Back to Multiple platform build/check report for BioC 3.11
[A]BCDEFGHIJKLMNOPQRSTUVWXYZ

BUILD report for ArrayExpress on celaya2

This page was generated on 2020-01-16 13:31:34 -0500 (Thu, 16 Jan 2020).

Package 77/1818HostnameOS / ArchINSTALLBUILDCHECKBUILD BIN
ArrayExpress 1.47.0
Suhaib Mohammed
Snapshot Date: 2020-01-15 16:46:30 -0500 (Wed, 15 Jan 2020)
URL: https://git.bioconductor.org/packages/ArrayExpress
Branch: master
Last Commit: 6e4ef41
Last Changed Date: 2019-10-29 13:34:51 -0500 (Tue, 29 Oct 2019)
malbec2 Linux (Ubuntu 18.04.3 LTS) / x86_64  OK  OK  OK UNNEEDED, same version exists in internal repository
tokay2 Windows Server 2012 R2 Standard / x64  OK  OK  ERROR  OK 
celaya2 OS X 10.11.6 El Capitan / x86_64  OK [ ERROR ] skipped  skipped 

Summary

Package: ArrayExpress
Version: 1.47.0
Command: /Library/Frameworks/R.framework/Versions/Current/Resources/bin/R CMD build --keep-empty-dirs --no-resave-data ArrayExpress
StartedAt: 2020-01-15 20:09:26 -0500 (Wed, 15 Jan 2020)
EndedAt: 2020-01-15 20:12:24 -0500 (Wed, 15 Jan 2020)
EllapsedTime: 177.8 seconds
RetCode: 1
Status:  ERROR 
PackageFile: None
PackageFileSize: NA

Command output

##############################################################################
##############################################################################
###
### Running command:
###
###   /Library/Frameworks/R.framework/Versions/Current/Resources/bin/R CMD build --keep-empty-dirs --no-resave-data ArrayExpress
###
##############################################################################
##############################################################################


* checking for file ‘ArrayExpress/DESCRIPTION’ ... OK
* preparing ‘ArrayExpress’:
* checking DESCRIPTION meta-information ... OK
* installing the package to build vignettes
* creating vignettes ... ERROR
--- re-building ‘ArrayExpress.Rnw’ using Sweave
Loading required package: Biobase
Loading required package: BiocGenerics
Loading required package: parallel

Attaching package: ‘BiocGenerics’

The following objects are masked from ‘package:parallel’:

    clusterApply, clusterApplyLB, clusterCall, clusterEvalQ,
    clusterExport, clusterMap, parApply, parCapply, parLapply,
    parLapplyLB, parRapply, parSapply, parSapplyLB

The following objects are masked from ‘package:stats’:

    IQR, mad, sd, var, xtabs

The following objects are masked from ‘package:base’:

    Filter, Find, Map, Position, Reduce, anyDuplicated, append,
    as.data.frame, basename, cbind, colnames, dirname, do.call,
    duplicated, eval, evalq, get, grep, grepl, intersect, is.unsorted,
    lapply, mapply, match, mget, order, paste, pmax, pmax.int, pmin,
    pmin.int, rank, rbind, rownames, sapply, setdiff, sort, table,
    tapply, union, unique, unsplit, which, which.max, which.min

Welcome to Bioconductor

    Vignettes contain introductory material; view with
    'browseVignettes()'. To cite Bioconductor, see
    'citation("Biobase")', and for packages 'citation("pkgname")'.

No methods found in package ‘RSQLite’ for request: ‘dbListFields’ when loading ‘oligo’
  % Total    % Received % Xferd  Average Speed   Time    Time     Time  Current
                                 Dload  Upload   Total   Spent    Left  Speed

  0     0    0     0    0     0      0      0 --:--:-- --:--:-- --:--:--     0
  0     0    0     0    0     0      0      0 --:--:--  0:00:01 --:--:--     0
  0     0    0     0    0     0      0      0 --:--:--  0:00:02 --:--:--     0
  0     0    0     0    0     0      0      0 --:--:--  0:00:03 --:--:--     0
  0     0    0     0    0     0      0      0 --:--:--  0:00:04 --:--:--     0
  0     0    0     0    0     0      0      0 --:--:--  0:00:05 --:--:--     0
  0     0    0     0    0     0      0      0 --:--:--  0:00:06 --:--:--     0
  0     0    0     0    0     0      0      0 --:--:--  0:00:07 --:--:--     0
  0     0    0     0    0     0      0      0 --:--:--  0:00:08 --:--:--     0
  0     0    0     0    0     0      0      0 --:--:--  0:00:09 --:--:--     0
  0     0    0     0    0     0      0      0 --:--:--  0:00:10 --:--:--     0
  0     0    0     0    0     0      0      0 --:--:--  0:00:11 --:--:--     0
  0     0    0     0    0     0      0      0 --:--:--  0:00:12 --:--:--     0
  0     0    0     0    0     0      0      0 --:--:--  0:00:13 --:--:--     0
  0     0    0     0    0     0      0      0 --:--:--  0:00:14 --:--:--     0
  0     0    0     0    0     0      0      0 --:--:--  0:00:15 --:--:--     0
  0     0    0     0    0     0      0      0 --:--:--  0:00:16 --:--:--     0
  0     0    0     0    0     0      0      0 --:--:--  0:00:17 --:--:--     0
  0     0    0     0    0     0      0      0 --:--:--  0:00:18 --:--:--     0
  0     0    0     0    0     0      0      0 --:--:--  0:00:19 --:--:--     0
  0     0    0     0    0     0      0      0 --:--:--  0:00:20 --:--:--     0
  0     0    0     0    0     0      0      0 --:--:--  0:00:21 --:--:--     0
  0     0    0     0    0     0      0      0 --:--:--  0:00:22 --:--:--     0
  0     0    0     0    0     0      0      0 --:--:--  0:00:23 --:--:--     0
  0     0    0     0    0     0      0      0 --:--:--  0:00:24 --:--:--     0
  0     0    0     0    0     0      0      0 --:--:--  0:00:25 --:--:--     0
  0     0    0     0    0     0      0      0 --:--:--  0:00:26 --:--:--     0
  0     0    0     0    0     0      0      0 --:--:--  0:00:27 --:--:--     0
  0     0    0     0    0     0      0      0 --:--:--  0:00:28 --:--:--     0
  0     0    0     0    0     0      0      0 --:--:--  0:00:29 --:--:--     0
  0     0    0     0    0     0      0      0 --:--:--  0:00:30 --:--:--     0
  0     0    0     0    0     0      0      0 --:--:--  0:00:31 --:--:--     0
  0     0    0     0    0     0      0      0 --:--:--  0:00:32 --:--:--     0
  0     0    0     0    0     0      0      0 --:--:--  0:00:33 --:--:--     0
  0     0    0     0    0     0      0      0 --:--:--  0:00:34 --:--:--     0
  0     0    0     0    0     0      0      0 --:--:--  0:00:35 --:--:--     0
  0     0    0     0    0     0      0      0 --:--:--  0:00:36 --:--:--     0
  0     0    0     0    0     0      0      0 --:--:--  0:00:37 --:--:--     0
  0     0    0     0    0     0      0      0 --:--:--  0:00:38 --:--:--     0
  0     0    0     0    0     0      0      0 --:--:--  0:00:39 --:--:--     0
  0     0    0     0    0     0      0      0 --:--:--  0:00:40 --:--:--     0
  0     0    0     0    0     0      0      0 --:--:--  0:00:41 --:--:--     0
  0     0    0     0    0     0      0      0 --:--:--  0:00:42 --:--:--     0
  0     0    0     0    0     0      0      0 --:--:--  0:00:43 --:--:--     0
  0     0    0     0    0     0      0      0 --:--:--  0:00:44 --:--:--     0
  0     0    0     0    0     0      0      0 --:--:--  0:00:45 --:--:--     0
  0     0    0     0    0     0      0      0 --:--:--  0:00:46 --:--:--     0
  0     0    0     0    0     0      0      0 --:--:--  0:00:47 --:--:--     0
  0     0    0     0    0     0      0      0 --:--:--  0:00:48 --:--:--     0
  0     0    0     0    0     0      0      0 --:--:--  0:00:49 --:--:--     0
  0     0    0     0    0     0      0      0 --:--:--  0:00:50 --:--:--     0
  0     0    0     0    0     0      0      0 --:--:--  0:00:51 --:--:--     0
  0     0    0     0    0     0      0      0 --:--:--  0:00:52 --:--:--     0
  0     0    0     0    0     0      0      0 --:--:--  0:00:53 --:--:--     0
  0     0    0     0    0     0      0      0 --:--:--  0:00:54 --:--:--     0
  0     0    0     0    0     0      0      0 --:--:--  0:00:55 --:--:--     0
  0     0    0     0    0     0      0      0 --:--:--  0:00:56 --:--:--     0
  0     0    0     0    0     0      0      0 --:--:--  0:00:57 --:--:--     0
  0     0    0     0    0     0      0      0 --:--:--  0:00:58 --:--:--     0
  0     0    0     0    0     0      0      0 --:--:--  0:01:00 --:--:--     0
  0     0    0     0    0     0      0      0 --:--:--  0:01:01 --:--:--     0
  0     0    0     0    0     0      0      0 --:--:--  0:01:02 --:--:--     0
  0     0    0     0    0     0      0      0 --:--:--  0:01:03 --:--:--     0
  0     0    0     0    0     0      0      0 --:--:--  0:01:04 --:--:--     0
  0     0    0     0    0     0      0      0 --:--:--  0:01:05 --:--:--     0
  0     0    0     0    0     0      0      0 --:--:--  0:01:06 --:--:--     0
  0     0    0     0    0     0      0      0 --:--:--  0:01:07 --:--:--     0
  0     0    0     0    0     0      0      0 --:--:--  0:01:08 --:--:--     0
  0     0    0     0    0     0      0      0 --:--:--  0:01:09 --:--:--     0
  0     0    0     0    0     0      0      0 --:--:--  0:01:10 --:--:--     0
  0     0    0     0    0     0      0      0 --:--:--  0:01:11 --:--:--     0
  0     0    0     0    0     0      0      0 --:--:--  0:01:12 --:--:--     0
  0     0    0     0    0     0      0      0 --:--:--  0:01:13 --:--:--     0
  0     0    0     0    0     0      0      0 --:--:--  0:01:14 --:--:--     0
  0     0    0     0    0     0      0      0 --:--:--  0:01:15 --:--:--     0
  0     0    0     0    0     0      0      0 --:--:--  0:01:16 --:--:--     0
  0     0    0     0    0     0      0      0 --:--:--  0:01:17 --:--:--     0
  0     0    0     0    0     0      0      0 --:--:--  0:01:18 --:--:--     0
  0     0    0     0    0     0      0      0 --:--:--  0:01:19 --:--:--     0
  0     0    0     0    0     0      0      0 --:--:--  0:01:20 --:--:--     0
  0     0    0     0    0     0      0      0 --:--:--  0:01:21 --:--:--     0
  0     0    0     0    0     0      0      0 --:--:--  0:01:22 --:--:--     0
  0     0    0     0    0     0      0      0 --:--:--  0:01:23 --:--:--     0
  0     0    0     0    0     0      0      0 --:--:--  0:01:24 --:--:--     0
  0     0    0     0    0     0      0      0 --:--:--  0:01:25 --:--:--     0
  0     0    0     0    0     0      0      0 --:--:--  0:01:26 --:--:--     0
  0     0    0     0    0     0      0      0 --:--:--  0:01:27 --:--:--     0
  0     0    0     0    0     0      0      0 --:--:--  0:01:28 --:--:--     0
  0     0    0     0    0     0      0      0 --:--:--  0:01:29 --:--:--     0
  0     0    0     0    0     0      0      0 --:--:--  0:01:30 --:--:--     0
  0     0    0     0    0     0      0      0 --:--:--  0:01:31 --:--:--     0
  0     0    0     0    0     0      0      0 --:--:--  0:01:32 --:--:--     0
  0     0    0     0    0     0      0      0 --:--:--  0:01:33 --:--:--     0
  0     0    0     0    0     0      0      0 --:--:--  0:01:34 --:--:--     0
  0     0    0     0    0     0      0      0 --:--:--  0:01:35 --:--:--     0
  0     0    0     0    0     0      0      0 --:--:--  0:01:36 --:--:--     0
  0     0    0     0    0     0      0      0 --:--:--  0:01:37 --:--:--     0
  0     0    0     0    0     0      0      0 --:--:--  0:01:38 --:--:--     0
  0     0    0     0    0     0      0      0 --:--:--  0:01:39 --:--:--     0
  0     0    0     0    0     0      0      0 --:--:--  0:01:40 --:--:--     0
  0     0    0     0    0     0      0      0 --:--:--  0:01:41 --:--:--     0
  0     0    0     0    0     0      0      0 --:--:--  0:01:42 --:--:--     0
  0     0    0     0    0     0      0      0 --:--:--  0:01:43 --:--:--     0
  0     0    0     0    0     0      0      0 --:--:--  0:01:44 --:--:--     0
  0     0    0     0    0     0      0      0 --:--:--  0:01:45 --:--:--     0
  0     0    0     0    0     0      0      0 --:--:--  0:01:46 --:--:--     0
  0     0    0     0    0     0      0      0 --:--:--  0:01:47 --:--:--     0
  0     0    0     0    0     0      0      0 --:--:--  0:01:48 --:--:--     0
  0     0    0     0    0     0      0      0 --:--:--  0:01:49 --:--:--     0
  0     0    0     0    0     0      0      0 --:--:--  0:01:50 --:--:--     0
  0     0    0     0    0     0      0      0 --:--:--  0:01:51 --:--:--     0
  0     0    0     0    0     0      0      0 --:--:--  0:01:52 --:--:--     0
  0     0    0     0    0     0      0      0 --:--:--  0:01:53 --:--:--     0
  0     0    0     0    0     0      0      0 --:--:--  0:01:54 --:--:--     0
  0     0    0     0    0     0      0      0 --:--:--  0:01:55 --:--:--     0
  0     0    0     0    0     0      0      0 --:--:--  0:01:56 --:--:--     0
  0     0    0     0    0     0      0      0 --:--:--  0:01:57 --:--:--     0
  0     0    0     0    0     0      0      0 --:--:--  0:01:58 --:--:--     0
  0     0    0     0    0     0      0      0 --:--:--  0:01:59 --:--:--     0
  0     0    0     0    0     0      0      0 --:--:--  0:02:00 --:--:--     0
  0     0    0     0    0     0      0      0 --:--:--  0:02:01 --:--:--     0
  0     0    0     0    0     0      0      0 --:--:--  0:02:02 --:--:--     0
  0     0    0     0    0     0      0      0 --:--:--  0:02:03 --:--:--     0
  0     0    0     0    0     0      0      0 --:--:--  0:02:04 --:--:--     0
  0     0    0     0    0     0      0      0 --:--:--  0:02:05 --:--:--     0
100 10633  100 10633    0     0     85      0  0:02:05  0:02:05 --:--:--  2850

Error: processing vignette 'ArrayExpress.Rnw' failed with diagnostics:
 chunk 1 (label = queryAE) 
Error : 1: StartTag: invalid element name
2: Extra content at the end of the document


--- failed re-building ‘ArrayExpress.Rnw’

SUMMARY: processing the following file failed:
  ‘ArrayExpress.Rnw’

Error: Vignette re-building failed.
Execution halted