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### Running command:
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###   chmod a+r TNBC.CMS -R && F:\biocbuild\bbs-3.19-bioc\R\bin\R.exe CMD build --keep-empty-dirs --no-resave-data TNBC.CMS
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* checking for file 'TNBC.CMS/DESCRIPTION' ... OK
* preparing 'TNBC.CMS':
* checking DESCRIPTION meta-information ... OK
* installing the package to build vignettes
* creating vignettes ... ERROR
--- re-building 'TNBC.CMS.rnw' using knitr

Quitting from lines 212-215 [gsa] (TNBC.CMS.rnw)
Error: processing vignette 'TNBC.CMS.rnw' failed with diagnostics:
Calling gsva(expr=., gset.idx.list=., method=., ...) is defunct; use a method-specific parameter object (see '?gsva').
--- failed re-building 'TNBC.CMS.rnw'

SUMMARY: processing the following file failed:
  'TNBC.CMS.rnw'

Error: Vignette re-building failed.
Execution halted