCR (289)
normr (88)
npGSEA (89)
NTW (75)
nucleoSim (78)
nucleR (101)
nucler (0)
nuCpos (10)
nudge (64)
NuPoP (83)

O

occugene (74)
OCplus (144)
odseq (72)
OGSA (76)
oligo (1666)
oligoClasses (1779)
OLIN (85)
OLINgui (81)
OmaDB (43)
omicade4 (104)
omiccircos (0)
OmicCircos (255)
omicplotR (49)
omicRexposome (68)
OmicsMarkeR (104)
OMICsPCA (9)
omicsPrint (49)
Onassis (72)
oncomix (66)
OncoScore (87)
OncoSimulR (94)
oneChannelGUI (36)
oneSENSE (65)
onlineFDR (11)
ontoCAT (47)
ontoProc (71)
ontoTools (0)
openCyto (244)
openPrimeR (90)
openPrimeRui (66)
OperaMate (29)
oposSOM (106)
oppar (74)
OPWeight (84)
OrderedList (220)
ORFik (60)
Organism.dplyr (213)
OrganismDbi (2150)
OSAT (97)
Oscope (91)
OTUbase (83)
OutlierD (103)
OUTRIDER (18)
OVESEG (0)

P

PAA (100)
PADOG (207)
PAIRADISE (1)
paircompviz (82)
pairseqsim (0)
pamr (3)
PAN (0)
pandaR (101)
panelcn.mops (75)
PAnnBuilder (75)
panp (97)
PANR (85)
PanVizGenerator (83)
PAPi (92)
parglms (73)
parody (137)
Path2PPI (89)
pathifier (228)
PathNet (93)
PathoStat (96)
pathprint (68)
pathRender (84)
pathVar (79)
pathview (2334)
PathwaySplice (77)
PatientGeneSets (1)
paxtoolsr (134)
Pbase (94)
pbcmc (68)
pcaExplorer (272)
pcaGoPromoter (135)
pcaMethods (2521)
PCAN (75)
PCAtools (1)
pcot2 (124)
PCpheno (79)
pcxn (68)
pdInfoBuilder (156)
pdmclass (27)
PECA (89)
PepsNMR (10)
pepStat (84)
pepXMLTab (85)
perturbatr (45)
PGA (88)
pgca (68)
PGSEA (228)
pgUtils (1)
phantasus (46)
PharmacoGx (152)
phenoDist (66)
phenopath (80)
phenoTest (126)
PhenStat (87)
philr (113)
phosphonormalizer (67)
phyloseq (2649)
Pi (83)
piano (347)
pickgene (79)
PICS (142)
Pigengene (90)
PING (79)
pint (83)
pkgDepTools (102)
plateCore (90)
plethy (76)
plgem (100)
plier (217)
plotGrouper (14)
PLPE (84)
plrs (76)
plw (78)
plyranges (89)
pmm (72)
podkat (82)
pogos (48)
polyester (157)
Polyfit (83)
POST (68)
PowerExplorer (49)
powerTCR (45)
PPInfer (85)
ppiStats (93)
pqsfinder (87)
prada (257)
prebs (81)
PrecisionTrialDrawer (3)
PREDA (92)
predictionet (55)
preprocessCore (8765)
primirTSS (10)
Prize (78)
proBAMr (92)
PROcess (163)
procoil (85)
ProCoNA (69)
proFIA (84)
profileScoreDist (69)
progeny (88)
pRoloc (269)
pRolocGUI (96)
PROMISE (81)
PROPER (103)
PROPS (68)
Prostar (115)
prot2D (82)
proteinProfiles (74)
ProteomicsAnnotationHubData (82)
ProteoMM (11)
proteoQC (87)
ProtGenerics (4411)
PSEA (81)
psichomics (111)
PSICQUIC (104)
psygenet2r (90)
puma (143)
PureCN (147)
pvac (82)
pvca (159)
Pviz (94)
PWMEnrich (143)
pwOmics (83)
pxr (0)

Q

qcmetrics (94)
QDNAseq (196)
qpcrNorm (92)
qpgraph (190)
qPLEXanalyzer (14)
qrqc (162)
qsea (78)
QSutils (10)
qtbase (0)
qtpaint (0)
QUALIFIER (94)
quantro (118)
quantsmooth (377)
QuartPAC (79)
QuasR (296)
QuaternaryProd (83)
QUBIC (115)
qusage (226)
qvalue (5559)

R

R3CPET (75)
r3Cseq (135)
R453Plus1Toolbox (87)
R4RNA (83)
RaggedExperiment (489)
rain (98)
rama (84)
ramigo (0)
RamiGO (94)
ramwas (82)
RandomWalkRestartMH (46)
randPack (83)
RankProd (390)
RareVariantVis (79)
Rariant (84)
RbcBook1 (102)
RBGL (6057)
RBioinf (91)
rbioinf (0)
rBiopaxParser (155)
RBM (75)
Rbowtie (297)
Rbowtie2 (195)
rbsurv (119)
Rcade (99)
RCAS (85)
RCASPAR (77)
rcellminer (96)
rCGH (106)
Rchemcpp (96)
RchyOptimyx (88)
RcisTarget (178)
RCM (2)
RConferoMapping (0)
Rcpi (130)
RCy3 (342)
RCyjs (91)
RCytoscape (131)
RDAVIDWebService (400)
Rdbi (1)
RdbiPgSQL (0)
rDGIdb (87)
Rdisop (288)
RDRToolbox (173)
ReactomePA (867)
readat (105)
ReadqPCR (297)
reb (76)
REBET (10)
recount (286)
recoup (81)
RedeR (162)
REDseq (123)
RefNet (76)
RefPlus (83)
regioneR (932)
regionReport (157)
regsplice (81)
REMP (89)
Repitools (252)
ReportingTools (957)
reposTools (0)
ReQON (79)
Resourcerer (1)
restfulSE (97)
rexposome (70)
rfcdmin (0)
rflowcyt (1)
rfPred (84)
rGADEM (524)
RGalaxy (87)
Rgin (45)
RGMQL (51)
RGraph2js (72)
Rgraphviz (5854)
rGREAT (141)
RGSEA (119)
rgsepd (83)
rhdf5 (6573)
rhdf5client (106)
Rhdf5lib (5023)
Rhisat2 (0)
Rhtslib (804)
rHVDM (75)
RiboProfiling (109)
riboSeq (0)
riboSeqR (98)
RImmPort (83)
Ringo (299)
Rintact (0)
RIPSeeker (137)
Risa (88)
RITAN (75)
RIVER (79)
RJMCMCNucleosomes (81)
RLMM (77)
RMAGEML (1)
Rmagpie (82)
RMAPPER (1)
RMassBank (108)
rMAT (81)
RmiR (78)
rmir (0)
Rmmquant (15)
RNAdecay (40)
RNAinteract (82)
RNAither (86)
rnaither (0)
RNAprobR (76)
rnaseqcomp (83)
RnaSeqGeneEdgeRQL (44)
rnaSeqMap (91)
RNASeqPower (163)
RNASeqR (9)
RnaSeqSampleSize (115)
RnBeads (256)
Rnits (80)
roar (96)
ROC (871)
Roleswitch (102)
Rolexa (4)
rols (263)
roma (4)
ROntoTools (101)
ropls (376)
ROTS (167)
RPA (117)
RProtoBufLib (435)
RpsiXML (109)
rpx (303)
Rqc (125)
rqt (75)
rqubic (119)
rRDP (82)
Rredland (1)
RRHO (101)
Rsamtools (11365)
rsbml (134)
rScudo (3)
RSeqAn (43)
rSFFreader (55)
RSNPper (0)
Rsubread (1211)
RSVSim (88)
rTANDEM (193)
RTCA (90)
RTCGA (495)
RTCGAToolbox (537)
RTN (129)
RTNduals (80)
RTNsurvival (73)
RTools4TB (1)
RTopper (80)
rtracklayer (10892)
Rtreemix (84)
rTRM (92)
rTRMui (78)
runibic (90)
Ruuid (1)
RUVcorr (89)
RUVnormalize (96)
RUVSeq (715)
RVS (71)
RWebServices (3)
rWikiPathways (61)

S

S4Vectors (23283)
safe (380)
SAGElyzer (0)
sagenhaft (80)
SAGx (157)
samExploreR (62)
sampleClassifier (79)
SamSPECTRAL (124)
sangerseqR (253)
SANTA (87)
sapFinder (76)
saps (3)
savR (104)
sbgr (3)
SBMLR (95)
SC3 (501)
Scale4C (65)
SCAN.UPC (292)
scater (1680)
SCBN (9)
scDD (138)
scde (374)
scFeatureFilter (43)
scfind (100)
ScISI (96)
scmap (158)
scmeth (47)
SCnorm (173)
scone (182)
Sconify (52)
scoreInvHap (66)
scPipe (111)
scran (1150)
scruff (9)
scsR (75)
scTensor (3)
SDAMS (48)
segmentSeq (128)
SELEX (85)
SemDist (78)
semisup (73)
SemSim (0)
SEPA (75)
SEPIRA (42)
seq2pathway (88)
SeqArray (268)
seqbias (91)
seqCAT (70)
seqCNA (88)
seqcombo (76)
SeqGSEA (191)
seqLogo (1095)
Seqnames (0)
seqPattern (302)
seqplots (158)
seqsetvis (45)
SeqSQC (68)
seqTools (119)
SeqVarTools (207)
sesame (22)
sevenbridges (109)
sevenC (43)
SGSeq (155)
shinyMethyl (159)
shinyTANDEM (89)
ShortRead (4478)
shortread (0)
SIAMCAT (49)
SICtools (49)
sidap (0)
sigaR (91)
SigCheck (79)
sigFeature (20)
SigFuge (75)
siggenes (1830)
sights (83)
signeR (112)
signet (49)
sigPathway (152)
sigsquared (72)
SIM (82)
SIMAT (89)
SimBindProfiles (75)
SIMD (9)
similaRpeak (80)
SIMLR (177)
simpleaffy (756)
simulatorAPMS (0)
simulatorZ (80)
sincell (107)
SingleCellExperiment (1719)
singleCellTK (67)
singscore (47)
SISPA (72)
sizepower (93)
SJava (3)
skewr (71)
slalom (83)
SLGI (81)
slingshot (57)
slinky (14)
SLqPCR (96)
SMAD (0)
SMAP (73)
SMITE (90)
SNAData (0)
SNAGEE (78)
snapCGH (99)
snm (159)
snpAssoc (0)
SNPchip (252)
SNPediaR (93)
SNPhood (82)
snpMatrix (6)
snpMatrix2 (0)
SNPRelate (797)
snpStats (1188)
soGGi (98)
SomatiCA (8)
SomaticSignatures (240)
SpacePAC (82)
spade (20)
sparseDOSSA (71)
sparsenetgls (12)
SparseSignatures (50)
SpatialCPie (1)
specL (88)
SpeCond (123)
SPEM (93)
SPIA (548)
SpidermiR (109)
spikeLI (72)
spkTools (82)
splatter (221)
splicegear (77)
spliceR (117)
spliceSites (82)
SplicingGraphs (132)
splineTCDiffExpr (1)
splineTimeR (82)
SPLINTER (77)
splots (220)
SPONGE (68)
spotSegmentation (82)
SQUADD (77)
SRAdb (504)
sRAP (82)
SRGnet (70)
srnadiff (48)
sscore (82)
sscu (75)
sSeq (156)
ssize (113)
SSPA (292)
ssviz (82)
stageR (89)
stam (0)
STAN (90)
staRank (79)
StarBioTrek (79)
Starr (82)
STATegRa (91)
statTarget (122)
stepNorm (80)
stepwiseCM (10)
strandCheckR (10)
Streamer (80)
STRINGdb (440)
STROMA4 (75)
subSeq (104)
SummarizedBenchmark (51)
SummarizedExperiment (14639)
supraHex (356)
survcomp (532)
Sushi (305)
sva (3887)
SVAPLSseq (76)
SVM2CRM (72)
SWATH2stats (109)
SwathXtend (74)
swfdr (70)
SwimR (74)
switchBox (91)
switchde (90)
synapter (168)
synergyfinder (130)
synlet (78)
systemPipeR (791)
systemPipeRdata (0)

T

TargetScore (97)
TargetSearch (85)
targetsearch (0)
TarSeqQC (87)
TCC (210)
TCGAbiolinks (1301)
TCGAbiolinksGUI (205)
TCGAutils (157)
TCseq (113)
TDARACNE (86)
tdaracne (0)
tenXplore (67)
TEQC (107)
ternarynet (72)
TFARM (65)
TFBSTools (451)
TFEA.ChIP (50)
TFHAZ (64)
TFutils (53)
tiger (0)
tigre (86)
tilingArray (118)
timecourse (114)
TimerQuant (0)
timescape (81)
TimeSeriesExperiment (12)
TIN (73)
TissueEnrich (64)
TitanCNA (125)
tkWidgets (606)
TMixClust (83)
TnT (74)
tofsims (85)
ToPASeq (81)
topconfects (0)
topdownr (69)
topGO (2398)
topicmodels (0)
TPP (109)
tracktables (94)
trackViewer (213)
transcriptogramer (72)
transcriptR (86)
transite (8)
tRanslatome (79)
TransView (86)
traseR (78)
treeio (1301)
trena (60)
TReNA (22)
Trendy (57)
triform (74)
trigger (77)
trio (104)
triplex (86)
tRNA (11)
tRNAdbImport (8)
tRNAscanImport (41)
TRONCO (117)
TSCAN (183)
tspair (93)
TSRchitect (84)
TSSi (78)
TTMap (43)
TurboNorm (80)
TVTB (75)
tweeDEseq (113)
twilight (218)
twoddpcr (78)
tximeta (24)
tximport (2470)
TxRegInfra (39)
TypeInfo (76)

U

Ularcirc (13)
UNDO (79)
unifiedWMWqPCR (75)
UniProt.ws (274)
Uniquorn (74)
universalmotif (12)
uSORT (77)

V

VanillaICE (112)
variancePartition (158)
VariantAnnotation (5380)
VariantFiltering (109)
VariantTools (131)
vbmp (123)
VCFArray (2)
Vega (75)
VegaMC (76)
vidger (69)
viper (203)
virtualArray (10)
vsn (3000)
vtpnet (70)
vulcan (65)

W

wateRmelon (583)
wavClusteR (89)
waveTiling (80)
weaver (107)
webbioc (83)
widgetInvoke (0)
widgetTools (620)
wiggleplotr (89)
Wrench (9)

X

XBSeq (93)
xcms (1053)
XDE (76)
XINA (13)
xmapbridge (75)
xmapcore (1)
xps (89)
XVector (17187)
xvector (0)

Y

y2hStat (0)
yamss (85)
YAPSA (96)
yaqcaffy (104)
yarn (88)

Z

zFPKM (93)
zinbwave (332)
zlibbioc (19197)