See download stats for:    Bioconductor annotation packages    Bioconductor experiment packages    Bioconductor workflow packages

Download stats for Bioconductor software packages

This page was generated on 2019-08-23 08:43:26 -0400 (Fri, 23 Aug 2019).

The number reported next to each package name is the download score, that is, the average number of distinct IPs that “hit” the package each month for the last 12 months (not counting the current month). Packages in bold are the default Bioconductor packages (i.e. the BiocInstaller package + the packages that get installed the first time biocLite() is called with no arguments).


Top 75

1BiocGenerics (29279)
2IRanges (25983)
3Biobase (25681)
4BiocInstaller (25098)
5S4Vectors (24896)
6zlibbioc (21143)
7AnnotationDbi (21018)
8BiocParallel (20245)
9XVector (19280)
10BiocVersion (18561)
11limma (18301)
12GenomicRanges (18295)
13GenomeInfoDb (18280)
14Biostrings (17316)
15DelayedArray (16534)
16SummarizedExperiment (16246)
17annotate (14426)
18Rsamtools (13305)
19genefilter (12922)
20GenomicAlignments (12555)
21rtracklayer (12418)
22biomaRt (12055)
23GenomicFeatures (11777)
24graph (11510)
25edgeR (11052)
26DESeq2 (10115)
27geneplotter (9695)
28preprocessCore (9606)
29Rhdf5lib (8127)
30rhdf5 (7738)
31RBGL (7191)
32affy (6891)
33affyio (6850)
34qvalue (6735)
35Rgraphviz (6519)
36BSgenome (6441)
37multtest (6399)
38VariantAnnotation (6196)
39impute (5934)
40ensembldb (5187)
41GEOquery (5162)
42ProtGenerics (4928)
43ShortRead (4789)
44DOSE (4713)
45sva (4551)
46fgsea (4470)
47clusterProfiler (4396)
48GOSemSim (4281)
49AnnotationFilter (4100)
50DESeq (4023)
51GSEABase (4012)
52biovizBase (3861)
53ComplexHeatmap (3736)
54enrichplot (3627)
55AnnotationHub (3621)
56KEGGREST (3556)
57HDF5Array (3377)
58vsn (3265)
59phyloseq (3065)
60Gviz (2976)
61Rhtslib (2972)
62Category (2929)
63DelayedMatrixStats (2917)
64pathview (2859)
65interactiveDisplayBase (2859)
66KEGGgraph (2782)
67biomformat (2752)
68pcaMethods (2716)
69AnnotationForge (2675)
70tximport (2523)
71SingleCellExperiment (2489)
72GOstats (2481)
73topGO (2459)
74aroma.light (2458)
75illuminaio (2453)

All software packages

All software package stats in one file: bioc_pkg_stats.tab

All software package download scores in one file: bioc_pkg_scores.tab

See Download stats for Bioconductor software repository (all packages combined)

A

a4 (105)
a4Base (124)
a4Classif (102)
a4Core (151)
a4Preproc (143)
a4Reporting (103)
a4reporting (0)
ABAEnrichment (97)
ABarray (102)
abseqR (34)
ABSSeq (96)
acde (96)
ACE (41)
aCGH (166)
ACME (114)
ADaCGH2 (86)
ADAM (18)
ADAMgui (11)
adaptest (66)
adductomicsR (15)
adSplit (85)
AffiXcan (30)
affxparser (1711)
affy (6891)
affycomp (142)
AffyCompatible (99)
affyContam (87)
affycoretools (418)
affydata (0)
AffyExpress (91)
affyILM (85)
affyio (6850)
affylmGUI (141)
affyPara (86)
affypdnn (110)
affyPLM (1376)
affyqcreport (0)
affyQCReport (284)
AffyRNADegradation (87)
AffyTiling (6)
AGDEX (86)
Agi4x44PreProcess (4)
agilp (176)
AgiMicroRna (123)
agimicrorna (0)
AIMS (319)
ALDEx2 (267)
alevinQC (14)
AllelicImbalance (92)
AlphaBeta (0)
alpine (90)
alsace (93)
altcdfenvs (91)
AMARETTO (13)
AMOUNTAIN (92)
amplican (118)
ampliQueso (68)
AnalysisPageServer (78)
anamiR (86)
Anaquin (111)
AneuFinder (135)
ANF (76)
animalcules (12)
annaffy (510)
AnnBuilder (0)
annmap (76)
annotate (14426)
AnnotationDbi (21018)
annotationdbi (0)
AnnotationFilter (4100)
AnnotationForge (2675)
AnnotationFuncs (122)
AnnotationHub (3621)
AnnotationHubData (130)
annotationTools (139)
annotatr (241)
anota (92)
anota2seq (114)
antiProfiles (80)
APAlyzer (0)
apcluster (0)
apComplex (136)
apcomplex (0)
apeglm (1296)
applera (0)
appreci8R (35)
aroma.light (2458)
ArrayExpress (522)
ArrayExpressHTS (56)
arrayMagic (0)
arraymvout (0)
arrayMvout (78)
arrayQCplot (0)
arrayQuality (116)
arrayQualityMetrics (514)
arrayqualitymetrics (0)
ArrayTools (128)
ArrayTV (89)
ARRmNormalization (80)
artMS (68)
ASAFE (74)
ASEB (86)
ASGSCA (85)
ASICS (87)
asmn (1)
ASpli (143)
AssessORF (31)
ASSET (91)
ASSIGN (90)
ATACseqQC (239)
AtlasRDF (10)
atSNP (15)
attract (107)
AUCell (391)
Autotuner (0)
AWFisher (1)

B

BaalChIP (79)
BAC (81)
bacon (132)
BADER (83)
BadRegionFinder (76)
BAGS (79)
ballgown (946)
bamsignals (366)
BANDITS (11)
banocc (75)
basecallQC (83)
BaseSpaceR (100)
Basic4Cseq (122)
BASiCS (158)
BasicSTARRseq (79)
batchelor (42)
BatchQC (129)
BayesKnockdown (71)
BayesPeak (127)
bayNorm (66)
baySeq (523)
BBCAnalyzer (78)
BCRANK (107)
bcSeq (101)
BDMMAcorrect (61)
beachmat (2070)
beadarray (697)
beadarraySNP (97)
beaddatapackr (0)
BeadDataPackR (677)
BeadExplorer (0)
BEARscc (97)
BEAT (93)
BEclear (91)
betr (10)
bgafun (79)
BgeeDB (118)
BGmix (54)
bgx (84)
BHC (170)
BicARE (127)
BiFET (99)
BiGGR (89)
BigMatrix (0)
bigmelon (84)
bigmemoryExtras (73)
bigPint (15)
bim (0)
bioassayR (124)
biobase (0)
Biobase (25681)
biobroom (191)
bioCancer (108)
BiocCaseStudies (88)
BiocCheck (301)
biocDatasets (0)
BiocFileCache (1201)
BiocGenerics (29279)
biocGraph (259)
biocinstaller (0)
Biocinstaller (0)
BiocInstaller (25098)
biocLite (0)
BiocNeighbors (894)
BiocOncoTK (105)
Bioconductor (0)
BioCor (108)
BiocParallel (20245)
BiocPkgTools (81)
BiocSingular (356)
BiocSklearn (74)
BiocStyle (2145)
BiocVersion (18561)
biocViews (1880)
BiocWorkflowTools (97)
bioDist (245)
biomaRt (12055)
BioMedR (5)
biomformat (2752)
BioMM (13)
BioMVCClass (78)
biomvRCNS (75)
BioNet (274)
bionet (0)
BioNetStat (78)
BioQC (103)
BioSeqClass (141)
biosigner (92)
biostrings (0)
Biostrings (17316)
BiostringsCinterfaceDemo (0)
biosvd (81)
biotmle (76)
biovizBase (3861)
BiRewire (106)
birta (84)
birte (67)
BiSeq (149)
BitSeq (166)
blima (78)
BLMA (81)
bnbc (70)
BPRMeth (89)
BRAIN (193)
brainImageR (32)
BrainStars (78)
branchpointer (72)
breakpointR (32)
bridge (79)
BridgeDbR (98)
BrowserViz (110)
BrowserVizDemo (30)
BSgenome (6441)
bsseq (874)
BubbleTree (81)
BufferedMatrix (86)
BufferedMatrixMethods (81)
BUMHMM (103)
bumphunter (1897)
BUS (79)
BUScorrect (32)
BuxcoR (0)

C

CAFE (73)
CAGEfightR (75)
CAGEr (135)
CALIB (89)
CAMERA (528)
CAMTHC (41)
canceR (91)
cancerclass (85)
CancerInSilico (77)
CancerMutationAnalysis (88)
CancerSubtypes (138)
CAnD (74)
caOmicsV (79)
Cardinal (173)
casper (110)
CATALYST (215)
Category (2929)
categoryCompare (80)
CausalR (93)
cbaf (90)
ccfindR (106)
ccmap (98)
CCPROMISE (73)
ccrepe (94)
celaref (69)
celda (15)
cellbaseR (80)
CellBench (13)
cellGrowth (86)
cellHTS (5)
cellHTS2 (254)
cellity (115)
CellMapper (76)
CellMixS (11)
CellNOptR (159)
cellscape (86)
CellScore (64)
CellTrails (66)
cellTree (136)
CEMiTool (202)
CexoR (79)
CFAssay (86)
CGEN (113)
CGHbase (248)
CGHcall (228)
cghMCR (101)
CGHnormaliter (76)
CGHregions (90)
ChAMP (544)
CHARGE (63)
charm (86)
ChemmineOB (216)
ChemmineR (436)
chemminer (0)
CHETAH (15)
ChIC (57)
Chicago (106)
chimera (98)
chimeraviz (147)
ChIPanalyser (66)
ChIPComp (83)
chipenrich (141)
ChIPexoQual (72)
ChIPpeakAnno (857)
ChIPQC (282)
ChIPseeker (1025)
chipseq (477)
ChIPseqR (147)
ChIPSeqSpike (105)
ChIPsim (150)
ChIPXpress (63)
chopsticks (155)
chroGPS (78)
chromDraw (80)
ChromHeatMap (91)
ChromoViz (0)
chromPlot (116)
chromstaR (103)
chromswitch (83)
chromVAR (175)
CHRONOS (96)
cicero (114)
CINdex (78)
circRNAprofiler (1)
cisPath (85)
ClassifyR (116)
cleanUpdTSeq (89)
cleaver (187)
clippda (86)
clipper (111)
Clomial (80)
Clonality (83)
clonotypeR (77)
clst (85)
clstutils (79)
CluMSID (20)
clustComp (76)
clusterExperiment (353)
ClusterJudge (65)
clusterProfiler (4396)
clusterprofiler (0)
clusterSeq (73)
ClusterSignificance (76)
clusterStab (151)
CMA (144)
cn.farms (80)
cn.mops (199)
CNAnorm (91)
cnanorm (0)
CNEr (483)
CNORdt (99)
CNORfeeder (112)
CNORfuzzy (80)
CNORode (135)
CNPBayes (74)
CNTools (199)
cnvGSA (79)
CNVPanelizer (93)
CNVRanger (17)
CNVrd2 (78)
CNVtools (96)
cnvtools (0)
cobindR (80)
CoCiteStats (84)
COCOA (53)
codelink (88)
CODEX (168)
coexnet (78)
CoGAPS (140)
cogena (106)
coGPS (76)
COHCAP (98)
cola (13)
coMET (105)
compartmap (60)
COMPASS (128)
compcodeR (129)
compEpiTools (93)
CompGO (93)
ComplexHeatmap (3736)
condcomp (29)
CONFESS (69)
consensus (48)
ConsensusClusterPlus (2147)
consensusDE (65)
consensusOV (73)
consensusSeekeR (77)
contiBAIT (99)
conumee (119)
convert (176)
copa (86)
COPDSexualDimorphism (1)
copynumber (285)
CopyNumber450k (3)
CopyNumberPlots (11)
CopywriteR (146)
coRdon (72)
CoRegFlux (11)
CoRegNet (99)
Cormotif (76)
CorMut (85)
coRNAi (9)
CORREP (75)
coseq (130)
cosmiq (81)
cosmo (1)
cosmoGUI (1)
COSNet (73)
CountClust (138)
countsimQC (64)
covEB (96)
CoverageView (128)
covRNA (71)
cpvSNP (77)
cqn (236)
CRImage (103)
CRISPRseek (149)
crisprseekplus (71)
CrispRVariants (139)
crlmm (172)
crossmeta (93)
CSAR (154)
csaw (274)
CSSP (78)
ctc (305)
CTDquerier (66)
cTRAP (34)
ctsGE (115)
cummeRbund (732)
cummerbund (0)
customProDB (158)
CVE (80)
cycle (79)
cydar (129)
CytoDx (71)
cytofast (16)
cytofkit (216)
cytolib (516)
CytoML (129)

D

dada2 (1297)
dagLogo (73)
daMA (74)
DaMiRseq (96)
DAPAR (139)
DART (85)
DASC (5)
DASiR (3)
DAVIDQuery (4)
DBChIP (117)
dcanr (13)
dcGSA (98)
DChIPRep (75)
ddCt (142)
ddgraph (11)
DDiGGER (0)
ddPCRclust (63)
debrowser (219)
DECIPHER (993)
deco (18)
DEComplexDisease (64)
decompTumor2Sig (18)
DeconRNASeq (153)
decontam (131)
DEDS (121)
DeepBlueR (103)
deepSNV (118)
DEFormats (235)
DEGraph (78)
DEGreport (252)
DEGseq (336)
DelayedArray (16534)
DelayedDataFrame (20)
DelayedMatrixStats (2917)
deltaGseg (76)
DeMAND (80)
DeMixT (16)
DEP (240)
DepecheR (12)
DEqMS (70)
derfinder (413)
derfinderHelper (397)
derfinderPlot (108)
DEScan2 (94)
deseq (0)
DESeq (4023)
DESeq2 (10115)
DEsingle (110)
destiny (826)
DEsubs (84)
DEXSeq (732)
dexus (95)
DFP (78)
DiffBind (669)
diffcoexp (70)
diffcyt (155)
diffgeneanalysis (0)
diffGeneAnalysis (76)
diffHic (107)
DiffLogo (84)
diffloop (122)
diffuStats (79)
diggit (81)
Director (70)
DirichletMultinomial (599)
discordant (101)
DiscoRhythm (10)
divergence (11)
dks (74)
DMCHMM (69)
DMRcaller (148)
DMRcate (586)
DMRforPairs (75)
DMRScan (72)
dmrseq (146)
DNABarcodeCompatibility (15)
DNABarcodes (129)
DNAcopy (2332)
DNaseR (1)
DNAshapeR (107)
domainsignatures (21)
DominoEffect (72)
doppelgangR (90)
DOQTL (91)
Doscheda (97)
DOSE (4713)
doseR (12)
drawProteins (91)
DRIMSeq (269)
DriverNet (95)
DropletUtils (546)
DrugVsDisease (80)
dSimer (72)
DSS (756)
DTA (77)
dualKS (74)
DupChecker (76)
dupRadar (106)
dyebias (78)
DynDoc (613)
dyndoc (0)

E

EasyqpcR (130)
easyrnaseq (0)
easyRNASeq (182)
EBarrays (154)
EBcoexpress (83)
EBImage (2073)
EBSEA (70)
EBSeq (583)
EBSeqHMM (132)
ecolitk (79)
EDASeq (2408)
edd (1)
EDDA (95)
edge (139)
edger (0)
edgeR (11052)
eegc (71)
EGAD (84)
EGSEA (257)
eiR (78)
eisa (94)
ELBOW (80)
ELMER (376)
EMDomics (78)
EmpiricalBrownsMethod (102)
ENCODExplorer (106)
EnhancedVolcano (420)
ENmix (165)
EnrichedHeatmap (158)
EnrichmentBrowser (308)
enrichplot (3627)
enrichTF (10)
ensembldb (5187)
ensemblVEP (152)
ENVISIONQuery (78)
EpiCluster (0)
EpiDISH (123)
epigenomix (84)
epihet (13)
epiNEM (71)
epivizr (104)
epivizrChart (66)
epivizrData (102)
epivizrServer (103)
epivizrStandalone (83)
erccdashboard (126)
erma (236)
ERSSA (60)
esATAC (232)
esetVis (85)
eudysbiome (71)
evaluomeR (9)
EventPointer (81)
EWCE (6)
ExCluster (54)
ExiMiR (80)
exomeCopy (261)
exomecopy (0)
exomePeak (123)
exonfindR (0)
exonmap (1)
ExperimentHub (1016)
ExperimentHubData (85)
explorase (56)
ExpressionAtlas (99)
ExpressionView (80)
exprExternal (0)
externalVector (1)

F

fabia (151)
facopy (41)
factDesign (83)
FamAgg (100)
farms (87)
fastLiquidAssociation (75)
FastqCleaner (42)
fastseg (625)
fbat (0)
FCBF (47)
fCCAC (72)
fCI (81)
fcScan (0)
fdrame (79)
FELLA (92)
FEM (421)
ffpe (85)
FGNet (129)
fgsea (4470)
FindMyFriends (102)
FISHalyseR (76)
fishpond (12)
FitHiC (93)
flagme (81)
flipflop (82)
flowAI (233)
flowBeads (105)
flowBin (106)
flowcatchR (74)
flowCHIC (106)
flowCL (147)
flowClean (146)
flowClust (377)
flowCore (1558)
flowCyBar (78)
flowDensity (193)
flowFit (80)
flowFlowJo (2)
flowFP (145)
flowMap (80)
flowMatch (109)
flowMeans (210)
flowMerge (118)
flowPeaks (154)
flowPhyto (2)
flowPloidy (78)
flowPlots (79)
flowq (0)
flowQ (42)
flowQB (73)
FlowRepositoryR (86)
FlowSOM (675)
flowStats (363)
flowTime (99)
flowTrans (125)
flowType (100)
flowUtils (695)
flowViz (722)
flowVS (86)
flowworkspace (0)
flowWorkspace (608)
fmcsR (180)
focalCall (71)
FoldGO (35)
FourCSeq (95)
FRGEpistasis (82)
frma (221)
frmaTools (85)
FunChIP (74)
FunciSNP (83)
funtooNorm (66)

G

GA4GHclient (69)
GA4GHshiny (66)
gaga (117)
gage (965)
gaggle (78)
gaia (188)
GAPGOM (12)
GAprediction (70)
garfield (75)
GARS (60)
GateFinder (96)
gaucho (39)
gcapc (72)
gcatest (73)
gCMAP (71)
gCMAPWeb (49)
gCrisprTools (112)
gcrma (1822)
GDCRNATools (268)
GDSArray (76)
gdsfmt (1148)
geecc (74)
GEM (76)
gemini (1)
genArise (79)
genbankr (145)
GENE.E (10)
gene2pathway (1)
GeneAccord (31)
GeneAnswers (134)
geneAttribution (70)
GeneBreak (73)
geneClassifiers (67)
GeneExpressionSignature (88)
genefilter (12922)
genefu (287)
GeneGA (69)
GeneGeneInteR (75)
GeneGroupAnalysis (1)
GeneMeta (108)
GeneNetworkBuilder (100)
GeneOverlap (239)
geneplast (76)
geneplotter (9695)
GeneR (1)
geneRecommender (79)
GeneRegionScan (77)
GeneRfold (1)
geneRxCluster (74)
GeneSelectMMD (81)
GeneSelector (85)
GENESIS (221)
GeneSpring (1)
GeneStructureTools (94)
geNetClassifier (113)
GeneticsBase (0)
GeneticsDesign (95)
GeneticsPed (136)
GeneTraffic (0)
GeneTS (0)
geneXtendeR (74)
GENIE3 (349)
genoCN (77)
GenoGAM (93)
genomation (329)
GenomeBase (0)
GenomeGraphs (237)
GenomeInfoDb (18280)
genomeinfodb (0)
genomeIntervals (239)
genomeintervals (0)
genomes (95)
GenomicAlignments (12555)
genomicalignments (0)
GenomicDataCommons (631)
GenomicFeatures (11777)
GenomicFiles (741)
GenomicInteractions (145)
GenomicRanges (18295)
GenomicScores (279)
GenomicTuples (77)
Genominator (92)
genoset (175)
genotypeeval (73)
GenoView (3)
genphen (86)
GenRank (74)
GenVisR (332)
GEOmetadb (265)
GEOquery (5162)
GEOsearch (10)
GEOsubmission (77)
gep2pep (62)
gespeR (127)
GEWIST (71)
gff3Plotter (0)
GGBase (136)
ggbio (1864)
ggcyto (392)
GGtools (125)
ggtree (1764)
GIGSEA (29)
girafe (151)
GISPA (71)
GLAD (246)
GladiaTOX (8)
Glimma (917)
glmSparseNet (37)
GlobalAncova (306)
globalSeq (72)
globaltest (950)
gmapR (117)
GMRP (71)
GNET2 (10)
goCluster (0)
GOexpress (176)
GOfuncR (111)
GOFunction (93)
GoogleGenomics (64)
GOpro (75)
goProfiles (148)
goprofiles (0)
gosemsim (0)
GOSemSim (4281)
goseq (1093)
GOSim (132)
goSTAG (79)
gostats (0)
GOstats (2481)
GOsummaries (132)
GOTHiC (125)
goTools (111)
gotools (0)
gpart (54)
gpls (154)
gprege (75)
gpuMagic (3)
gQTLBase (222)
gQTLstats (257)
graper (14)
graph (11510)
GraphAlignment (80)
GraphAT (76)
graphite (1361)
GraphPAC (83)
GRENITS (83)
GreyListChIP (81)
GRmetrics (131)
groHMM (90)
GRridge (78)
GSALightning (72)
GSAR (165)
GSCA (77)
GSEABase (4012)
gseabase (0)
GSEABenchmarkeR (102)
GSEAlm (140)
gsean (86)
GSReg (74)
GSRI (77)
GSVA (1019)
gtrellis (136)
GUIDEseq (110)
Guitar (118)
Gviz (2976)
gwascat (256)
GWASTools (374)
gwasurvivr (40)

H

h5vc (83)
hapFabia (79)
Harman (176)
Harshlight (74)
harshlight (0)
HCABrowser (10)
HCsnip (12)
HDF5Array (3377)
HDTD (73)
heatmaps (194)
Heatplus (589)
HelloRanges (103)
HELP (79)
HEM (73)
hexbin (3)
hiAnnotator (97)
HIBAG (108)
HiCBricks (29)
HiCcompare (111)
hicrep (94)
hierGWAS (78)
hierinf (27)
HilbertCurve (119)
HilbertVis (244)
HilbertVisGUI (60)
HiLDA (0)
hipathia (101)
hiReadsProcessor (67)
HIREewas (29)
HiTC (194)
hmdbQuery (79)
HMMcopy (195)
hopach (243)
HPAanalyze (36)
hpar (255)
HTqPCR (183)
HTSanalyzeR (184)
HTSeqGenie (48)
htseqtools (0)
htSeqTools (158)
HTSFilter (212)
HumanTranscriptomeCompendium (15)
HybridMTest (93)
hypeR (14)
hyperdraw (100)
hypergraph (138)

I

iASeq (72)
iasva (60)
iBBiG (123)
ibh (71)
iBMQ (64)
iCARE (80)
Icens (292)
icetea (58)
iCheck (72)
iChip (73)
iClusterPlus (173)
iCNV (83)
iCOBRA (120)
ideal (114)
ideogram (0)
IdeoViz (121)
idiogram (77)
IdMappingAnalysis (72)
IdMappingRetrieval (71)
iFlow (2)
iGC (73)
IgGeneUsage (0)
igvR (73)
IHW (677)
illuminaio (2453)
imageHTS (111)
IMAS (98)
Imetagene (66)
IMMAN (67)
ImmuneSpaceR (115)
immunoClust (79)
IMPCdata (69)
ImpulseDE (74)
ImpulseDE2 (144)
impute (5934)
INDEED (33)
infercnv (32)
InPAS (80)
INPower (70)
inSilicoDb (19)
inSilicoMerging (21)
insilicomerging (0)
INSPEcT (112)
InTAD (85)
intansv (81)
InteractionSet (310)
interactiveDisplay (175)
interactiveDisplayBase (2859)
IntEREst (107)
InterMineR (99)
IntramiRExploreR (63)
inversion (0)
inveRsion (76)
IONiseR (97)
iontree (17)
iPAC (90)
ipdDb (29)
IPO (148)
IPPD (147)
IRanges (25983)
IrisSpatialFeatures (31)
iSEE (200)
iSeq (78)
iSNetwork (0)
isobar (198)
IsoCorrectoR (37)
IsoCorrectoRGUI (17)
IsoformSwitchAnalyzeR (173)
IsoGeneGUI (75)
ISoLDE (69)
isomiRs (110)
iSPlot (0)
ITALICS (70)
iterativeBMA (84)
iterativebma (0)
iterativeBMAsurv (77)
iterClust (70)
iteremoval (61)
IVAS (108)
ivygapSE (64)
IWTomics (74)

J

JASPAR2018 (25)
jmosaics (4)
joda (72)
JunctionSeq (160)

K

karyoploteR (417)
KCsmart (73)
kebabs (141)
KEGGgraph (2782)
KEGGlincs (80)
keggorth (0)
keggorthology (98)
KEGGprofile (211)
KEGGREST (3556)
KEGGSOAP (3)
kimod (71)
KinSwingR (30)
kissDE (67)
kmknn (22)
KnowSeq (3)

L

lapmix (72)
LBE (114)
ldblock (122)
LEA (285)
LedPred (75)
les (79)
levi (29)
lfa (204)
limma (18301)
limmaGUI (116)
LINC (70)
LineagePulse (91)
Linnorm (169)
lipidr (10)
LiquidAssociation (78)
lmdme (80)
LMGene (88)
LOBSTAHS (81)
loci2path (62)
logicFS (208)
logitT (73)
Logolas (84)
lol (75)
LOLA (134)
LoomExperiment (67)
LowMACA (84)
LPE (92)
LPEadj (77)
lpNet (71)
lpsymphony (642)
LRBaseDbi (37)
lumi (1011)
LVSmiRNA (78)
LymphoSeq (87)

M

M3C (111)
M3D (74)
M3Drop (231)
maanova (100)
Maaslin2 (0)
macat (76)
maCorrPlot (73)
MACPET (60)
maDB (1)
madb (0)
made4 (367)
MADSEQ (75)
maftools (1086)
MAGeCKFlute (133)
maigesPack (81)
MAIT (122)
makecdfenv (171)
makePlatformDesign (1)
MANOR (71)
manta (109)
MantelCorr (71)
mAPKL (71)
maPredictDSC (74)
mapscape (72)
marray (1454)
martini (73)
maser (47)
maSigPro (294)
maskBAD (73)
MassArray (78)
massarray (0)
massiR (77)
MassSpecWavelet (1037)
MAST (616)
matchBox (71)
matchprobes (1)
Matrix (0)
MatrixRider (69)
matter (160)
MaxContrastProjection (95)
MBAmethyl (67)
MBASED (81)
MBCB (76)
mbkmeans (18)
mBPCR (73)
MBttest (67)
mcaGUI (70)
MCbiclust (106)
MCRestimate (79)
mCSEA (95)
mdgsa (93)
mdp (95)
mdqc (79)
MDTS (61)
MEAL (73)
MeasurementError.cor (70)
MEDIPS (129)
MEDME (71)
MEIGOR (96)
Melissa (12)
mergemaid (0)
MergeMaid (112)
Mergeomics (81)
MeSHDbi (182)
meshes (92)
meshr (115)
MeSHSim (7)
messina (71)
metaArray (103)
metaarray (0)
Metab (86)
metabomxtr (111)
MetaboSignal (84)
metaCCA (78)
MetaCyto (94)
metagene (95)
metagene2 (10)
metagenomeFeatures (114)
metagenomeSeq (599)
MetaGxOvarian (6)
metahdep (72)
metaMS (121)
MetaNeighbor (108)
metaR (0)
metaSeq (88)
metaseqR (114)
metavizr (85)
MetaVolcanoR (5)
metaX (4)
MetCirc (78)
methimpute (75)
methInheritSim (69)
MethPed (96)
MethTargetedNGS (71)
methVisual (79)
methyAnalysis (138)
MethylAid (91)
methylGSA (68)
methylInheritance (71)
methylKit (537)
MethylMix (140)
methylMnM (77)
methylPipe (102)
MethylSeekR (99)
methylumi (1155)
methyvim (66)
MetID (27)
MetNet (62)
mfa (108)
Mfuzz (298)
mfuzz (0)
MGFM (77)
MGFR (109)
mgsa (100)
MiChip (72)
microbiome (495)
microRNA (156)
MIGSA (73)
mimager (65)
MIMOSA (93)
MineICA (87)
minet (602)
minfi (1937)
MinimumDistance (70)
MiPP (74)
MIRA (112)
MiRaGE (105)
miRBaseConverter (87)
miRcomp (71)
mirIntegrator (74)
miRLAB (86)
miRmine (65)
miRNAmeConverter (80)
miRNApath (87)
miRNAtap (134)
miRSM (30)
miRsponge (89)
miRspongeR (14)
Mirsynergy (75)
missMethyl (661)
missRows (58)
mitoODE (71)
mixOmics (975)
MLInterfaces (400)
mlm4omics (23)
MLP (100)
MLSeq (182)
MMAPPR2 (2)
MMDiff (4)
MMDiff2 (73)
mmgmos (0)
mmnet (7)
MmPalateMiRNA (73)
mnem (10)
MODA (79)
Modstrings (12)
MOFA (22)
mogsa (83)
monocle (1603)
MoonlightR (84)
MoPS (72)
mosaics (121)
motifbreakR (98)
motifcounter (86)
MotifDb (326)
motifmatchr (251)
motifRG (123)
motifStack (451)
MotIV (455)
MPFE (68)
mpra (71)
MPRAnalyze (59)
mQTL.NMR (44)
msa (770)
msbase (0)
mscalib (0)
msgbsR (95)
MSGFgui (146)
MSGFplus (234)
msmsEDA (198)
msmsTests (160)
MSnbase (1564)
MSnID (217)
msPurity (119)
msQC (0)
MSstats (308)
MSstatsQC (75)
MSstatsQCgui (65)
MSstatsTMT (80)
mtbls2 (0)
MTseeker (26)
Mulcom (148)
MultiAssayExperiment (974)
multiClust (121)
MultiDataSet (113)
multiHiCcompare (35)
MultiMed (73)
multiMiR (117)
multiOmicsViz (70)
multiscan (70)
multtest (6399)
muscle (178)
MutationalPatterns (232)
MVCClass (76)
mvGST (10)
MWASTools (100)
mygene (373)
myvariant (98)
mzID (1382)
mzR (1587)

N

NADfinder (80)
NanoStringDiff (117)
NanoStringQCPro (114)
nanotatoR (9)
NarrowPeaks (85)
NBAMSeq (10)
NBSplice (63)
ncdfFlow (572)
ncGTW (0)
NCIgraph (79)
ndexr (108)
neaGUI (5)
NeighborNet (28)
nem (130)
netbenchmark (80)
netbiov (116)
netboost (10)
NetCRG (0)
nethet (79)
NetPathMiner (99)
netprioR (66)
netReg (75)
netresponse (83)
NetSAM (72)
netSmooth (73)
networkBMA (80)
NGScopy (75)
ngsReports (14)
nnNorm (72)
NOISeq (631)
nondetects (83)
normalize450K (66)
NormalyzerDE (49)
NormqPCR (283)
normr (83)
npGSEA (81)
NTW (70)
nucleoSim (69)
nucleR (98)
nucler (0)
nuCpos (28)
nudge (37)
NuPoP (78)

O

occugene (70)
OCplus (155)
odseq (67)
OGSA (72)
oligo (1732)
oligoClasses (1858)
OLIN (76)
OLINgui (72)
OmaDB (98)
omicade4 (102)
omiccircos (0)
OmicCircos (241)
omicplotR (93)
omicRexposome (93)
OmicsLonDA (13)
OmicsMarkeR (98)
OMICsPCA (31)
omicsPrint (76)
Onassis (75)
oncomix (66)
OncoScore (72)
OncoSimulR (84)
oneChannelGUI (16)
oneSENSE (88)
onlineFDR (27)
ontoCAT (16)
ontoProc (79)
ontoTools (0)
openCyto (312)
openPrimeR (96)
openPrimeRui (69)
OperaMate (9)
oposSOM (101)
oppar (72)
OPWeight (104)
OrderedList (157)
ORFik (107)
Organism.dplyr (311)
OrganismDbi (2279)
OSAT (90)
Oscope (111)
OTUbase (79)
OutlierD (92)
OUTRIDER (69)
OVESEG (13)

P

PAA (92)
PADOG (232)
PAIRADISE (12)
paircompviz (77)
pairseqsim (0)
pamr (2)
PAN (0)
pandaR (95)
panelcn.mops (76)
PAnnBuilder (44)
panp (84)
PANR (90)
PanVizGenerator (77)
PAPi (114)
parglms (69)
parody (107)
PAST (11)
Path2PPI (84)
pathifier (222)
PathNet (84)
PathoStat (85)
pathprint (68)
pathRender (76)
pathVar (73)
pathview (2859)
pathwayPCA (18)
PathwaySplice (100)
PatientGeneSets (1)
paxtoolsr (124)
Pbase (84)
pbcmc (39)
pcaExplorer (339)
pcaGoPromoter (122)
pcaMethods (2716)
PCAN (71)
PCAtools (39)
pcot2 (140)
PCpheno (75)
pcxn (66)
pdInfoBuilder (143)
pdmclass (11)
PECA (85)
PepsNMR (58)
pepStat (78)
pepXMLTab (80)
perturbatr (63)
PGA (84)
pgca (68)
PGSEA (248)
pgUtils (1)
phantasus (68)
PharmacoGx (161)
phemd (14)
phenoDist (39)
phenopath (97)
phenoTest (124)
PhenStat (90)
philr (121)
phosphonormalizer (68)
PhyloProfile (0)
phyloseq (3065)
Pi (77)
piano (343)
pickgene (70)
PICS (151)
Pigengene (120)
PING (73)
pint (73)
pipeFrame (11)
pkgDepTools (95)
plateCore (82)
plethy (72)
plgem (124)
plier (225)
plotGrouper (35)
PLPE (76)
plrs (71)
plw (72)
plyranges (176)
pmm (68)
podkat (74)
pogos (92)
polyester (150)
Polyfit (87)
POST (65)
PoTRA (9)
PowerExplorer (68)
powerTCR (62)
PPInfer (81)
ppiStats (90)
pqsfinder (98)
prada (289)
pram (10)
prebs (103)
PrecisionTrialDrawer (15)
PREDA (95)
predictionet (53)
preprocessCore (9606)
primirTSS (30)
PrInCE (11)
Prize (75)
proBAMr (108)
proBatch (12)
PROcess (160)
procoil (78)
ProCoNA (42)
proDA (0)
proFIA (77)
profileplyr (11)
profileScoreDist (64)
progeny (119)
projectR (12)
pRoloc (315)
pRolocGUI (92)
PROMISE (75)
PROPER (111)
PROPS (65)
Prostar (128)
prot2D (65)
proteinProfiles (70)
ProteomicsAnnotationHubData (72)
ProteoMM (58)
proteoQC (77)
ProtGenerics (4928)
PSEA (79)
psichomics (120)
PSICQUIC (103)
psygenet2r (79)
puma (153)
PureCN (147)
pvac (77)
pvca (180)
Pviz (88)
PWMEnrich (131)
pwOmics (76)
pxr (0)

Q

qckitfastq (11)
qcmetrics (117)
QDNAseq (211)
qpcrNorm (86)
qpgraph (166)
qPLEXanalyzer (45)
qrqc (169)
qsea (77)
qsmooth (13)
QSutils (33)
qtbase (0)
qtpaint (0)
QUALIFIER (114)
quantro (122)
quantsmooth (400)
QuartPAC (74)
QuasR (300)
QuaternaryProd (86)
QUBIC (117)
qusage (273)
qvalue (6735)

R

R3CPET (70)
r3Cseq (142)
R453Plus1Toolbox (79)
R4RNA (76)
RaggedExperiment (526)
rain (97)
rama (79)
ramigo (0)
RamiGO (58)
ramwas (78)
RandomWalkRestartMH (69)
randPack (78)
RankProd (401)
RareVariantVis (73)
Rariant (71)
RbcBook1 (94)
RBGL (7191)
RBioinf (89)
rbioinf (0)
rBiopaxParser (159)
RBM (71)
Rbowtie (308)
Rbowtie2 (203)
rbsurv (110)
Rcade (96)
RCAS (80)
RCASPAR (76)
rcellminer (88)
rCGH (96)
Rchemcpp (117)
RchyOptimyx (80)
RcisTarget (304)
RCM (15)
RConferoMapping (0)
Rcpi (157)
Rcwl (18)
RcwlPipelines (11)
RCy3 (455)
RCyjs (86)
RCytoscape (51)
RDAVIDWebService (406)
Rdbi (1)
RdbiPgSQL (0)
rDGIdb (81)
Rdisop (295)
RDRToolbox (169)
ReactomePA (1011)
readat (106)
ReadqPCR (288)
reb (70)
REBET (27)
recount (376)
recoup (100)
RedeR (160)
REDseq (130)
RefNet (70)
RefPlus (77)
regioneR (1061)
regionReport (154)
regsplice (99)
REMP (81)
Repitools (246)
ReportingTools (1063)
reposTools (0)
RepViz (8)
ReQON (73)
Resourcerer (1)
restfulSE (126)
rexposome (70)
rfcdmin (0)
rflowcyt (1)
rfPred (74)
rGADEM (552)
RGalaxy (80)
Rgin (66)
RGMQL (64)
RGraph2js (68)
Rgraphviz (6519)
rGREAT (167)
RGSEA (121)
rgsepd (107)
rhdf5 (7738)
rhdf5client (135)
Rhdf5lib (8127)
Rhisat2 (58)
Rhtslib (2972)
rHVDM (69)
RiboProfiling (102)
riboSeq (0)
riboSeqR (94)
RImmPort (73)
Ringo (282)
Rintact (1)
RIPSeeker (127)
Risa (77)
RITAN (79)
RIVER (71)
RJMCMCNucleosomes (71)
RLMM (71)
RMAGEML (0)
Rmagpie (78)
RMAPPER (1)
RMassBank (105)
rMAT (78)
rmelting (12)
RmiR (73)
rmir (0)
Rmmquant (59)
RNAdecay (60)
RNAinteract (101)
RNAither (101)
rnaither (0)
RNAmodR (2)
RNAmodR.AlkAnilineSeq (2)
RNAmodR.ML (2)
RNAmodR.RiboMethSeq (2)
RNAprobR (70)
rnaseqcomp (75)
RnaSeqGeneEdgeRQL (9)
rnaSeqMap (112)
RNASeqPower (164)
RNASeqR (33)
RnaSeqSampleSize (134)
RnBeads (279)
Rnits (75)
roar (89)
ROC (929)
Roleswitch (90)
Rolexa (4)
rols (298)
roma (0)
ROntoTools (101)
ropls (455)
ROTS (201)
RPA (101)
RProtoBufLib (474)
RpsiXML (104)
rpx (314)
Rqc (127)
rqt (69)
rqubic (115)
rRDP (105)
Rredland (1)
RRHO (98)
Rsamtools (13305)
rsbml (113)
rScudo (17)
RSeqAn (65)
rSFFreader (54)
RSNPper (0)
Rsubread (1265)
RSVSim (87)
rTANDEM (184)
RTCA (106)
RTCGA (560)
RTCGAToolbox (505)
RTN (163)
RTNduals (91)
RTNsurvival (87)
RTools4TB (1)
RTopper (75)
rtracklayer (12418)
Rtreemix (75)
rTRM (85)
rTRMui (68)
runibic (93)
Ruuid (1)
RUVcorr (86)
RUVnormalize (85)
RUVSeq (874)
RVS (97)
RWebServices (2)
rWikiPathways (138)

S

S4Vectors (24896)
safe (421)
SAGElyzer (0)
sagenhaft (75)
SAGx (178)
samExploreR (85)
sampleClassifier (96)
SamSPECTRAL (139)
sangerseqR (246)
SANTA (83)
sapFinder (74)
saps (3)
savR (98)
SBGNview (2)
sbgr (2)
SBMLR (85)
SC3 (549)
Scale4C (63)
scAlign (9)
SCAN.UPC (223)
SCANVIS (1)
scater (1990)
scBFA (0)
SCBN (29)
scDD (174)
scde (399)
scds (12)
scFeatureFilter (58)
scfind (124)
scGPS (1)
ScISI (93)
scmap (209)
scMerge (21)
scmeth (91)
SCnorm (218)
scone (198)
Sconify (101)
scoreInvHap (61)
scPipe (132)
scran (1312)
scRecover (11)
scruff (44)
scsR (69)
scTensor (21)
SDAMS (94)
segmentSeq (138)
SELEX (80)
SemDist (69)
semisup (65)
SemSim (0)
SEPA (69)
SEPIRA (61)
seq2pathway (83)
SeqArray (416)
seqbias (87)
seqCAT (98)
seqCNA (83)
seqcombo (102)
SeqGSEA (227)
seqLogo (1183)
Seqnames (0)
seqPattern (323)
seqplots (174)
seqsetvis (90)
SeqSQC (66)
seqTools (123)
SeqVarTools (339)
sesame (524)
sevenbridges (120)
sevenC (64)
SGSeq (194)
shinyMethyl (141)
shinyTANDEM (83)
ShortRead (4789)
shortread (0)
SIAMCAT (103)
SICtools (50)
sidap (0)
sigaR (86)
SigCheck (78)
sigFeature (48)
SigFuge (70)
siggenes (1918)
sights (107)
signeR (109)
signet (67)
sigPathway (161)
sigsquared (66)
SIM (75)
SIMAT (106)
SimBindProfiles (70)
SIMD (27)
similaRpeak (72)
SIMLR (142)
simpleaffy (757)
simulatorAPMS (0)
simulatorZ (72)
sincell (95)
SingleCellExperiment (2489)
singleCellTK (99)
singscore (202)
SISPA (71)
sitePath (8)
sizepower (86)
SJava (3)
skewr (66)
slalom (93)
SLGI (78)
slingshot (186)
slinky (57)
SLqPCR (89)
SMAD (14)
SMAP (70)
SMITE (109)
SNAData (0)
SNAGEE (69)
snapCGH (91)
snm (160)
snpAssoc (0)
SNPchip (248)
SNPediaR (78)
SNPhood (67)
snpMatrix (5)
snpMatrix2 (0)
SNPRelate (932)
snpStats (1284)
soGGi (125)
SomatiCA (6)
SomaticSignatures (222)
SpacePAC (80)
spade (18)
sparseDOSSA (68)
sparsenetgls (31)
SparseSignatures (67)
SpatialCPie (10)
specL (78)
SpeCond (137)
SpectralTAD (12)
SPEM (93)
SPIA (550)
SpidermiR (128)
spikeLI (68)
spkTools (72)
splatter (269)
splicegear (71)
spliceR (66)
spliceSites (75)
SplicingGraphs (165)
splineTCDiffExpr (1)
splineTimeR (75)
SPLINTER (100)
splots (219)
SPONGE (66)
spotSegmentation (71)
SQLDataFrame (6)
SQUADD (69)
sRACIPE (9)
SRAdb (516)
sRAP (76)
SRGnet (64)
srnadiff (89)
sscore (74)
sscu (69)
sSeq (213)
ssize (111)
SSPA (336)
ssrch (16)
ssviz (103)
stageR (105)
stam (0)
STAN (106)
staRank (84)
StarBioTrek (73)
Starr (79)
STATegRa (82)
statTarget (139)
stepNorm (71)
stepwiseCM (7)
strandCheckR (28)
Streamer (93)
STRINGdb (484)
STROMA4 (94)
Structstrings (11)
StructuralVariantAnnotation (14)
SubCellBarCode (9)
subSeq (125)
SummarizedBenchmark (97)
SummarizedExperiment (16246)
supraHex (317)
survcomp (564)
survtype (10)
Sushi (317)
sva (4551)
SVAPLSseq (81)
SVM2CRM (65)
SWATH2stats (97)
SwathXtend (69)
swfdr (68)
SwimR (70)
switchBox (88)
switchde (108)
synapter (152)
synergyfinder (131)
synlet (97)
SynMut (9)
systemPipeR (948)
systemPipeRdata (0)

T

TargetScore (89)
TargetSearch (104)
targetsearch (0)
TarSeqQC (79)
TCC (255)
TCGAbiolinks (1704)
TCGAbiolinksGUI (228)
TCGAutils (408)
TCseq (149)
TDARACNE (77)
tdaracne (0)
tenXplore (91)
TEQC (98)
ternarynet (70)
TFARM (61)
TFBSTools (497)
TFEA.ChIP (98)
TFHAZ (61)
TFutils (70)
tiger (0)
tigre (74)
tilingArray (116)
timecourse (102)
TimerQuant (0)
timescape (85)
TimeSeriesExperiment (66)
TIN (69)
TissueEnrich (100)
TitanCNA (131)
tkWidgets (588)
TMixClust (82)
TNBC.CMS (9)
TnT (70)
TOAST (3)
tofsims (91)
ToPASeq (113)
topconfects (18)
topdownr (68)
topGO (2459)
topicmodels (0)
TPP (130)
TPP2D (10)
tracktables (98)
trackViewer (251)
transcriptogramer (73)
transcriptR (106)
transite (49)
tRanslatome (75)
TransView (106)
traseR (71)
treeio (1572)
TreeSummarizedExperiment (9)
trena (58)
TReNA (4)
Trendy (90)
triform (71)
trigger (72)
trio (102)
triplex (76)
tRNA (33)
tRNAdbImport (25)
tRNAscanImport (59)
TRONCO (109)
TSCAN (200)
tspair (82)
TSRchitect (77)
TSSi (72)
TTMap (60)
TurboNorm (71)
TVTB (72)
tweeDEseq (128)
twilight (162)
twoddpcr (73)
tximeta (101)
tximport (2523)
TxRegInfra (82)
TypeInfo (68)

U

Ularcirc (32)
UNDO (76)
unifiedWMWqPCR (71)
UniProt.ws (287)
Uniquorn (94)
universalmotif (68)
uSORT (97)

V

VanillaICE (101)
variancePartition (212)
VariantAnnotation (6196)
VariantFiltering (86)
VariantTools (128)
vbmp (109)
VCFArray (19)
Vega (73)
VegaMC (69)
VennDetail (11)
vidger (134)
viper (245)
virtualArray (9)
ViSEAGO (2)
vsn (3265)
vtpnet (64)
vulcan (62)

W

wateRmelon (623)
wavClusteR (108)
waveTiling (70)
weaver (96)
webbioc (75)
widgetInvoke (0)
widgetTools (601)
wiggleplotr (116)
Wrench (106)

X

XBSeq (108)
XCIR (3)
xcms (1131)
XDE (72)
Xeva (10)
XINA (59)
xmapbridge (68)
xmapcore (1)
xps (88)
XVector (19280)
xvector (0)

Y

y2hStat (0)
yamss (75)
YAPSA (96)
yaqcaffy (98)
yarn (104)

Z

zFPKM (130)
zinbwave (544)
zlibbioc (21143)