############################################################################## ############################################################################## ### ### Running command: ### ### /home/biocbuild/R/R/bin/R CMD build --keep-empty-dirs --no-resave-data COTAN ### ############################################################################## ############################################################################## * checking for file ‘COTAN/DESCRIPTION’ ... OK * preparing ‘COTAN’: * checking DESCRIPTION meta-information ... OK * installing the package to build vignettes * creating vignettes ... ERROR --- re-building ‘Guided_tutorial_v2.Rmd’ using rmarkdown Quitting from lines 48-64 [unnamed-chunk-3] (Guided_tutorial_v2.Rmd) Error: processing vignette 'Guided_tutorial_v2.Rmd' failed with diagnostics: cannot open the connection --- failed re-building ‘Guided_tutorial_v2.Rmd’ SUMMARY: processing the following file failed: ‘Guided_tutorial_v2.Rmd’ Error: Vignette re-building failed. Execution halted