BioC 2.12: BUILD BIN report for eiR on petty

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>>>>>>> INSTALLATION WITH 'R CMD INSTALL --preclean --no-multiarch --library=eiR.buildbin-libdir eiR_1.0.3.tar.gz'
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* installing *source* package 'eiR' ...
removing exploded boost header source...
rm -f libf2c.a *.o arith.h signal1.h sysdep1.h
untarring boost include tree...
** libs
llvm-g++-4.2 -arch x86_64 -I/Library/Frameworks/R.framework/Resources/include -DNDEBUG  -I/usr/local/include   -DNO_MAIN -Iinclude -I. -Itrimmed_boost_1_49_0 -fPIC  -mtune=core2 -g -O2  -c apost.cpp -o apost.o
llvm-g++-4.2 -arch x86_64 -I/Library/Frameworks/R.framework/Resources/include -DNDEBUG  -I/usr/local/include   -DNO_MAIN -Iinclude -I. -Itrimmed_boost_1_49_0 -fPIC  -mtune=core2 -g -O2  -c char_bit_cnt.cpp -o char_bit_cnt.o
llvm-g++-4.2 -arch x86_64 -I/Library/Frameworks/R.framework/Resources/include -DNDEBUG  -I/usr/local/include   -DNO_MAIN -Iinclude -I. -Itrimmed_boost_1_49_0 -fPIC  -mtune=core2 -g -O2  -c embedCoords.cc -o embedCoords.o
llvm-g++-4.2 -arch x86_64 -I/Library/Frameworks/R.framework/Resources/include -DNDEBUG  -I/usr/local/include   -DNO_MAIN -Iinclude -I. -Itrimmed_boost_1_49_0 -fPIC  -mtune=core2 -g -O2  -c eucsearch.cc -o eucsearch.o
llvm-g++-4.2 -arch x86_64 -I/Library/Frameworks/R.framework/Resources/include -DNDEBUG  -I/usr/local/include   -DNO_MAIN -Iinclude -I. -Itrimmed_boost_1_49_0 -fPIC  -mtune=core2 -g -O2  -c format.cc -o format.o
llvm-g++-4.2 -arch x86_64 -I/Library/Frameworks/R.framework/Resources/include -DNDEBUG  -I/usr/local/include   -DNO_MAIN -Iinclude -I. -Itrimmed_boost_1_49_0 -fPIC  -mtune=core2 -g -O2  -c mplsh-model.cpp -o mplsh-model.o
llvm-g++-4.2 -arch x86_64 -I/Library/Frameworks/R.framework/Resources/include -DNDEBUG  -I/usr/local/include   -DNO_MAIN -Iinclude -I. -Itrimmed_boost_1_49_0 -fPIC  -mtune=core2 -g -O2  -c mplsh.cpp -o mplsh.o
llvm-g++-4.2 -arch x86_64 -I/Library/Frameworks/R.framework/Resources/include -DNDEBUG  -I/usr/local/include   -DNO_MAIN -Iinclude -I. -Itrimmed_boost_1_49_0 -fPIC  -mtune=core2 -g -O2  -c profiling.cc -o profiling.o
llvm-g++-4.2 -arch x86_64 -I/Library/Frameworks/R.framework/Resources/include -DNDEBUG  -I/usr/local/include   -DNO_MAIN -Iinclude -I. -Itrimmed_boost_1_49_0 -fPIC  -mtune=core2 -g -O2  -c r_wrap.cpp -o r_wrap.o
llvm-g++-4.2 -arch x86_64 -I/Library/Frameworks/R.framework/Resources/include -DNDEBUG  -I/usr/local/include   -DNO_MAIN -Iinclude -I. -Itrimmed_boost_1_49_0 -fPIC  -mtune=core2 -g -O2  -c recordfile.cc -o recordfile.o
llvm-gcc-4.2 -arch x86_64 -std=gnu99 -I/Library/Frameworks/R.framework/Resources/include -DNDEBUG  -I/usr/local/include    -fPIC  -mtune=core2 -g -O2  -c routines.c -o routines.o
llvm-g++-4.2 -arch x86_64 -I/Library/Frameworks/R.framework/Resources/include -DNDEBUG  -I/usr/local/include   -DNO_MAIN -Iinclude -I. -Itrimmed_boost_1_49_0 -fPIC  -mtune=core2 -g -O2  -c scan.cc -o scan.o
llvm-g++-4.2 -arch x86_64 -I/Library/Frameworks/R.framework/Resources/include -DNDEBUG  -I/usr/local/include   -DNO_MAIN -Iinclude -I. -Itrimmed_boost_1_49_0 -fPIC  -mtune=core2 -g -O2  -c search_r.cpp -o search_r.o
llvm-g++-4.2 -arch x86_64 -I/Library/Frameworks/R.framework/Resources/include -DNDEBUG  -I/usr/local/include   -DNO_MAIN -Iinclude -I. -Itrimmed_boost_1_49_0 -fPIC  -mtune=core2 -g -O2  -c solver.cc -o solver.o
cp signal1.h0 signal1.h
cp sysdep1.h0 sysdep1.h
llvm-gcc-4.2 -arch x86_64 -std=gnu99 -c f77vers.c
llvm-gcc-4.2 -arch x86_64 -std=gnu99 -c i77vers.c
llvm-gcc-4.2 -arch x86_64 -std=gnu99 -c -DSkip_f2c_Undefs -mtune=core2 -g -O2  -fPIC main.c
ld -r -x -o main.xxx main.o
mv main.xxx main.o
llvm-gcc-4.2 -arch x86_64 -std=gnu99 -c -DSkip_f2c_Undefs -mtune=core2 -g -O2  -fPIC s_rnge.c
ld -r -x -o s_rnge.xxx s_rnge.o
mv s_rnge.xxx s_rnge.o
llvm-gcc-4.2 -arch x86_64 -std=gnu99 -c -DSkip_f2c_Undefs -mtune=core2 -g -O2  -fPIC abort_.c
ld -r -x -o abort_.xxx abort_.o
mv abort_.xxx abort_.o
llvm-gcc-4.2 -arch x86_64 -std=gnu99 -c -DSkip_f2c_Undefs -mtune=core2 -g -O2  -fPIC exit_.c
ld -r -x -o exit_.xxx exit_.o
mv exit_.xxx exit_.o
llvm-gcc-4.2 -arch x86_64 -std=gnu99 -c -DSkip_f2c_Undefs -mtune=core2 -g -O2  -fPIC getarg_.c
ld -r -x -o getarg_.xxx getarg_.o
mv getarg_.xxx getarg_.o
llvm-gcc-4.2 -arch x86_64 -std=gnu99 -c -DSkip_f2c_Undefs -mtune=core2 -g -O2  -fPIC iargc_.c
ld -r -x -o iargc_.xxx iargc_.o
mv iargc_.xxx iargc_.o
llvm-gcc-4.2 -arch x86_64 -std=gnu99 -c -DSkip_f2c_Undefs -mtune=core2 -g -O2  -fPIC getenv_.c
ld -r -x -o getenv_.xxx getenv_.o
mv getenv_.xxx getenv_.o
llvm-gcc-4.2 -arch x86_64 -std=gnu99 -c -DSkip_f2c_Undefs -mtune=core2 -g -O2  -fPIC signal_.c
ld -r -x -o signal_.xxx signal_.o
mv signal_.xxx signal_.o
llvm-gcc-4.2 -arch x86_64 -std=gnu99 -c -DSkip_f2c_Undefs -mtune=core2 -g -O2  -fPIC s_stop.c
ld -r -x -o s_stop.xxx s_stop.o
mv s_stop.xxx s_stop.o
llvm-gcc-4.2 -arch x86_64 -std=gnu99 -c -DSkip_f2c_Undefs -mtune=core2 -g -O2  -fPIC s_paus.c
ld -r -x -o s_paus.xxx s_paus.o
mv s_paus.xxx s_paus.o
llvm-gcc-4.2 -arch x86_64 -std=gnu99 -c -DSkip_f2c_Undefs -mtune=core2 -g -O2  -fPIC system_.c
ld -r -x -o system_.xxx system_.o
mv system_.xxx system_.o
llvm-gcc-4.2 -arch x86_64 -std=gnu99 -c -DSkip_f2c_Undefs -mtune=core2 -g -O2  -fPIC cabs.c
ld -r -x -o cabs.xxx cabs.o
mv cabs.xxx cabs.o
llvm-gcc-4.2 -arch x86_64 -std=gnu99 -c -DSkip_f2c_Undefs -mtune=core2 -g -O2  -fPIC ctype.c
ld -r -x -o ctype.xxx ctype.o
mv ctype.xxx ctype.o
llvm-gcc-4.2 -arch x86_64 -std=gnu99 -c -DSkip_f2c_Undefs -mtune=core2 -g -O2  -fPIC derf_.c
ld -r -x -o derf_.xxx derf_.o
mv derf_.xxx derf_.o
llvm-gcc-4.2 -arch x86_64 -std=gnu99 -c -DSkip_f2c_Undefs -mtune=core2 -g -O2  -fPIC derfc_.c
ld -r -x -o derfc_.xxx derfc_.o
mv derfc_.xxx derfc_.o
llvm-gcc-4.2 -arch x86_64 -std=gnu99 -c -DSkip_f2c_Undefs -mtune=core2 -g -O2  -fPIC erf_.c
ld -r -x -o erf_.xxx erf_.o
mv erf_.xxx erf_.o
llvm-gcc-4.2 -arch x86_64 -std=gnu99 -c -DSkip_f2c_Undefs -mtune=core2 -g -O2  -fPIC erfc_.c
ld -r -x -o erfc_.xxx erfc_.o
mv erfc_.xxx erfc_.o
llvm-gcc-4.2 -arch x86_64 -std=gnu99 -c -DSkip_f2c_Undefs -mtune=core2 -g -O2  -fPIC sig_die.c
ld -r -x -o sig_die.xxx sig_die.o
mv sig_die.xxx sig_die.o
llvm-gcc-4.2 -arch x86_64 -std=gnu99 -mtune=core2 -g -O2  -fPIC -DNO_FPINIT arithchk.c -lm ||\
	 llvm-gcc-4.2 -arch x86_64 -std=gnu99 -DNO_LONG_LONG -mtune=core2 -g -O2  -fPIC -DNO_FPINIT arithchk.c -lm
arithchk.c: In function 'ccheck':
arithchk.c:125: warning: format not a string literal and no format arguments
./a.out >arith.h
rm -f a.out arithchk.o
llvm-gcc-4.2 -arch x86_64 -std=gnu99 -c -DSkip_f2c_Undefs -mtune=core2 -g -O2  -fPIC uninit.c
ld -r -x -o uninit.xxx uninit.o
mv uninit.xxx uninit.o
llvm-gcc-4.2 -arch x86_64 -std=gnu99 -c -DSkip_f2c_Undefs -mtune=core2 -g -O2  -fPIC pow_ci.c
ld -r -x -o pow_ci.xxx pow_ci.o
mv pow_ci.xxx pow_ci.o
llvm-gcc-4.2 -arch x86_64 -std=gnu99 -c -DSkip_f2c_Undefs -mtune=core2 -g -O2  -fPIC pow_dd.c
ld -r -x -o pow_dd.xxx pow_dd.o
mv pow_dd.xxx pow_dd.o
llvm-gcc-4.2 -arch x86_64 -std=gnu99 -c -DSkip_f2c_Undefs -mtune=core2 -g -O2  -fPIC pow_di.c
ld -r -x -o pow_di.xxx pow_di.o
mv pow_di.xxx pow_di.o
llvm-gcc-4.2 -arch x86_64 -std=gnu99 -c -DSkip_f2c_Undefs -mtune=core2 -g -O2  -fPIC pow_hh.c
ld -r -x -o pow_hh.xxx pow_hh.o
mv pow_hh.xxx pow_hh.o
llvm-gcc-4.2 -arch x86_64 -std=gnu99 -c -DSkip_f2c_Undefs -mtune=core2 -g -O2  -fPIC pow_ii.c
ld -r -x -o pow_ii.xxx pow_ii.o
mv pow_ii.xxx pow_ii.o
llvm-gcc-4.2 -arch x86_64 -std=gnu99 -c -DSkip_f2c_Undefs -mtune=core2 -g -O2  -fPIC pow_ri.c
ld -r -x -o pow_ri.xxx pow_ri.o
mv pow_ri.xxx pow_ri.o
llvm-gcc-4.2 -arch x86_64 -std=gnu99 -c -DSkip_f2c_Undefs -mtune=core2 -g -O2  -fPIC pow_zi.c
ld -r -x -o pow_zi.xxx pow_zi.o
mv pow_zi.xxx pow_zi.o
llvm-gcc-4.2 -arch x86_64 -std=gnu99 -c -DSkip_f2c_Undefs -mtune=core2 -g -O2  -fPIC pow_zz.c
ld -r -x -o pow_zz.xxx pow_zz.o
mv pow_zz.xxx pow_zz.o
llvm-gcc-4.2 -arch x86_64 -std=gnu99 -c -DSkip_f2c_Undefs -mtune=core2 -g -O2  -fPIC c_abs.c
ld -r -x -o c_abs.xxx c_abs.o
mv c_abs.xxx c_abs.o
llvm-gcc-4.2 -arch x86_64 -std=gnu99 -c -DSkip_f2c_Undefs -mtune=core2 -g -O2  -fPIC c_cos.c
ld -r -x -o c_cos.xxx c_cos.o
mv c_cos.xxx c_cos.o
llvm-gcc-4.2 -arch x86_64 -std=gnu99 -c -DSkip_f2c_Undefs -mtune=core2 -g -O2  -fPIC c_div.c
ld -r -x -o c_div.xxx c_div.o
mv c_div.xxx c_div.o
llvm-gcc-4.2 -arch x86_64 -std=gnu99 -c -DSkip_f2c_Undefs -mtune=core2 -g -O2  -fPIC c_exp.c
ld -r -x -o c_exp.xxx c_exp.o
mv c_exp.xxx c_exp.o
llvm-gcc-4.2 -arch x86_64 -std=gnu99 -c -DSkip_f2c_Undefs -mtune=core2 -g -O2  -fPIC c_log.c
ld -r -x -o c_log.xxx c_log.o
mv c_log.xxx c_log.o
llvm-gcc-4.2 -arch x86_64 -std=gnu99 -c -DSkip_f2c_Undefs -mtune=core2 -g -O2  -fPIC c_sin.c
ld -r -x -o c_sin.xxx c_sin.o
mv c_sin.xxx c_sin.o
llvm-gcc-4.2 -arch x86_64 -std=gnu99 -c -DSkip_f2c_Undefs -mtune=core2 -g -O2  -fPIC c_sqrt.c
ld -r -x -o c_sqrt.xxx c_sqrt.o
mv c_sqrt.xxx c_sqrt.o
llvm-gcc-4.2 -arch x86_64 -std=gnu99 -c -DSkip_f2c_Undefs -mtune=core2 -g -O2  -fPIC z_abs.c
ld -r -x -o z_abs.xxx z_abs.o
mv z_abs.xxx z_abs.o
llvm-gcc-4.2 -arch x86_64 -std=gnu99 -c -DSkip_f2c_Undefs -mtune=core2 -g -O2  -fPIC z_cos.c
ld -r -x -o z_cos.xxx z_cos.o
mv z_cos.xxx z_cos.o
llvm-gcc-4.2 -arch x86_64 -std=gnu99 -c -DSkip_f2c_Undefs -mtune=core2 -g -O2  -fPIC z_div.c
ld -r -x -o z_div.xxx z_div.o
mv z_div.xxx z_div.o
llvm-gcc-4.2 -arch x86_64 -std=gnu99 -c -DSkip_f2c_Undefs -mtune=core2 -g -O2  -fPIC z_exp.c
ld -r -x -o z_exp.xxx z_exp.o
mv z_exp.xxx z_exp.o
llvm-gcc-4.2 -arch x86_64 -std=gnu99 -c -DSkip_f2c_Undefs -mtune=core2 -g -O2  -fPIC z_log.c
ld -r -x -o z_log.xxx z_log.o
mv z_log.xxx z_log.o
llvm-gcc-4.2 -arch x86_64 -std=gnu99 -c -DSkip_f2c_Undefs -mtune=core2 -g -O2  -fPIC z_sin.c
ld -r -x -o z_sin.xxx z_sin.o
mv z_sin.xxx z_sin.o
llvm-gcc-4.2 -arch x86_64 -std=gnu99 -c -DSkip_f2c_Undefs -mtune=core2 -g -O2  -fPIC z_sqrt.c
ld -r -x -o z_sqrt.xxx z_sqrt.o
mv z_sqrt.xxx z_sqrt.o
llvm-gcc-4.2 -arch x86_64 -std=gnu99 -c -DSkip_f2c_Undefs -mtune=core2 -g -O2  -fPIC r_abs.c
ld -r -x -o r_abs.xxx r_abs.o
mv r_abs.xxx r_abs.o
llvm-gcc-4.2 -arch x86_64 -std=gnu99 -c -DSkip_f2c_Undefs -mtune=core2 -g -O2  -fPIC r_acos.c
ld -r -x -o r_acos.xxx r_acos.o
mv r_acos.xxx r_acos.o
llvm-gcc-4.2 -arch x86_64 -std=gnu99 -c -DSkip_f2c_Undefs -mtune=core2 -g -O2  -fPIC r_asin.c
ld -r -x -o r_asin.xxx r_asin.o
mv r_asin.xxx r_asin.o
llvm-gcc-4.2 -arch x86_64 -std=gnu99 -c -DSkip_f2c_Undefs -mtune=core2 -g -O2  -fPIC r_atan.c
ld -r -x -o r_atan.xxx r_atan.o
mv r_atan.xxx r_atan.o
llvm-gcc-4.2 -arch x86_64 -std=gnu99 -c -DSkip_f2c_Undefs -mtune=core2 -g -O2  -fPIC r_atn2.c
ld -r -x -o r_atn2.xxx r_atn2.o
mv r_atn2.xxx r_atn2.o
llvm-gcc-4.2 -arch x86_64 -std=gnu99 -c -DSkip_f2c_Undefs -mtune=core2 -g -O2  -fPIC r_cnjg.c
ld -r -x -o r_cnjg.xxx r_cnjg.o
mv r_cnjg.xxx r_cnjg.o
llvm-gcc-4.2 -arch x86_64 -std=gnu99 -c -DSkip_f2c_Undefs -mtune=core2 -g -O2  -fPIC r_cos.c
ld -r -x -o r_cos.xxx r_cos.o
mv r_cos.xxx r_cos.o
llvm-gcc-4.2 -arch x86_64 -std=gnu99 -c -DSkip_f2c_Undefs -mtune=core2 -g -O2  -fPIC r_cosh.c
ld -r -x -o r_cosh.xxx r_cosh.o
mv r_cosh.xxx r_cosh.o
llvm-gcc-4.2 -arch x86_64 -std=gnu99 -c -DSkip_f2c_Undefs -mtune=core2 -g -O2  -fPIC r_dim.c
ld -r -x -o r_dim.xxx r_dim.o
mv r_dim.xxx r_dim.o
llvm-gcc-4.2 -arch x86_64 -std=gnu99 -c -DSkip_f2c_Undefs -mtune=core2 -g -O2  -fPIC r_exp.c
ld -r -x -o r_exp.xxx r_exp.o
mv r_exp.xxx r_exp.o
llvm-gcc-4.2 -arch x86_64 -std=gnu99 -c -DSkip_f2c_Undefs -mtune=core2 -g -O2  -fPIC r_imag.c
ld -r -x -o r_imag.xxx r_imag.o
mv r_imag.xxx r_imag.o
llvm-gcc-4.2 -arch x86_64 -std=gnu99 -c -DSkip_f2c_Undefs -mtune=core2 -g -O2  -fPIC r_int.c
ld -r -x -o r_int.xxx r_int.o
mv r_int.xxx r_int.o
llvm-gcc-4.2 -arch x86_64 -std=gnu99 -c -DSkip_f2c_Undefs -mtune=core2 -g -O2  -fPIC r_lg10.c
ld -r -x -o r_lg10.xxx r_lg10.o
mv r_lg10.xxx r_lg10.o
llvm-gcc-4.2 -arch x86_64 -std=gnu99 -c -DSkip_f2c_Undefs -mtune=core2 -g -O2  -fPIC r_log.c
ld -r -x -o r_log.xxx r_log.o
mv r_log.xxx r_log.o
llvm-gcc-4.2 -arch x86_64 -std=gnu99 -c -DSkip_f2c_Undefs -mtune=core2 -g -O2  -fPIC r_mod.c
ld -r -x -o r_mod.xxx r_mod.o
mv r_mod.xxx r_mod.o
llvm-gcc-4.2 -arch x86_64 -std=gnu99 -c -DSkip_f2c_Undefs -mtune=core2 -g -O2  -fPIC r_nint.c
ld -r -x -o r_nint.xxx r_nint.o
mv r_nint.xxx r_nint.o
llvm-gcc-4.2 -arch x86_64 -std=gnu99 -c -DSkip_f2c_Undefs -mtune=core2 -g -O2  -fPIC r_sign.c
ld -r -x -o r_sign.xxx r_sign.o
mv r_sign.xxx r_sign.o
llvm-gcc-4.2 -arch x86_64 -std=gnu99 -c -DSkip_f2c_Undefs -mtune=core2 -g -O2  -fPIC r_sin.c
ld -r -x -o r_sin.xxx r_sin.o
mv r_sin.xxx r_sin.o
llvm-gcc-4.2 -arch x86_64 -std=gnu99 -c -DSkip_f2c_Undefs -mtune=core2 -g -O2  -fPIC r_sinh.c
ld -r -x -o r_sinh.xxx r_sinh.o
mv r_sinh.xxx r_sinh.o
llvm-gcc-4.2 -arch x86_64 -std=gnu99 -c -DSkip_f2c_Undefs -mtune=core2 -g -O2  -fPIC r_sqrt.c
ld -r -x -o r_sqrt.xxx r_sqrt.o
mv r_sqrt.xxx r_sqrt.o
llvm-gcc-4.2 -arch x86_64 -std=gnu99 -c -DSkip_f2c_Undefs -mtune=core2 -g -O2  -fPIC r_tan.c
ld -r -x -o r_tan.xxx r_tan.o
mv r_tan.xxx r_tan.o
llvm-gcc-4.2 -arch x86_64 -std=gnu99 -c -DSkip_f2c_Undefs -mtune=core2 -g -O2  -fPIC r_tanh.c
ld -r -x -o r_tanh.xxx r_tanh.o
mv r_tanh.xxx r_tanh.o
llvm-gcc-4.2 -arch x86_64 -std=gnu99 -c -DSkip_f2c_Undefs -mtune=core2 -g -O2  -fPIC d_abs.c
ld -r -x -o d_abs.xxx d_abs.o
mv d_abs.xxx d_abs.o
llvm-gcc-4.2 -arch x86_64 -std=gnu99 -c -DSkip_f2c_Undefs -mtune=core2 -g -O2  -fPIC d_acos.c
ld -r -x -o d_acos.xxx d_acos.o
mv d_acos.xxx d_acos.o
llvm-gcc-4.2 -arch x86_64 -std=gnu99 -c -DSkip_f2c_Undefs -mtune=core2 -g -O2  -fPIC d_asin.c
ld -r -x -o d_asin.xxx d_asin.o
mv d_asin.xxx d_asin.o
llvm-gcc-4.2 -arch x86_64 -std=gnu99 -c -DSkip_f2c_Undefs -mtune=core2 -g -O2  -fPIC d_atan.c
ld -r -x -o d_atan.xxx d_atan.o
mv d_atan.xxx d_atan.o
llvm-gcc-4.2 -arch x86_64 -std=gnu99 -c -DSkip_f2c_Undefs -mtune=core2 -g -O2  -fPIC d_atn2.c
ld -r -x -o d_atn2.xxx d_atn2.o
mv d_atn2.xxx d_atn2.o
llvm-gcc-4.2 -arch x86_64 -std=gnu99 -c -DSkip_f2c_Undefs -mtune=core2 -g -O2  -fPIC d_cnjg.c
ld -r -x -o d_cnjg.xxx d_cnjg.o
mv d_cnjg.xxx d_cnjg.o
llvm-gcc-4.2 -arch x86_64 -std=gnu99 -c -DSkip_f2c_Undefs -mtune=core2 -g -O2  -fPIC d_cos.c
ld -r -x -o d_cos.xxx d_cos.o
mv d_cos.xxx d_cos.o
llvm-gcc-4.2 -arch x86_64 -std=gnu99 -c -DSkip_f2c_Undefs -mtune=core2 -g -O2  -fPIC d_cosh.c
ld -r -x -o d_cosh.xxx d_cosh.o
mv d_cosh.xxx d_cosh.o
llvm-gcc-4.2 -arch x86_64 -std=gnu99 -c -DSkip_f2c_Undefs -mtune=core2 -g -O2  -fPIC d_dim.c
ld -r -x -o d_dim.xxx d_dim.o
mv d_dim.xxx d_dim.o
llvm-gcc-4.2 -arch x86_64 -std=gnu99 -c -DSkip_f2c_Undefs -mtune=core2 -g -O2  -fPIC d_exp.c
ld -r -x -o d_exp.xxx d_exp.o
mv d_exp.xxx d_exp.o
llvm-gcc-4.2 -arch x86_64 -std=gnu99 -c -DSkip_f2c_Undefs -mtune=core2 -g -O2  -fPIC d_imag.c
ld -r -x -o d_imag.xxx d_imag.o
mv d_imag.xxx d_imag.o
llvm-gcc-4.2 -arch x86_64 -std=gnu99 -c -DSkip_f2c_Undefs -mtune=core2 -g -O2  -fPIC d_int.c
ld -r -x -o d_int.xxx d_int.o
mv d_int.xxx d_int.o
llvm-gcc-4.2 -arch x86_64 -std=gnu99 -c -DSkip_f2c_Undefs -mtune=core2 -g -O2  -fPIC d_lg10.c
ld -r -x -o d_lg10.xxx d_lg10.o
mv d_lg10.xxx d_lg10.o
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mv d_log.xxx d_log.o
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mv d_mod.xxx d_mod.o
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mv d_nint.xxx d_nint.o
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mv d_sign.xxx d_sign.o
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mv d_sin.xxx d_sin.o
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mv i_abs.xxx i_abs.o
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mv i_dim.xxx i_dim.o
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mv i_dnnt.xxx i_dnnt.o
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mv i_indx.xxx i_indx.o
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mv i_len.xxx i_len.o
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mv lbitshft.xxx lbitshft.o
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ld -r -x -o h_indx.xxx h_indx.o
mv h_indx.xxx h_indx.o
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ld -r -x -o ef1asc_.xxx ef1asc_.o
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llvm-gcc-4.2 -arch x86_64 -std=gnu99 -c -DSkip_f2c_Undefs -mtune=core2 -g -O2  -fPIC ef1cmc_.c
ld -r -x -o ef1cmc_.xxx ef1cmc_.o
mv ef1cmc_.xxx ef1cmc_.o
llvm-gcc-4.2 -arch x86_64 -std=gnu99 -c -DSkip_f2c_Undefs -mtune=core2 -g -O2  -fPIC f77_aloc.c
ld -r -x -o f77_aloc.xxx f77_aloc.o
mv f77_aloc.xxx f77_aloc.o
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ld -r -x -o s_cat.xxx s_cat.o
mv s_cat.xxx s_cat.o
llvm-gcc-4.2 -arch x86_64 -std=gnu99 -c -DSkip_f2c_Undefs -mtune=core2 -g -O2  -fPIC s_cmp.c
ld -r -x -o s_cmp.xxx s_cmp.o
mv s_cmp.xxx s_cmp.o
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ld -r -x -o s_copy.xxx s_copy.o
mv s_copy.xxx s_copy.o
llvm-gcc-4.2 -arch x86_64 -std=gnu99 -c -DSkip_f2c_Undefs -mtune=core2 -g -O2  -fPIC backspac.c
ld -r -x -o backspac.xxx backspac.o
mv backspac.xxx backspac.o
llvm-gcc-4.2 -arch x86_64 -std=gnu99 -c -DSkip_f2c_Undefs -mtune=core2 -g -O2  -fPIC close.c
ld -r -x -o close.xxx close.o
mv close.xxx close.o
llvm-gcc-4.2 -arch x86_64 -std=gnu99 -c -DSkip_f2c_Undefs -mtune=core2 -g -O2  -fPIC dfe.c
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ld -r -x -o dolio.xxx dolio.o
mv dolio.xxx dolio.o
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ld -r -x -o due.xxx due.o
mv due.xxx due.o
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ld -r -x -o endfile.xxx endfile.o
mv endfile.xxx endfile.o
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ld -r -x -o err.xxx err.o
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llvm-gcc-4.2 -arch x86_64 -std=gnu99 -c -DSkip_f2c_Undefs -mtune=core2 -g -O2  -fPIC fmt.c
ld -r -x -o fmt.xxx fmt.o
mv fmt.xxx fmt.o
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ld -r -x -o fmtlib.xxx fmtlib.o
mv fmtlib.xxx fmtlib.o
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ld -r -x -o ftell_.xxx ftell_.o
mv ftell_.xxx ftell_.o
llvm-gcc-4.2 -arch x86_64 -std=gnu99 -c -DSkip_f2c_Undefs -mtune=core2 -g -O2  -fPIC iio.c
ld -r -x -o iio.xxx iio.o
mv iio.xxx iio.o
llvm-gcc-4.2 -arch x86_64 -std=gnu99 -c -DSkip_f2c_Undefs -mtune=core2 -g -O2  -fPIC ilnw.c
ld -r -x -o ilnw.xxx ilnw.o
mv ilnw.xxx ilnw.o
llvm-gcc-4.2 -arch x86_64 -std=gnu99 -c -DSkip_f2c_Undefs -mtune=core2 -g -O2  -fPIC inquire.c
ld -r -x -o inquire.xxx inquire.o
mv inquire.xxx inquire.o
llvm-gcc-4.2 -arch x86_64 -std=gnu99 -c -DSkip_f2c_Undefs -mtune=core2 -g -O2  -fPIC lread.c
ld -r -x -o lread.xxx lread.o
mv lread.xxx lread.o
llvm-gcc-4.2 -arch x86_64 -std=gnu99 -c -DSkip_f2c_Undefs -mtune=core2 -g -O2  -fPIC lwrite.c
ld -r -x -o lwrite.xxx lwrite.o
mv lwrite.xxx lwrite.o
llvm-gcc-4.2 -arch x86_64 -std=gnu99 -c -DSkip_f2c_Undefs -mtune=core2 -g -O2  -fPIC open.c
ld -r -x -o open.xxx open.o
mv open.xxx open.o
llvm-gcc-4.2 -arch x86_64 -std=gnu99 -c -DSkip_f2c_Undefs -mtune=core2 -g -O2  -fPIC rdfmt.c
ld -r -x -o rdfmt.xxx rdfmt.o
mv rdfmt.xxx rdfmt.o
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ld -r -x -o rewind.xxx rewind.o
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ld -r -x -o rsfe.xxx rsfe.o
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llvm-gcc-4.2 -arch x86_64 -std=gnu99 -c -DSkip_f2c_Undefs -mtune=core2 -g -O2  -fPIC rsli.c
ld -r -x -o rsli.xxx rsli.o
mv rsli.xxx rsli.o
llvm-gcc-4.2 -arch x86_64 -std=gnu99 -c -DSkip_f2c_Undefs -mtune=core2 -g -O2  -fPIC rsne.c
ld -r -x -o rsne.xxx rsne.o
mv rsne.xxx rsne.o
llvm-gcc-4.2 -arch x86_64 -std=gnu99 -c -DSkip_f2c_Undefs -mtune=core2 -g -O2  -fPIC sfe.c
ld -r -x -o sfe.xxx sfe.o
mv sfe.xxx sfe.o
llvm-gcc-4.2 -arch x86_64 -std=gnu99 -c -DSkip_f2c_Undefs -mtune=core2 -g -O2  -fPIC sue.c
ld -r -x -o sue.xxx sue.o
mv sue.xxx sue.o
llvm-gcc-4.2 -arch x86_64 -std=gnu99 -c -DSkip_f2c_Undefs -mtune=core2 -g -O2  -fPIC typesize.c
ld -r -x -o typesize.xxx typesize.o
mv typesize.xxx typesize.o
llvm-gcc-4.2 -arch x86_64 -std=gnu99 -c -DSkip_f2c_Undefs -mtune=core2 -g -O2  -fPIC uio.c
ld -r -x -o uio.xxx uio.o
mv uio.xxx uio.o
llvm-gcc-4.2 -arch x86_64 -std=gnu99 -c -DSkip_f2c_Undefs -mtune=core2 -g -O2  -fPIC util.c
ld -r -x -o util.xxx util.o
mv util.xxx util.o
llvm-gcc-4.2 -arch x86_64 -std=gnu99 -c -DSkip_f2c_Undefs -mtune=core2 -g -O2  -fPIC wref.c
ld -r -x -o wref.xxx wref.o
mv wref.xxx wref.o
llvm-gcc-4.2 -arch x86_64 -std=gnu99 -c -DSkip_f2c_Undefs -mtune=core2 -g -O2  -fPIC wrtfmt.c
ld -r -x -o wrtfmt.xxx wrtfmt.o
mv wrtfmt.xxx wrtfmt.o
llvm-gcc-4.2 -arch x86_64 -std=gnu99 -c -DSkip_f2c_Undefs -mtune=core2 -g -O2  -fPIC wsfe.c
ld -r -x -o wsfe.xxx wsfe.o
mv wsfe.xxx wsfe.o
llvm-gcc-4.2 -arch x86_64 -std=gnu99 -c -DSkip_f2c_Undefs -mtune=core2 -g -O2  -fPIC wsle.c
ld -r -x -o wsle.xxx wsle.o
mv wsle.xxx wsle.o
llvm-gcc-4.2 -arch x86_64 -std=gnu99 -c -DSkip_f2c_Undefs -mtune=core2 -g -O2  -fPIC wsne.c
ld -r -x -o wsne.xxx wsne.o
mv wsne.xxx wsne.o
llvm-gcc-4.2 -arch x86_64 -std=gnu99 -c -DSkip_f2c_Undefs -mtune=core2 -g -O2  -fPIC xwsne.c
ld -r -x -o xwsne.xxx xwsne.o
mv xwsne.xxx xwsne.o
llvm-gcc-4.2 -arch x86_64 -std=gnu99 -c -DSkip_f2c_Undefs -mtune=core2 -g -O2  -fPIC dtime_.c
ld -r -x -o dtime_.xxx dtime_.o
mv dtime_.xxx dtime_.o
llvm-gcc-4.2 -arch x86_64 -std=gnu99 -c -DSkip_f2c_Undefs -mtune=core2 -g -O2  -fPIC etime_.c
ld -r -x -o etime_.xxx etime_.o
mv etime_.xxx etime_.o
ar r libf2c.a f77vers.o i77vers.o main.o s_rnge.o abort_.o exit_.o getarg_.o iargc_.o getenv_.o signal_.o s_stop.o s_paus.o system_.o cabs.o ctype.o derf_.o derfc_.o erf_.o erfc_.o sig_die.o uninit.o pow_ci.o pow_dd.o pow_di.o pow_hh.o pow_ii.o pow_ri.o pow_zi.o pow_zz.o c_abs.o c_cos.o c_div.o c_exp.o c_log.o c_sin.o c_sqrt.o z_abs.o z_cos.o z_div.o z_exp.o z_log.o z_sin.o z_sqrt.o r_abs.o r_acos.o r_asin.o r_atan.o r_atn2.o r_cnjg.o r_cos.o r_cosh.o r_dim.o r_exp.o r_imag.o r_int.o r_lg10.o r_log.o r_mod.o r_nint.o r_sign.o r_sin.o r_sinh.o r_sqrt.o r_tan.o r_tanh.o d_abs.o d_acos.o d_asin.o d_atan.o d_atn2.o d_cnjg.o d_cos.o d_cosh.o d_dim.o d_exp.o d_imag.o d_int.o d_lg10.o d_log.o d_mod.o d_nint.o d_prod.o d_sign.o d_sin.o d_sinh.o d_sqrt.o d_tan.o d_tanh.o i_abs.o i_dim.o i_dnnt.o i_indx.o i_len.o i_mod.o i_nint.o i_sign.o lbitbits.o lbitshft.o h_abs.o h_dim.o h_dnnt.o h_indx.o h_len.o h_mod.o h_nint.o h_sign.o l_ge.o l_gt.o l_le.o l_lt.o hl_ge.o hl_gt.o hl_le.o hl_lt.o ef1asc_.o ef1cmc_.o f77_aloc.o s_cat.o s_cmp.o s_copy.o backspac.o close.o dfe.o dolio.o due.o endfile.o err.o fmt.o fmtlib.o ftell_.o iio.o ilnw.o inquire.o lread.o lwrite.o open.o rdfmt.o rewind.o rsfe.o rsli.o rsne.o sfe.o sue.o typesize.o uio.o util.o wref.o wrtfmt.o wsfe.o wsle.o wsne.o xwsne.o dtime_.o etime_.o
ar: creating archive libf2c.a
ranlib libf2c.a
llvm-g++-4.2 -arch x86_64 -dynamiclib -Wl,-headerpad_max_install_names -undefined dynamic_lookup -single_module -multiply_defined suppress -L/usr/local/lib -L/usr/local/lib -o eiR.so apost.o char_bit_cnt.o embedCoords.o eucsearch.o format.o mplsh-model.o mplsh.o profiling.o r_wrap.o recordfile.o routines.o scan.o search_r.o solver.o -lm -Lf2c -lf2c -L. -lgsl -lgslcblas -F/Library/Frameworks/R.framework/.. -framework R -Wl,-framework -Wl,CoreFoundation
installing to /Users/biocbuild/bbs-2.12-bioc/meat/eiR.buildbin-libdir/eiR/libs
** R
** data
** inst
** preparing package for lazy loading
** help
*** installing help indices
** building package indices
** installing vignettes
** testing if installed package can be loaded
* DONE (eiR)


>>>>>>> 
>>>>>>> FIXING LINKS FOR eiR.buildbin-libdir/eiR/libs//eiR.so
>>>>>>> 

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install_name_tool -change "/usr/local/lib/libgfortran.2.dylib" "/Library/Frameworks/R.framework/Versions/3.0/Resources/lib/libgfortran.2.dylib" "eiR.buildbin-libdir/eiR/libs//eiR.so"
install_name_tool -change "/usr/local/lib/libreadline.5.2.dylib" "/Library/Frameworks/R.framework/Versions/3.0/Resources/lib/libreadline.5.2.dylib" "eiR.buildbin-libdir/eiR/libs//eiR.so"
install_name_tool -change "/usr/local/lib/libreadline.dylib" "/Library/Frameworks/R.framework/Versions/3.0/Resources/lib/libreadline.dylib" "eiR.buildbin-libdir/eiR/libs//eiR.so"
BioC 2.12: BUILD BIN report for eiR on petty

Summary

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