See download stats for:    Bioconductor annotation packages    Bioconductor experiment packages    Bioconductor workflow packages

Download stats for Bioconductor software packages

This page was generated on 2019-10-18 09:07:01 -0400 (Fri, 18 Oct 2019).

The number reported next to each package name is the download score, that is, the average number of distinct IPs that “hit” the package each month for the last 12 months (not counting the current month). Packages in bold are the default Bioconductor packages (i.e. the BiocInstaller package + the packages that get installed the first time biocLite() is called with no arguments).


Top 75

1BiocGenerics (29818)
2IRanges (26577)
3Biobase (26168)
4S4Vectors (25789)
5BiocVersion (22823)
6BiocInstaller (21858)
7AnnotationDbi (21725)
8zlibbioc (21723)
9BiocParallel (21366)
10XVector (19853)
11GenomeInfoDb (18784)
12GenomicRanges (18731)
13limma (18583)
14Biostrings (17721)
15SummarizedExperiment (17276)
16DelayedArray (16522)
17annotate (14802)
18Rsamtools (13566)
19genefilter (13263)
20GenomicAlignments (12959)
21rtracklayer (12902)
22biomaRt (12715)
23GenomicFeatures (11999)
24graph (11744)
25edgeR (11640)
26DESeq2 (10369)
27geneplotter (9985)
28preprocessCore (9694)
29Rhdf5lib (8898)
30rhdf5 (8042)
31RBGL (7350)
32qvalue (7005)
33affyio (6911)
34affy (6890)
35Rgraphviz (6669)
36BSgenome (6554)
37multtest (6513)
38VariantAnnotation (6231)
39impute (6083)
40ensembldb (5330)
41GEOquery (5173)
42ProtGenerics (5110)
43DOSE (5025)
44fgsea (4977)
45ShortRead (4912)
46clusterProfiler (4686)
47sva (4635)
48Rhtslib (4568)
49GOSemSim (4429)
50AnnotationFilter (4255)
51GSEABase (4127)
52DESeq (4026)
53enrichplot (4015)
54ComplexHeatmap (3936)
55biovizBase (3797)
56HDF5Array (3778)
57AnnotationHub (3707)
58KEGGREST (3611)
59DelayedMatrixStats (3344)
60vsn (3326)
61Gviz (3115)
62phyloseq (3113)
63pathview (2971)
64Category (2952)
65interactiveDisplayBase (2892)
66KEGGgraph (2889)
67biomformat (2850)
68SingleCellExperiment (2830)
69pcaMethods (2763)
70AnnotationForge (2630)
71illuminaio (2517)
72aroma.light (2511)
73topGO (2505)
74GOstats (2497)
75EDASeq (2449)

All software packages

All software package stats in one file: bioc_pkg_stats.tab

All software package download scores in one file: bioc_pkg_scores.tab

See Download stats for Bioconductor software repository (all packages combined)

A

a4 (99)
a4Base (119)
a4Classif (97)
a4Core (145)
a4Preproc (137)
a4Reporting (98)
a4reporting (0)
ABAEnrichment (94)
ABarray (97)
abseqR (39)
ABSSeq (89)
acde (91)
ACE (48)
aCGH (159)
ACME (108)
ADaCGH2 (81)
ADAM (24)
ADAMgui (16)
adaptest (64)
adductomicsR (21)
adSplit (80)
AffiXcan (35)
affxparser (1657)
affy (6890)
affycomp (135)
AffyCompatible (95)
affyContam (82)
affycoretools (406)
affydata (1)
AffyExpress (86)
affyILM (79)
affyio (6911)
affylmGUI (135)
affyPara (81)
affypdnn (104)
affyPLM (1396)
affyqcreport (0)
affyQCReport (273)
AffyRNADegradation (82)
AffyTiling (6)
AGDEX (81)
Agi4x44PreProcess (3)
agilp (175)
AgiMicroRna (120)
agimicrorna (0)
AIMS (326)
ALDEx2 (274)
alevinQC (19)
AllelicImbalance (87)
AlphaBeta (2)
alpine (85)
alsace (90)
altcdfenvs (87)
AMARETTO (18)
AMOUNTAIN (88)
amplican (118)
ampliQueso (58)
AnalysisPageServer (73)
anamiR (80)
Anaquin (108)
AneuFinder (134)
ANF (72)
animalcules (16)
annaffy (500)
AnnBuilder (1)
annmap (71)
annotate (14802)
AnnotationDbi (21725)
annotationdbi (0)
AnnotationFilter (4255)
AnnotationForge (2630)
AnnotationFuncs (118)
AnnotationHub (3707)
AnnotationHubData (129)
annotationTools (133)
annotatr (251)
anota (86)
anota2seq (111)
antiProfiles (76)
APAlyzer (1)
apcluster (0)
apComplex (133)
apcomplex (0)
apeglm (1338)
applera (0)
appreci8R (40)
aroma.light (2511)
ArrayExpress (536)
ArrayExpressHTS (54)
arrayMagic (0)
arraymvout (0)
arrayMvout (72)
arrayQCplot (0)
arrayQuality (107)
arrayQualityMetrics (521)
arrayqualitymetrics (0)
ArrayTools (122)
ArrayTV (82)
ARRmNormalization (76)
artMS (78)
ASAFE (70)
ASEB (81)
ASGSCA (80)
ASICS (87)
asmn (1)
ASpli (137)
AssessORF (38)
ASSET (87)
ASSIGN (88)
ATACseqQC (241)
AtlasRDF (9)
atSNP (20)
attract (102)
AUCell (412)
Autotuner (2)
AWFisher (3)

B

BaalChIP (73)
BAC (77)
bacon (130)
BADER (79)
BadRegionFinder (72)
BAGS (74)
ballgown (940)
bamsignals (440)
BANDITS (17)
banocc (72)
basecallQC (79)
BaseSpaceR (94)
Basic4Cseq (118)
BASiCS (154)
BasicSTARRseq (74)
batchelor (105)
BatchQC (123)
BayesKnockdown (67)
BayesPeak (120)
bayNorm (76)
baySeq (513)
BBCAnalyzer (74)
BCRANK (101)
bcSeq (98)
BDMMAcorrect (67)
beachmat (2303)
beadarray (699)
beadarraySNP (91)
beaddatapackr (0)
BeadDataPackR (684)
BeadExplorer (0)
BEARscc (94)
BEAT (88)
BEclear (87)
betr (8)
bgafun (75)
BgeeDB (111)
BGmix (53)
bgx (79)
BHC (169)
BicARE (122)
BiFET (96)
BiGGR (85)
BigMatrix (0)
bigmelon (79)
bigmemoryExtras (70)
bigPint (20)
bim (1)
bioassayR (121)
biobase (0)
Biobase (26168)
biobroom (183)
bioCancer (103)
BiocCaseStudies (83)
BiocCheck (291)
biocDatasets (0)
BiocFileCache (1589)
BiocGenerics (29818)
biocGraph (252)
biocinstaller (0)
Biocinstaller (0)
BiocInstaller (21858)
biocLite (0)
BiocNeighbors (1220)
BiocOncoTK (102)
Bioconductor (0)
BioCor (105)
BiocParallel (21366)
BiocPkgTools (91)
BiocSingular (638)
BiocSklearn (70)
BiocStyle (2131)
BiocVersion (22823)
biocViews (1922)
BiocWorkflowTools (90)
bioDist (246)
biomaRt (12715)
BioMedR (3)
biomformat (2850)
BioMM (17)
BioMVCClass (72)
biomvRCNS (71)
BioNet (264)
bionet (0)
BioNetStat (79)
BioQC (106)
BioSeqClass (153)
biosigner (89)
biostrings (0)
Biostrings (17721)
BiostringsCinterfaceDemo (0)
biosvd (75)
BioTIP (0)
biotmle (73)
biovizBase (3797)
BiRewire (100)
birta (80)
birte (60)
BiSeq (143)
BitSeq (154)
blima (73)
BLMA (78)
bnbc (67)
BPRMeth (84)
BRAIN (189)
brainImageR (36)
BrainStars (74)
branchpointer (67)
breakpointR (37)
brendaDb (2)
bridge (75)
BridgeDbR (94)
BrowserViz (106)
BrowserVizDemo (24)
BSgenome (6554)
bsseq (883)
BubbleTree (75)
BufferedMatrix (83)
BufferedMatrixMethods (78)
BUMHMM (98)
bumphunter (1899)
BUS (75)
BUScorrect (35)
BUSpaRse (4)
BuxcoR (0)

C

CAFE (68)
CAGEfightR (73)
CAGEr (129)
CALIB (85)
calm (1)
CAMERA (561)
CAMTHC (45)
canceR (87)
cancerclass (80)
CancerInSilico (72)
CancerMutationAnalysis (82)
CancerSubtypes (137)
CAnD (69)
caOmicsV (75)
Cardinal (170)
casper (107)
CATALYST (232)
Category (2952)
categoryCompare (76)
CausalR (90)
cbaf (86)
ccfindR (104)
ccmap (94)
CCPROMISE (67)
ccrepe (89)
celaref (77)
celda (24)
cellbaseR (78)
CellBench (19)
cellGrowth (81)
cellHTS (5)
cellHTS2 (249)
cellity (112)
CellMapper (74)
CellMixS (16)
CellNOptR (155)
cellscape (83)
CellScore (60)
CellTrails (71)
cellTree (124)
CEMiTool (205)
CexoR (74)
CFAssay (81)
CGEN (109)
CGHbase (252)
CGHcall (230)
cghMCR (91)
CGHnormaliter (70)
CGHregions (84)
ChAMP (544)
CHARGE (59)
charm (82)
ChemmineOB (216)
ChemmineR (445)
chemminer (0)
CHETAH (29)
ChIC (55)
Chicago (104)
chimera (91)
chimeraviz (139)
ChIPanalyser (62)
ChIPComp (77)
chipenrich (136)
ChIPexoQual (68)
ChIPpeakAnno (853)
ChIPQC (282)
ChIPseeker (1031)
chipseq (483)
ChIPseqR (145)
ChIPSeqSpike (100)
ChIPsim (146)
ChIPXpress (59)
chopsticks (145)
chroGPS (73)
chromDraw (75)
ChromHeatMap (85)
ChromoViz (1)
chromPlot (114)
chromstaR (98)
chromswitch (79)
chromVAR (190)
CHRONOS (89)
cicero (133)
CINdex (72)
circRNAprofiler (3)
cisPath (82)
ClassifyR (109)
cleanUpdTSeq (83)
cleaver (183)
clippda (82)
clipper (101)
Clomial (76)
Clonality (78)
clonotypeR (72)
clst (80)
clstutils (74)
CluMSID (27)
clustComp (72)
clusterExperiment (386)
ClusterJudge (61)
clusterProfiler (4686)
clusterprofiler (0)
clusterSeq (68)
ClusterSignificance (70)
clusterStab (150)
CMA (142)
cn.farms (76)
cn.mops (198)
CNAnorm (84)
cnanorm (0)
CNEr (499)
CNORdt (95)
CNORfeeder (108)
CNORfuzzy (74)
CNORode (133)
CNPBayes (68)
CNTools (188)
cnvGSA (76)
CNVPanelizer (88)
CNVRanger (24)
CNVrd2 (74)
CNVtools (92)
cnvtools (0)
cobindR (75)
CoCiteStats (78)
COCOA (59)
codelink (82)
CODEX (169)
coexnet (74)
CoGAPS (138)
cogena (100)
coGPS (72)
COHCAP (91)
cola (17)
coMET (98)
compartmap (65)
COMPASS (121)
compcodeR (125)
compEpiTools (88)
CompGO (88)
ComplexHeatmap (3936)
condcomp (31)
CONFESS (64)
consensus (53)
ConsensusClusterPlus (2272)
consensusDE (71)
consensusOV (69)
consensusSeekeR (73)
contiBAIT (94)
conumee (118)
convert (167)
copa (82)
COPDSexualDimorphism (1)
copynumber (294)
CopyNumber450k (3)
CopyNumberPlots (16)
CopywriteR (144)
coRdon (79)
CoRegFlux (14)
CoRegNet (94)
Cormotif (71)
CorMut (81)
coRNAi (8)
CORREP (71)
coseq (127)
cosmiq (75)
cosmo (2)
cosmoGUI (1)
COSNet (69)
CountClust (135)
countsimQC (69)
covEB (91)
CoverageView (123)
covRNA (66)
cpvSNP (72)
cqn (239)
CRImage (97)
CRISPRseek (144)
crisprseekplus (66)
CrispRVariants (133)
crlmm (164)
CrossICC (1)
crossmeta (89)
CSAR (152)
csaw (272)
CSSP (74)
ctc (302)
CTDquerier (62)
cTRAP (40)
ctsGE (110)
cummeRbund (688)
cummerbund (0)
customProDB (150)
CVE (75)
cycle (74)
cydar (130)
CytoDx (67)
cytofast (23)
cytofkit (178)
cytolib (535)
CytoML (144)

D

dada2 (1345)
dagLogo (68)
daMA (70)
DaMiRseq (93)
DAPAR (138)
DART (77)
DASC (5)
DASiR (3)
DAVIDQuery (4)
DBChIP (110)
dcanr (18)
dcGSA (94)
DChIPRep (70)
ddCt (137)
ddgraph (10)
DDiGGER (0)
ddPCRclust (59)
debCAM (1)
debrowser (227)
DECIPHER (1037)
deco (25)
DEComplexDisease (61)
decompTumor2Sig (23)
DeconRNASeq (153)
decontam (147)
DEDS (116)
DeepBlueR (98)
deepSNV (113)
DEFormats (235)
DEGraph (73)
DEGreport (257)
DEGseq (320)
DelayedArray (16522)
DelayedDataFrame (25)
DelayedMatrixStats (3344)
deltaCaptureC (1)
deltaGseg (73)
DeMAND (74)
DeMixT (25)
DEP (257)
DepecheR (17)
DEqMS (78)
derfinder (439)
derfinderHelper (406)
derfinderPlot (105)
DEScan2 (91)
deseq (0)
DESeq (4026)
DESeq2 (10369)
DEsingle (119)
destiny (822)
DEsubs (76)
DEXSeq (728)
dexus (90)
DFP (72)
DiffBind (690)
diffcoexp (67)
diffcyt (169)
diffgeneanalysis (0)
diffGeneAnalysis (71)
diffHic (104)
DiffLogo (79)
diffloop (119)
diffuStats (75)
diggit (75)
Director (64)
DirichletMultinomial (624)
discordant (98)
DiscoRhythm (15)
divergence (16)
dks (69)
DMCFB (0)
DMCHMM (66)
DMRcaller (141)
DMRcate (596)
DMRforPairs (69)
DMRScan (67)
dmrseq (140)
DNABarcodeCompatibility (19)
DNABarcodes (125)
DNAcopy (2410)
DNaseR (1)
DNAshapeR (101)
domainsignatures (13)
DominoEffect (70)
doppelgangR (86)
DOQTL (83)
Doscheda (94)
DOSE (5025)
doseR (17)
drawProteins (92)
DRIMSeq (272)
DriverNet (85)
DropletUtils (585)
DrugVsDisease (74)
dSimer (65)
DSS (776)
DTA (72)
dualKS (69)
DupChecker (71)
dupRadar (108)
dyebias (73)
DynDoc (601)
dyndoc (0)

E

EasyqpcR (124)
easyrnaseq (0)
easyRNASeq (175)
EBarrays (148)
EBcoexpress (77)
EBImage (1996)
EBSEA (66)
EBSeq (570)
EBSeqHMM (129)
ecolitk (74)
EDASeq (2449)
edd (1)
EDDA (91)
edge (129)
edger (0)
edgeR (11640)
eegc (67)
EGAD (77)
EGSEA (255)
eiR (72)
eisa (90)
ELBOW (74)
ELMER (388)
EMDomics (75)
EmpiricalBrownsMethod (99)
ENCODExplorer (102)
EnhancedVolcano (581)
ENmix (165)
EnrichedHeatmap (155)
EnrichmentBrowser (302)
enrichplot (4015)
enrichTF (15)
ensembldb (5330)
ensemblVEP (148)
ENVISIONQuery (74)
EpiCluster (0)
EpiDISH (125)
epigenomix (79)
epihet (18)
epiNEM (67)
epivizr (98)
epivizrChart (62)
epivizrData (98)
epivizrServer (98)
epivizrStandalone (80)
erccdashboard (120)
erma (222)
ERSSA (66)
esATAC (219)
esetVis (81)
eudysbiome (67)
evaluomeR (14)
EventPointer (78)
EWCE (5)
ExCluster (59)
ExiMiR (74)
exomeCopy (261)
exomecopy (0)
exomePeak (121)
exonfindR (0)
exonmap (1)
ExperimentHub (1175)
ExperimentHubData (82)
explorase (52)
ExpressionAtlas (96)
ExpressionView (75)
exprExternal (0)
externalVector (1)

F

fabia (142)
facopy (31)
factDesign (78)
FamAgg (96)
farms (80)
fastLiquidAssociation (71)
FastqCleaner (48)
fastseg (661)
fbat (1)
FCBF (56)
fCCAC (67)
fCI (77)
fcScan (2)
fdrame (75)
FELLA (96)
FEM (424)
ffpe (80)
FGNet (125)
fgsea (4977)
FindMyFriends (99)
FISHalyseR (71)
fishpond (19)
FitHiC (87)
flagme (74)
flipflop (73)
flowAI (247)
flowBeads (100)
flowBin (101)
flowcatchR (69)
flowCHIC (101)
flowCL (143)
flowClean (148)
flowClust (386)
flowCore (1567)
flowCyBar (73)
flowDensity (190)
flowFit (75)
flowFlowJo (2)
flowFP (140)
flowMap (75)
flowMatch (104)
flowMeans (204)
flowMerge (112)
flowPeaks (148)
flowPhyto (1)
flowPloidy (73)
flowPlots (75)
flowq (0)
flowQ (32)
flowQB (67)
FlowRepositoryR (80)
FlowSOM (714)
flowSpecs (0)
flowStats (369)
flowTime (95)
flowTrans (121)
flowType (94)
flowUtils (727)
flowViz (724)
flowVS (81)
flowworkspace (0)
flowWorkspace (603)
fmcsR (182)
focalCall (67)
FoldGO (41)
FourCSeq (89)
FRGEpistasis (77)
frma (215)
frmaTools (79)
FunChIP (69)
FunciSNP (79)
funtooNorm (62)

G

GA4GHclient (66)
GA4GHshiny (62)
gaga (112)
gage (959)
gaggle (72)
gaia (181)
GAPGOM (16)
GAprediction (66)
garfield (71)
GARS (57)
GateFinder (92)
gaucho (30)
gcapc (68)
gcatest (69)
gCMAP (68)
gCMAPWeb (46)
gCrisprTools (108)
gcrma (1831)
GDCRNATools (276)
GDSArray (75)
gdsfmt (1174)
geecc (70)
GEM (72)
gemini (2)
genArise (75)
genbankr (142)
GENE.E (9)
gene2pathway (1)
GeneAccord (34)
GeneAnswers (127)
geneAttribution (67)
GeneBreak (68)
geneClassifiers (64)
GeneExpressionSignature (84)
genefilter (13263)
genefu (293)
GeneGA (66)
GeneGeneInteR (69)
GeneGroupAnalysis (1)
GeneMeta (103)
GeneNetworkBuilder (96)
GeneOverlap (246)
geneplast (69)
geneplotter (9985)
GeneR (1)
geneRecommender (74)
GeneRegionScan (71)
GeneRfold (1)
geneRxCluster (69)
GeneSelectMMD (77)
GeneSelector (75)
GENESIS (220)
GeneSpring (1)
GeneStructureTools (94)
geNetClassifier (109)
GeneticsBase (0)
GeneticsDesign (91)
GeneticsPed (133)
GeneTraffic (0)
GeneTS (1)
geneXtendeR (70)
GENIE3 (358)
genoCN (73)
GenoGAM (88)
genomation (341)
GenomeBase (1)
GenomeGraphs (229)
GenomeInfoDb (18784)
genomeinfodb (0)
genomeIntervals (232)
genomeintervals (0)
genomes (94)
GenomicAlignments (12959)
genomicalignments (0)
GenomicDataCommons (668)
GenomicFeatures (11999)
GenomicFiles (736)
GenomicInteractions (150)
GenomicOZone (2)
GenomicRanges (18731)
GenomicScores (286)
GenomicTuples (73)
Genominator (87)
genoset (171)
genotypeeval (69)
GenoView (3)
genphen (83)
GenRank (69)
GenVisR (342)
GEOmetadb (261)
GEOquery (5173)
GEOsearch (7)
GEOsubmission (71)
gep2pep (59)
gespeR (120)
GEWIST (66)
gff3Plotter (0)
GGBase (130)
ggbio (1817)
ggcyto (392)
GGtools (117)
ggtree (1832)
GIGSEA (33)
girafe (148)
GISPA (68)
GLAD (243)
GladiaTOX (11)
Glimma (930)
glmSparseNet (42)
GlobalAncova (315)
globalSeq (68)
globaltest (952)
gmapR (119)
GmicR (0)
GMRP (67)
GNET2 (14)
goCluster (0)
GOexpress (170)
GOfuncR (115)
GOFunction (89)
GoogleGenomics (54)
GOpro (71)
goProfiles (150)
goprofiles (0)
gosemsim (0)
GOSemSim (4429)
goseq (1102)
GOSim (127)
goSTAG (75)
gostats (0)
GOstats (2497)
GOsummaries (123)
GOTHiC (118)
goTools (105)
gotools (0)
gpart (61)
gpls (149)
gprege (70)
gpuMagic (5)
gQTLBase (208)
gQTLstats (245)
gramm4R (1)
graper (20)
graph (11744)
GraphAlignment (77)
GraphAT (72)
graphite (1389)
GraphPAC (80)
GRENITS (80)
GreyListChIP (75)
GRmetrics (137)
groHMM (85)
GRridge (73)
GSALightning (68)
GSAR (164)
GSCA (73)
GSEABase (4127)
gseabase (0)
GSEABenchmarkeR (93)
GSEAlm (136)
gsean (83)
GSReg (71)
GSRI (72)
GSVA (1136)
gtrellis (138)
GUIDEseq (104)
Guitar (116)
Gviz (3115)
gwascat (260)
GWASTools (376)
gwasurvivr (47)

H

h5vc (79)
hapFabia (73)
Harman (183)
Harshlight (69)
harshlight (0)
HCABrowser (16)
HCsnip (10)
HDF5Array (3778)
HDTD (69)
heatmaps (199)
Heatplus (581)
HelloRanges (98)
HELP (74)
HEM (70)
hexbin (3)
hiAnnotator (93)
HIBAG (106)
HiCBricks (34)
HiCcompare (107)
hicrep (92)
hierGWAS (74)
hierinf (32)
HilbertCurve (110)
HilbertVis (233)
HilbertVisGUI (56)
HiLDA (2)
hipathia (99)
hiReadsProcessor (64)
HIREewas (34)
HiTC (186)
hmdbQuery (79)
HMMcopy (194)
hopach (241)
HPAanalyze (42)
hpar (255)
HTqPCR (178)
HTSanalyzeR (180)
HTSeqGenie (45)
htseqtools (0)
htSeqTools (154)
HTSFilter (211)
HumanTranscriptomeCompendium (20)
HybridMTest (90)
hypeR (21)
hyperdraw (96)
hypergraph (137)

I

iASeq (68)
iasva (65)
iBBiG (120)
ibh (66)
iBMQ (60)
iCARE (75)
Icens (292)
icetea (62)
iCheck (69)
iChip (68)
iClusterPlus (169)
iCNV (81)
iCOBRA (117)
ideal (111)
ideogram (0)
IdeoViz (113)
idiogram (72)
IdMappingAnalysis (66)
IdMappingRetrieval (65)
idr2d (1)
iFlow (1)
iGC (68)
IgGeneUsage (2)
igvR (71)
IHW (718)
illuminaio (2517)
imageHTS (106)
IMAS (93)
Imetagene (62)
IMMAN (67)
ImmuneSpaceR (109)
immunoClust (73)
IMPCdata (64)
ImpulseDE (71)
ImpulseDE2 (143)
impute (6083)
INDEED (38)
infercnv (65)
InPAS (76)
INPower (66)
inSilicoDb (18)
inSilicoMerging (20)
insilicomerging (0)
INSPEcT (106)
InTAD (84)
intansv (76)
InteractionSet (322)
interactiveDisplay (158)
interactiveDisplayBase (2892)
IntEREst (104)
InterMineR (98)
IntramiRExploreR (59)
inversion (0)
inveRsion (71)
IONiseR (89)
iontree (11)
iPAC (85)
ipdDb (33)
IPO (147)
IPPD (146)
IRanges (26577)
IrisSpatialFeatures (24)
iSEE (214)
iSeq (74)
iSNetwork (0)
isobar (194)
IsoCorrectoR (45)
IsoCorrectoRGUI (24)
IsoformSwitchAnalyzeR (176)
IsoGeneGUI (70)
ISoLDE (65)
isomiRs (106)
iSPlot (0)
ITALICS (67)
iterativeBMA (79)
iterativebma (0)
iterativeBMAsurv (72)
iterClust (67)
iteremoval (58)
IVAS (104)
ivygapSE (62)
IWTomics (70)

J

JASPAR2018 (17)
jmosaics (4)
joda (67)
JunctionSeq (156)

K

karyoploteR (442)
KCsmart (69)
kebabs (140)
KEGGgraph (2889)
KEGGlincs (74)
keggorth (1)
keggorthology (92)
KEGGprofile (210)
KEGGREST (3611)
KEGGSOAP (3)
kimod (69)
KinSwingR (37)
kissDE (63)
kmknn (3)
KnowSeq (6)

L

lapmix (69)
LBE (111)
ldblock (115)
LEA (287)
LedPred (69)
les (74)
levi (34)
lfa (195)
limma (18583)
limmaGUI (110)
LINC (64)
LineagePulse (88)
Linnorm (166)
lionessR (0)
lipidr (16)
LiquidAssociation (74)
lmdme (76)
LMGene (83)
LOBSTAHS (79)
loci2path (57)
logicFS (193)
logitT (69)
Logolas (82)
lol (72)
LOLA (137)
LoomExperiment (75)
LowMACA (80)
LPE (91)
LPEadj (75)
lpNet (66)
lpsymphony (690)
LRBaseDbi (45)
lumi (1020)
LVSmiRNA (75)
LymphoSeq (83)

M

M3C (126)
M3D (76)
M3Drop (240)
maanova (93)
Maaslin2 (3)
macat (72)
maCorrPlot (71)
MACPET (57)
maDB (1)
madb (0)
made4 (362)
MADSEQ (71)
maftools (1184)
MAGeCKFlute (147)
maigesPack (76)
MAIT (117)
makecdfenv (167)
makePlatformDesign (1)
MANOR (68)
manta (104)
MantelCorr (68)
mAPKL (67)
maPredictDSC (70)
mapscape (68)
marray (1452)
martini (71)
maser (51)
maSigPro (291)
maskBAD (68)
MassArray (75)
massarray (0)
massiR (73)
MassSpecWavelet (1077)
MAST (675)
matchBox (67)
matchprobes (1)
Matrix (0)
MatrixRider (64)
matter (155)
MaxContrastProjection (92)
MBAmethyl (64)
MBASED (77)
MBCB (73)
mbkmeans (23)
mBPCR (68)
MBttest (63)
mcaGUI (67)
MCbiclust (102)
MCRestimate (74)
mCSEA (93)
mdgsa (87)
mdp (90)
mdqc (76)
MDTS (57)
MEAL (71)
MeasurementError.cor (66)
MEB (0)
MEDIPS (132)
MEDME (66)
MEIGOR (92)
Melissa (17)
mergemaid (0)
MergeMaid (108)
Mergeomics (77)
MeSHDbi (181)
meshes (92)
meshr (112)
MeSHSim (6)
messina (65)
metaArray (97)
metaarray (0)
Metab (81)
metabomxtr (108)
MetaboSignal (83)
metaCCA (75)
MetaCyto (88)
metagene (89)
metagene2 (13)
metagenomeFeatures (111)
metagenomeSeq (624)
MetaGxOvarian (3)
metahdep (68)
metaMS (122)
MetaNeighbor (108)
metaR (0)
metaSeq (83)
metaseqR (112)
metavizr (79)
MetaVolcanoR (8)
metaX (4)
MetCirc (76)
methimpute (71)
methInheritSim (66)
MethPed (92)
MethTargetedNGS (67)
methVisual (75)
methyAnalysis (130)
MethylAid (88)
methylGSA (78)
methylInheritance (66)
methylKit (545)
MethylMix (134)
methylMnM (72)
methylPipe (96)
MethylSeekR (96)
methylumi (1173)
methyvim (63)
MetID (31)
MetNet (67)
mfa (105)
Mfuzz (303)
mfuzz (0)
MGFM (74)
MGFR (106)
mgsa (96)
MiChip (68)
microbiome (513)
microbiomeDASim (1)
microRNA (153)
MIGSA (71)
mimager (63)
MIMOSA (91)
MineICA (82)
minet (591)
minfi (1938)
MinimumDistance (66)
MiPP (70)
MIRA (109)
MiRaGE (101)
miRBaseConverter (87)
miRcomp (66)
mirIntegrator (70)
miRLAB (83)
miRmine (62)
miRNAmeConverter (76)
miRNApath (84)
miRNAtap (132)
miRSM (35)
miRsponge (84)
miRspongeR (20)
Mirsynergy (70)
missMethyl (675)
missRows (56)
mitoODE (67)
mixOmics (1228)
MLInterfaces (402)
mlm4omics (29)
MLP (95)
MLSeq (180)
MMAPPR2 (4)
MMDiff (4)
MMDiff2 (68)
mmgmos (0)
mmnet (6)
MmPalateMiRNA (69)
mnem (15)
MODA (75)
Modstrings (17)
MOFA (35)
mogsa (79)
monocle (1675)
MoonlightR (77)
MoPS (67)
mosaics (113)
MOSim (1)
motifbreakR (94)
motifcounter (80)
MotifDb (331)
motifmatchr (277)
motifRG (121)
motifStack (439)
MotIV (455)
MPFE (66)
mpra (68)
MPRAnalyze (65)
mQTL.NMR (33)
msa (775)
msbase (0)
mscalib (0)
msgbsR (90)
MSGFgui (144)
MSGFplus (240)
msmsEDA (197)
msmsTests (159)
MSnbase (1571)
MSnID (218)
msPurity (121)
msQC (0)
MSstats (305)
MSstatsQC (74)
MSstatsQCgui (64)
MSstatsTMT (93)
mtbls2 (0)
MTseeker (34)
Mulcom (147)
MultiAssayExperiment (1015)
multiClust (115)
MultiDataSet (115)
multiHiCcompare (41)
MultiMed (69)
multiMiR (117)
multiOmicsViz (67)
multiscan (66)
multtest (6513)
muscat (2)
muscle (170)
MutationalPatterns (237)
MVCClass (71)
mvGST (9)
MWASTools (98)
mygene (360)
myvariant (97)
mzID (1436)
mzR (1656)

N

NADfinder (76)
NanoStringDiff (112)
NanoStringQCPro (103)
nanotatoR (14)
NarrowPeaks (80)
NBAMSeq (14)
NBSplice (66)
ncdfFlow (580)
ncGTW (2)
NCIgraph (75)
ndexr (105)
neaGUI (5)
NeighborNet (32)
nem (124)
netbenchmark (75)
netbiov (110)
netboost (15)
NetCRG (0)
nethet (77)
NetPathMiner (93)
netprioR (62)
netReg (72)
netresponse (79)
NetSAM (68)
netSmooth (68)
networkBMA (75)
NGScopy (70)
ngsReports (21)
nnNorm (68)
NOISeq (635)
nondetects (80)
normalize450K (62)
NormalyzerDE (59)
NormqPCR (285)
normr (79)
npGSEA (76)
NTW (65)
nucleoSim (64)
nucleR (94)
nucler (0)
nuCpos (32)
nudge (30)
NuPoP (75)

O

occugene (66)
OCplus (149)
odseq (64)
OGSA (66)
oligo (1675)
oligoClasses (1810)
OLIN (72)
OLINgui (68)
OmaDB (97)
omicade4 (101)
omiccircos (0)
OmicCircos (238)
omicplotR (92)
omicRexposome (93)
OmicsLonDA (20)
OmicsMarkeR (95)
OMICsPCA (36)
omicsPrint (72)
Onassis (71)
oncomix (64)
OncoScore (67)
OncoSimulR (80)
oneChannelGUI (14)
oneSENSE (86)
onlineFDR (32)
ontoCAT (14)
ontoProc (77)
ontoTools (1)
openCyto (323)
openPrimeR (93)
openPrimeRui (67)
OperaMate (7)
oposSOM (95)
oppar (68)
OPWeight (99)
OrderedList (147)
ORFik (105)
Organism.dplyr (331)
OrganismDbi (2339)
OSAT (84)
Oscope (107)
OTUbase (74)
OutlierD (89)
OUTRIDER (78)
OVESEG (17)

P

PAA (89)
PADOG (235)
PAIRADISE (17)
paircompviz (74)
pairseqsim (0)
pamr (3)
PAN (0)
pandaR (89)
panelcn.mops (75)
PAnnBuilder (34)
panp (79)
PANR (87)
PanVizGenerator (73)
PAPi (110)
parglms (64)
parody (100)
PAST (17)
Path2PPI (82)
pathifier (224)
PathNet (78)
PathoStat (80)
pathprint (64)
pathRender (71)
pathVar (69)
pathview (2971)
pathwayPCA (25)
PathwaySplice (98)
PatientGeneSets (1)
paxtoolsr (116)
Pbase (80)
pbcmc (29)
pcaExplorer (355)
pcaGoPromoter (116)
pcaMethods (2763)
PCAN (66)
PCAtools (65)
pcot2 (139)
PCpheno (72)
pcxn (63)
pdInfoBuilder (137)
pdmclass (10)
peakPantheR (0)
PECA (81)
PepsNMR (67)
pepStat (73)
pepXMLTab (77)
perturbatr (59)
PGA (79)
pgca (68)
PGSEA (243)
pgUtils (1)
phantasus (68)
PharmacoGx (159)
phemd (20)
phenoDist (30)
phenopath (96)
phenoTest (120)
PhenStat (86)
philr (126)
phosphonormalizer (68)
PhyloProfile (2)
phyloseq (3113)
Pi (76)
piano (332)
pickgene (67)
PICS (149)
Pigengene (118)
PING (68)
pint (69)
pipeFrame (16)
pkgDepTools (90)
plateCore (78)
plethy (68)
plgem (125)
plier (223)
plotGrouper (40)
PLPE (73)
plrs (67)
plw (69)
plyranges (203)
pmm (64)
podkat (71)
pogos (89)
polyester (147)
Polyfit (83)
POST (61)
PoTRA (14)
PowerExplorer (66)
powerTCR (61)
PPInfer (78)
ppiStats (86)
pqsfinder (94)
prada (299)
pram (15)
prebs (99)
PrecisionTrialDrawer (21)
PREDA (91)
predictionet (51)
preprocessCore (9694)
primirTSS (34)
PrInCE (18)
Prize (70)
proBAMr (102)
proBatch (21)
PROcess (157)
procoil (75)
ProCoNA (32)
proDA (2)
proFIA (73)
profileplyr (16)
profileScoreDist (60)
progeny (120)
projectR (20)
pRoloc (324)
pRolocGUI (88)
PROMISE (70)
PROPER (106)
PROPS (61)
Prostar (123)
prot2D (55)
proteinProfiles (66)
ProteomicsAnnotationHubData (68)
ProteoMM (66)
proteoQC (72)
ProtGenerics (5110)
PSEA (73)
psichomics (119)
PSICQUIC (99)
psygenet2r (72)
pulsedSilac (0)
puma (149)
PureCN (143)
pvac (72)
pvca (183)
Pviz (85)
PWMEnrich (122)
pwOmics (72)
pwrEWAS (0)
pxr (0)

Q

qckitfastq (16)
qcmetrics (114)
QDNAseq (211)
qpcrNorm (80)
qpgraph (157)
qPLEXanalyzer (50)
qrqc (167)
qsea (74)
qsmooth (20)
QSutils (40)
qtbase (0)
Qtlizer (1)
qtpaint (0)
QUALIFIER (108)
quantro (119)
quantsmooth (403)
QuartPAC (71)
QuasR (295)
QuaternaryProd (82)
QUBIC (115)
qusage (274)
qvalue (7005)

R

R3CPET (65)
r3Cseq (139)
R453Plus1Toolbox (74)
R4RNA (72)
RaggedExperiment (530)
rain (98)
rama (75)
ramigo (0)
RamiGO (49)
ramwas (76)
RandomWalkRestartMH (68)
randPack (74)
RankProd (394)
RareVariantVis (68)
Rariant (66)
RbcBook1 (85)
RBGL (7350)
RBioinf (84)
rbioinf (0)
rBiopaxParser (157)
RBM (66)
Rbowtie (305)
Rbowtie2 (195)
rbsurv (105)
Rcade (92)
RCAS (77)
RCASPAR (75)
rcellminer (84)
rCGH (91)
Rchemcpp (115)
RchyOptimyx (75)
RcisTarget (314)
RCM (20)
RConferoMapping (0)
Rcpi (156)
Rcwl (24)
RcwlPipelines (16)
RCy3 (471)
RCyjs (80)
RCytoscape (41)
RDAVIDWebService (397)
Rdbi (2)
RdbiPgSQL (0)
rDGIdb (77)
Rdisop (303)
RDRToolbox (164)
ReactomeGSA (0)
ReactomePA (1039)
readat (103)
ReadqPCR (290)
reb (65)
REBET (30)
recount (392)
recoup (96)
RedeR (160)
REDseq (129)
RefNet (66)
RefPlus (71)
regioneR (1146)
regionReport (151)
regsplice (96)
REMP (77)
Repitools (244)
ReportingTools (1066)
reposTools (1)
RepViz (13)
ReQON (68)
Resourcerer (1)
restfulSE (123)
rexposome (68)
rfcdmin (1)
rflowcyt (1)
rfPred (68)
rGADEM (552)
RGalaxy (75)
Rgin (62)
RGMQL (60)
RGraph2js (64)
Rgraphviz (6669)
rGREAT (177)
RGSEA (117)
rgsepd (104)
rhdf5 (8042)
rhdf5client (130)
Rhdf5lib (8898)
Rhisat2 (80)
Rhtslib (4568)
rHVDM (62)
RiboProfiling (98)
riboSeq (0)
riboSeqR (89)
RImmPort (69)
Ringo (278)
Rintact (1)
RIPSeeker (123)
Risa (71)
RITAN (81)
RIVER (68)
RJMCMCNucleosomes (67)
RLMM (68)
RMAGEML (1)
Rmagpie (72)
RMAPPER (1)
RMassBank (102)
rMAT (76)
rmelting (16)
RmiR (69)
rmir (0)
Rmmquant (61)
RNAdecay (57)
RNAinteract (97)
RNAither (97)
rnaither (0)
RNAmodR (5)
RNAmodR.AlkAnilineSeq (4)
RNAmodR.ML (4)
RNAmodR.RiboMethSeq (4)
RNAprobR (66)
rnaseqcomp (71)
RnaSeqGeneEdgeRQL (7)
rnaSeqMap (106)
RNASeqPower (161)
RNASeqR (39)
RnaSeqSampleSize (130)
RnBeads (283)
Rnits (71)
roar (85)
ROC (940)
Roleswitch (86)
Rolexa (3)
rols (306)
roma (0)
ROntoTools (99)
ropls (473)
ROTS (197)
RPA (94)
RProtoBufLib (484)
RpsiXML (99)
rpx (322)
Rqc (124)
rqt (66)
rqubic (110)
rRDP (102)
Rredland (1)
RRHO (93)
Rsamtools (13566)
rsbml (111)
rScudo (24)
RSeqAn (62)
rSFFreader (51)
RSNPper (1)
Rsubread (1315)
RSVSim (86)
rTANDEM (181)
RTCA (101)
RTCGA (568)
RTCGAToolbox (481)
RTN (159)
RTNduals (88)
RTNsurvival (84)
RTools4TB (1)
RTopper (72)
rtracklayer (12902)
Rtreemix (70)
rTRM (80)
rTRMui (65)
runibic (92)
Ruuid (1)
RUVcorr (80)
RUVnormalize (81)
RUVSeq (881)
RVS (93)
RWebServices (2)
rWikiPathways (148)

S

S4Vectors (25789)
safe (418)
SAGElyzer (0)
sagenhaft (71)
SAGx (176)
samExploreR (83)
sampleClassifier (91)
SamSPECTRAL (136)
sangerseqR (246)
SANTA (78)
sapFinder (71)
saps (3)
savR (95)
SBGNview (5)
sbgr (2)
SBMLR (80)
SC3 (544)
Scale4C (59)
scAlign (16)
SCAN.UPC (163)
SCANVIS (3)
scater (2093)
scBFA (2)
SCBN (34)
scDD (173)
scde (395)
scds (19)
scFeatureFilter (55)
scfind (120)
scGPS (3)
ScISI (90)
scmap (212)
scMerge (33)
scmeth (88)
SCnorm (214)
scone (192)
Sconify (97)
scoreInvHap (57)
scPipe (131)
scran (1373)
scRecover (20)
scruff (52)
scsR (65)
scTensor (30)
SDAMS (92)
segmentSeq (134)
SELEX (76)
SemDist (64)
semisup (61)
SemSim (1)
SEPA (64)
SEPIRA (58)
seq2pathway (80)
SeqArray (440)
seqbias (83)
seqCAT (97)
seqCNA (77)
seqcombo (101)
SeqGSEA (226)
seqLogo (1207)
Seqnames (0)
seqPattern (336)
seqplots (164)
seqsetvis (89)
SeqSQC (63)
seqTools (119)
SeqVarTools (358)
sesame (609)
SEtools (1)
sevenbridges (114)
sevenC (62)
SGSeq (210)
SharedObject (1)
shinyMethyl (136)
shinyTANDEM (81)
ShortRead (4912)
shortread (0)
SIAMCAT (101)
SICtools (49)
sidap (0)
sigaR (84)
SigCheck (74)
sigFeature (54)
SigFuge (65)
siggenes (1926)
sights (103)
signeR (106)
signet (64)
sigPathway (159)
SigsPack (2)
sigsquared (62)
SIM (70)
SIMAT (101)
SimBindProfiles (66)
SIMD (32)
similaRpeak (67)
SIMLR (132)
simpleaffy (735)
simulatorAPMS (0)
simulatorZ (68)
sincell (87)
SingleCellExperiment (2830)
singleCellTK (99)
SingleR (24)
singscore (271)
SISPA (69)
sitePath (13)
sizepower (83)
SJava (3)
skewr (62)
slalom (89)
SLGI (74)
slingshot (250)
slinky (62)
SLqPCR (85)
SMAD (20)
SMAP (68)
SMITE (104)
SNAData (0)
SNAGEE (67)
snapCGH (85)
snm (152)
snpAssoc (0)
SNPchip (244)
SNPediaR (72)
SNPhood (62)
snpMatrix (3)
snpMatrix2 (0)
SNPRelate (964)
snpStats (1273)
soGGi (130)
sojourner (1)
SomatiCA (6)
SomaticSignatures (213)
SpacePAC (77)
spade (16)
Spaniel (0)
sparseDOSSA (64)
sparsenetgls (38)
SparseSignatures (63)
SpatialCPie (14)
specL (73)
SpeCond (134)
SpectralTAD (16)
SPEM (90)
SPIA (528)
SpidermiR (125)
spikeLI (64)
spkTools (67)
splatter (271)
splicegear (66)
spliceR (50)
spliceSites (70)
SplicingGraphs (161)
splineTCDiffExpr (1)
splineTimeR (71)
SPLINTER (96)
splots (216)
SPONGE (65)
spotSegmentation (65)
SQLDataFrame (9)
SQUADD (64)
sRACIPE (13)
SRAdb (503)
sRAP (72)
SRGnet (61)
srnadiff (86)
sscore (69)
sscu (65)
sSeq (214)
ssize (107)
SSPA (344)
ssrch (22)
ssviz (99)
stageR (105)
stam (1)
STAN (102)
staRank (79)
StarBioTrek (68)
Starr (73)
STATegRa (76)
statTarget (134)
stepNorm (67)
stepwiseCM (6)
strandCheckR (31)
Streamer (88)
STRINGdb (488)
STROMA4 (90)
Structstrings (15)
StructuralVariantAnnotation (23)
SubCellBarCode (15)
subSeq (122)
SummarizedBenchmark (92)
SummarizedExperiment (17276)
supraHex (300)
survcomp (566)
survtype (15)
Sushi (314)
sva (4635)
SVAPLSseq (77)
SVM2CRM (59)
SWATH2stats (93)
SwathXtend (65)
swfdr (65)
SwimR (67)
switchBox (82)
switchde (105)
synapter (148)
synergyfinder (132)
synlet (91)
SynMut (13)
systemPipeR (973)
systemPipeRdata (0)

T

TargetScore (80)
TargetSearch (101)
targetsearch (0)
TarSeqQC (74)
TCC (256)
TCGAbiolinks (1806)
TCGAbiolinksGUI (217)
TCGAutils (459)
TCseq (147)
TDARACNE (72)
tdaracne (0)
tenXplore (88)
TEQC (91)
ternarynet (66)
TFARM (58)
TFBSTools (516)
TFEA.ChIP (98)
TFHAZ (57)
TFutils (67)
tiger (0)
tigre (70)
tilingArray (109)
timecourse (98)
TimerQuant (0)
timescape (85)
TimeSeriesExperiment (74)
TIN (64)
TissueEnrich (100)
TitanCNA (127)
tkWidgets (576)
TMixClust (80)
TNBC.CMS (12)
TnT (67)
TOAST (6)
tofsims (87)
ToPASeq (109)
topconfects (25)
topdownr (68)
topGO (2505)
topicmodels (0)
TPP (127)
TPP2D (16)
tracktables (97)
trackViewer (259)
transcriptogramer (69)
transcriptR (103)
transite (55)
tRanslatome (70)
TransView (101)
traseR (65)
treeio (1629)
TreeSummarizedExperiment (13)
trena (55)
TReNA (3)
Trendy (89)
triform (66)
trigger (67)
trio (99)
triplex (71)
tRNA (38)
tRNAdbImport (29)
tRNAscanImport (56)
TRONCO (103)
TSCAN (197)
tspair (76)
TSRchitect (74)
TSSi (67)
TTMap (58)
TurboNorm (66)
TVTB (68)
tweeDEseq (128)
twilight (154)
twoddpcr (68)
tximeta (124)
tximport (2422)
TxRegInfra (80)
TypeInfo (64)

U

Ularcirc (38)
UNDO (71)
unifiedWMWqPCR (66)
UniProt.ws (290)
Uniquorn (89)
universalmotif (78)
uSORT (92)

V

VanillaICE (95)
variancePartition (226)
VariantAnnotation (6231)
VariantExperiment (2)
VariantFiltering (78)
VariantTools (121)
vbmp (103)
VCFArray (25)
Vega (70)
VegaMC (65)
VennDetail (17)
vidger (132)
viper (246)
virtualArray (10)
ViSEAGO (5)
vsn (3326)
vtpnet (59)
vulcan (60)

W

wateRmelon (631)
wavClusteR (103)
waveTiling (65)
weaver (89)
webbioc (72)
widgetInvoke (1)
widgetTools (586)
wiggleplotr (113)
Wrench (161)

X

XBSeq (103)
XCIR (5)
xcms (1157)
XDE (68)
Xeva (15)
XINA (65)
xmapbridge (64)
xmapcore (1)
xps (84)
XVector (19853)
xvector (0)

Y

y2hStat (1)
yamss (72)
YAPSA (93)
yaqcaffy (93)
yarn (100)

Z

zFPKM (132)
zinbwave (587)
zlibbioc (21723)